| 查看: 1861 | 回复: 3 | |||
zhuimeng08银虫 (正式写手)
|
[交流]
gromacs npt出现问题 已有1人参与
|
|
在对体系跑npt平衡时，盒子中出现了空洞，这是怎么回事？ 下面是我跑完npt的pdb。一共跑了500ps，在大约300ps是开始出现洞。 我分别尝试了 在z轴不同的压力，一个是1atm 2atm 都出现了洞。 参数应该怎样调整呢？ ; Temperature coupling is on in three groups Tcoupl = Nose-Hoover ; Weak coupling tc_grps = protein_HEM_UHD SOL DPPC ; three coupling groups - more accurate tau_t = 0.5 0.5 0.5 ; time constant, in ps ref_t = 325 325 325 ; reference temperature, one for each group, in K Pressure coupling Pcoupl = Parrinello-Rahman ; Weak coupling Pcoupltype = semiisotropic ; uniform scaling of x-y vectors, independent z tau_p = 5.0 ref_p = 2.0 2.0 ; reference pressure, x-y, z (in bar) compressibility = 4.5e-5 4.5e-5 ; isothermal compressibility, bar^-1 ; Generate velocities is off gen_vel = no ; Velocity generation is off ; Periodic boundary conditions are on in all directions pbc = xyz ; 3-D PBC |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : np1.pdb
- 附件 2 : np.mdp
2014-07-18 10:04:38, 20.59 M
2014-07-18 10:09:58, 2.45 K
» 猜你喜欢
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有23人回复
-
估计是周四
已经有3人回复
-
基金啊基金
已经有3人回复
-
科研孤儿太难了
已经有15人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有10人回复
-
言之凿凿，明天官网会通知放榜？
已经有17人回复
-
时间戳又变了
已经有17人回复
-
今天系统多次维护，明天很可能放榜！
已经有11人回复
-
时间戳变了，能看出什么问题？
已经有23人回复
-
放榜前的不淡定
已经有12人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Gromacs里关于设定水盒子形状的问题？？
已经有7人回复
- 求助NAMD模拟后的结果如何处理
已经有10人回复
- 环己烷在gromacs中的gromos45a3力场中的itp文件怎么写？
已经有12人回复
- 怎样用能量和温度判断体系达到收敛了？（600ps水盒子温度波动还很大）
已经有31人回复
- gromacs运行问题
已经有9人回复
- gromacs蛋白计算结束后老是跑出盒子
已经有19人回复
- gromacs NPT restrain 两个分子
已经有5人回复
- Gromacs能量最小化问题
已经有5人回复
- gromacs 模拟时如何固定金属离子的问题
已经有10人回复
- 这个错误警告怎么回事啊？不能运行了
已经有5人回复
- 请问gromacs导入EAM势能函数的问题和lammps导入martini粗粒化力场的问题
已经有4人回复
- 蛋白质的电荷不为整数问题
已经有3人回复
- 关于NPT控压器的疑问
已经有8人回复
- gromacs自己添加residue遇到的问题
已经有6人回复
- gromacs 模拟云母遇到的问题
已经有6人回复
- gromacs 模拟NPT系宗出问题
已经有8人回复
- namd模拟，盒子越来越小
已经有9人回复
- gromacs NPT 系综如何模拟？
已经有8人回复
- gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题
已经有4人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- Ubuntu 编译Lammps 单机串行错误，帮帮忙
已经有5人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】用NAMD 做NPT模拟遇到下面的问题
已经有10人回复
- 【讨论】系综问题
已经有32人回复
- 【求助】分子模拟总能量是否一定小于0？
已经有13人回复
- 【求助】求助Gromacs中关于g_hbond的out文件的问题
已经有10人回复
zhuimeng08
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1381.8
- 散金: 153
- 红花: 2
- 帖子: 435
- 在线: 276小时
- 虫号: 1254053
- 注册: 2011-04-03
- 专业: 药物化学
2楼2014-07-21 11:03:13
3楼2014-07-22 11:10:41
zhuimeng08
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1381.8
- 散金: 153
- 红花: 2
- 帖子: 435
- 在线: 276小时
- 虫号: 1254053
- 注册: 2011-04-03
- 专业: 药物化学
4楼2014-07-22 12:45:32
