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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【任务征集】VASP跑分子动力学数据处理方法
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

[交流] 【任务征集】VASP跑分子动力学数据处理方法已有16人参与

VASP可以做：

结构驰豫、总能计算，电子结构（ 态密度和能带结构），电荷密度，bader布局分析，模量和应变，磁性，声子谱等的计算。

这些方面的数据分析读初学者来说，估计有一定难度，希望可以通过举办系列【任务征集】活动,以一个简单的算例来说明演示计算过程和结果分析。

这些内容可以是自己完成的计算，也可以是收集整理已有的例子。

作为开始，希望征集VASP跑分析动力学的数据处理方法。比如均方位移（mean-square displacement, MSD）,若干局部能量极小点筛选（这一点对于固体表面小分子的化学吸附点位初始猜测很重要）。

可以提供线索，思路，原理，或者程序代码，一个或者多个方面都欢迎。

希望广大虫子积极分享，集结整理后作为精华资源通过木虫出版rcs发布。奖励方法另行发布，受奖虫子可以参与协商。

小木虫对于原创和分享的奖励，一贯是慷慨的。

[ Last edited by cenwanglai on 2011-4-13 at 14:07 ]
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1楼2011-04-13 11:05:47
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jizw0704

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
对于VASP做MD的结果的处理中，径向分布函数，我利用的是VMD软件，该软件重要读取的是VASP跑完MD后的vasprun.xml文件，首先将vasprun.xml文件Load到VMD中（File-New Molecule-Browse-Load），然后在VMD的主操作界面选择Extensions-Analysis-Radial Pair Distribution Function g（r),就可以了，试试看，望有帮助！！
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最爱——羽毛球
18楼2013-01-15 10:12:58
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babaleo

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
好帖，我咬顶。。。
有个建议，不知可行否。就是对于这么有意义的话题，与其让我等小虾们望眼欲穿，是不是可以有区长们或版主们通过主动和大虾约稿的方式搞定？当然怎么回报大虾的奉献可能还要区长们或版主们费心。
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5楼2011-05-12 20:55:23
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gougou531

禁虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
8楼2011-12-17 10:36:35
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egogg

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
vasp分子动力学的原子轨迹（动画）可以用VMD来看，而且VMD里面也可以用相应的命令提取原子坐标、键长变化等等信息。
VMD：
File->New Molecule->打开OUTCAR/POSCAR/CHGCAR/XDATACAR/PARCHG文件，选择对应的文件格式，点击Load就搞定了。

其他数据在对应的文件里用脚本命令提取出来就行了。
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blueybz
13楼2012-03-07 17:13:08
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普通回帖

轻风龙骑士

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
初学者，基本的DFT还行。动力学就等待楼下的大侠们了，顶帖
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自然如何呈现给我们，取决于我们用多少时间去观察他
2楼2011-04-13 22:51:38
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chaoma95

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
希望大虾顶贴发表意见
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3楼2011-05-11 20:20:13
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-04-13 11:05:47:
VASP可以做：

结构驰豫、总能计算，电子结构（ 态密度和能带结构），电荷密度，bader布局分析，模量和应变，磁性，声子谱等的计算。

这些方面的数据分析读初学者来说，估计有一定难度，希望可以通过举办系列 ...

大家顶顶顶。。。。。。
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timeflies..
4楼2011-05-12 13:38:33
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wenyan0517

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
顶贴 希望看到好的例子！
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6楼2011-05-13 08:52:29
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dddd1971

铜虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
坚定不移地顶之！
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人生當?娜�
7楼2011-12-16 17:14:42
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
cenwanglai(金币+4): 谢谢分享~ 2011-12-18 17:10:43
引用回帖:
1楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-04-13 11:05:47:
VASP可以做：

结构驰豫、总能计算，电子结构（ 态密度和能带结构），电荷密度，bader布局分析，模量和应变，磁性，声子谱等的计算。

这些方面的数据分析读初学者来说，估计有一定难度，希望可以通过举办系列 ...

mean-square displacement, MSD：
有几个现成的软件：
ring code
http://rings-code.sourceforge.ne ... id=23&Itemid=34
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timeflies..
9楼2011-12-18 17:06:09
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lastfreedom

木虫 (小有名气)
up up up
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10楼2011-12-18 22:23:45
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