| 查看: 2675 | 回复: 5 | ||||
[求助]
gromacs中加入离子的个数计算问题 已有1人参与
|
|
在gromacs软件运行过程中，对于离子的加入，个数是如何计算的？ 我看到《水中的溶菌酶》教程中说“pdb2gmx 的输出文件告诉我们这个蛋白质包含+8e 的静电荷(由于它的氨基酸组成)。如果你忽略了pdb2gmx 输出文件的这个信息，可以看看你的 topol.top 文件中的最后一行，它将显示“qtot 8.”. 因为生命中不存在静电荷，所以我们需要往我们的系统里面添加离子。”而在《Gromacs初学者写给初学者的心得，欢迎大家交流，指正》（http://dxli75.blog.163.com/blog/static/1067682892008719535025/）中看到“下面是加入离子的个数，一般我们要求NaCl是0.1m/l，就是说600个水分子加Na+ Cl-各一个。好，上面记录的水分子个数有用了，计算一下需要多少，如果有困难，可以问小学生”。 因此，我想问一下，这个添加的离子个数依据是什么？个数的多少是如何计算的？ 在此谢谢大家 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 MDs-Gromacs | gromacs |
» 猜你喜欢
366求调剂
已经有8人回复
-
0854调剂
已经有7人回复
-
272分材料子求调剂
已经有52人回复
-
一志愿哈工大 085600 277 12材科基求调剂
已经有31人回复
-
290求调剂
已经有16人回复
-
材料工程085601，270求调剂
已经有35人回复
-
085600材料与化工349分求调剂
已经有4人回复
-
22408 352分求调剂
已经有5人回复
-
268分085602化学工程调剂
已经有30人回复
-
211本科材料化工求调剂
已经有18人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs npt出现问题
已经有3人回复
- 求助：gromacs怎样进行REMD的计算？
已经有4人回复
- 求助，关于Gromacs生成的水盒子中加小分子。
已经有7人回复
- VASP计算离子步数设置太低，未能收敛，想继续算遇到的问题！
已经有8人回复
- gromacs运行问题
已经有9人回复
- gromacs蛋白计算结束后老是跑出盒子
已经有19人回复
- 【菜鸟求助】gromacs如何计算大分子和小分子间的非共价键力？？
已经有13人回复
- gromacs 处理小分子配体，其电荷怎么处理？
已经有8人回复
- 求助：运行了gromacs，想查看体系的总原子数和水分子数！
已经有4人回复
- gromacs 模拟时如何固定金属离子的问题
已经有10人回复
- 新手求教：怎么在GROMACS下实现并行计算？怎么看用了几个CPU？
已经有4人回复
- gromacs中金属离子的处理
已经有6人回复
- Namd， Gromacs 可以计算分子中电荷分布随时间的变化吗？
已经有4人回复
- Gaussian中怎么设定金属离子的带电等问题
已经有3人回复
- 离子液体模拟：如何从别的软件移植力场到Gromacs（itp文件的含义以及如何写itp文件）
已经有4人回复
- gromacs 添加新的力场pdb2gmx报错
已经有5人回复
- gromacs计算时原系统带电荷，如何添加离子中和电性？
已经有8人回复
- gromacs NPT 系综如何模拟？
已经有8人回复
- gromacs模拟分子在二氧化硅表面的吸附
已经有9人回复
- gromacs中如何使用Buckingham势能参数
已经有13人回复
- opls下L-J参数转换成amber下L-J参数的问题
已经有9人回复
- gromacs模拟离子液体，建立gro文件
已经有5人回复
- Gromacs是如何算溶液的介电常数的啊
已经有4人回复
- Gromacs中加入离子
已经有5人回复
- 【讨论】讨论离子液体gromacs模拟的人太少了！！！
已经有13人回复
- 【求助】如何计算平均滞留时间(residence time)
已经有7人回复
jianchen7882
金虫 (小有名气)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 1404
- 红花: 2
- 帖子: 186
- 在线: 76.1小时
- 虫号: 2182099
- 注册: 2012-12-12
- 性别: GG
- 专业: 分离过程
2楼2014-07-22 11:05:04
jianchen7882
金虫 (小有名气)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 1404
- 红花: 2
- 帖子: 186
- 在线: 76.1小时
- 虫号: 2182099
- 注册: 2012-12-12
- 性别: GG
- 专业: 分离过程
3楼2014-07-22 11:07:50
4楼2014-07-22 16:02:45
jianchen7882
金虫 (小有名气)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 1404
- 红花: 2
- 帖子: 186
- 在线: 76.1小时
- 虫号: 2182099
- 注册: 2012-12-12
- 性别: GG
- 专业: 分离过程
5楼2014-07-23 12:34:18
6楼2015-05-08 14:42:05
