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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] 蛋白质的电荷不为整数问题

蛋白质有部分缺失,不影响和小分子的相互作用,没有修补,但用gromacs做动力学时中和电荷这一步时,由于蛋白质的电荷不为整数,没办法完全中和,往下不能进行,请教大神给予帮助。
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坚持就是胜利
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导! 2013-10-29 14:28:19
一般而言,跑的时候都要求体系是个电中性的,不然它会给你提示,你看能不能再加个不成键的离子来是体系达到净电荷为0
gromacs
2楼2013-10-25 23:58:21
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2013-10-25 23:58:21
一般而言,跑的时候都要求体系是个电中性的,不然它会给你提示,你看能不能再加个不成键的离子来是体系达到净电荷为0

怎样加?能说具体点吗?谢谢!
坚持就是胜利
3楼2013-10-26 12:26:00
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 感谢指导! 2013-10-29 14:28:32
假设你有一个带正电的蛋白质,但是我可以给整个体系加一个cl离子或者什么的,离子位置最好别离蛋白质结构太近,把它单独作为一个残基来定义。
gromacs
4楼2013-10-27 16:27:43
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