版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

muxiachuixue

木虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 2068.6
散金: 2
红花: 5
帖子: 315
在线: 178.7小时
虫号: 1285058
注册: 2011-05-04
性别: GG
专业: 合成药物化学

[求助] NBO 电荷总数不为零

小弟最近算一个63个原子的分子，有C/H/O/N/S几种原子，分子未经高斯优化，用b3lyp/6-311++g(d,p)算nbo，电荷总数为-1.8，可分子明明是中性的啊，输入文件也规定了charge=0；再将分子用b3lyp/6-31+g(d,p)优化，b3lyp/6-311++g(d,p)算nbo，电荷总数差不多为0
故请教大侠，为何未优化之前算出的nbo电荷总和不为0呢？
以下贴出输入文件和输出文件
Summary of Natural Population Analysis:

                                    Natural Population
            Natural  -----------------------------------------------
Atom  No Charge       Core    Valence Rydberg    Total
-----------------------------------------------------------------------
   C 1 0.05001    1.99919    3.92264 0.02816    5.94999
   N 2 -0.45280    1.99943    5.43155 0.02182    7.45280
   C 3 0.09288    1.99912    3.88022 0.02778    5.90712
   C 4 -0.10952    1.99892    4.09574 0.01487    6.10952
   C 5 -0.06187    1.99886    4.04467 0.01833    6.06187
   C 6 -0.18951    1.99908    4.17558 0.01485    6.18951
   C 7 -0.12920    1.99910    4.11328 0.01681    6.12920
   C 8 -0.20789    1.99915    4.19040 0.01835    6.20789
   C 9 -0.17112    1.99906    4.15306 0.01900    6.17112
   C 10 -0.25147    1.99862    4.22640 0.02645    6.25147
   S 11 2.16679    8.10518    3.66823 2.05979 13.83321
   N 12 -0.93644    1.99938    5.90754 0.02952    7.93644
   C 13 -0.02604    1.99921    4.00486 0.02196    6.02604
   C 14 -0.58809    1.99930    4.57808 0.01071    6.58809
   O 15 -0.91952    1.99980    6.90725 0.01247    8.91952
   O 16 -1.38312    1.99980    5.57151 1.81181    9.38312
   C 17 -0.17626    1.99919    4.15813 0.01894    6.17626
   N 18 -0.20247    1.99919    5.17253 0.03075    7.20247
   N 19 -0.11881    1.99955    5.08428 0.03498    7.11881
   N 20 -0.25648    1.99955    5.23112 0.02580    7.25648
   C 21 0.08265    1.99898    3.88401 0.03436    5.91735
   C 22 -0.05744    1.99875    4.03747 0.02122    6.05744
   C 23 -0.20684    1.99916    4.16820 0.03948    6.20684
   N 24 -0.81971    1.99946    5.54323 0.27703    7.81971
   C 25 -0.58863    1.99919    3.56164 1.02779    6.58863
   C 26 -0.01296    1.99880    3.86661 0.14755    6.01296
   C 27 -0.09641    1.99886    4.06605 0.03149    6.09641
   C 28 -0.39495    1.99920    4.37714 0.01861    6.39495
   C 29 -0.21182    1.99923    4.15193 0.06066    6.21182
   C 30 -0.06698    1.99875    4.04751 0.02072    6.06698
   C 31 0.12853    1.99892    3.84499 0.02757    5.87147
   N 32 -0.56214    1.99905    5.50775 0.05534    7.56214
   C 33 -0.19784    1.99911    4.18066 0.01806    6.19784
   C 34 -0.22406    1.99918    4.20635 0.01853    6.22406
   C 35 -0.21721    1.99919    4.19905 0.01897    6.21721
   C 36 -0.22166    1.99909    4.20590 0.01667    6.22166
   H 37 0.19605    0.00000    0.80172 0.00224    0.80395
   H 38 0.19762    0.00000    0.80102 0.00136    0.80238
   H 39 0.23123    0.00000    0.76619 0.00258    0.76877
   H 40 0.20967    0.00000    0.78812 0.00221    0.79033
   H 41 0.21467    0.00000    0.78330 0.00203    0.78533
   H 42 0.23104    0.00000    0.76526 0.00370    0.76896
   H 43 0.43595    0.00000    0.56060 0.00345    0.56405
   H 44 0.21792    0.00000    0.77990 0.00218    0.78208
   H 45 0.20541    0.00000    0.79297 0.00163    0.79459
   H 46 0.19461    0.00000    0.80352 0.00187    0.80539
   H 47 0.22500    0.00000    0.77299 0.00201    0.77500
   H 48 0.22843    0.00000    0.76997 0.00160    0.77157
   H 49 0.23057    0.00000    0.76731 0.00212    0.76943
   H 50 0.22866    0.00000    0.76901 0.00233    0.77134
   H 51 0.19969    0.00000    0.79020 0.01011    0.80031
   H 52 0.17823    0.00000    0.81560 0.00617    0.82177
   H 53 0.01128    0.00000    0.92878 0.05994    0.98872
   H 54 0.11182    0.00000    0.82727 0.06091    0.88818
   H 55 0.20988    0.00000    0.78604 0.00407    0.79012
   H 56 0.20393    0.00000    0.79256 0.00351    0.79607
   H 57 0.22122    0.00000    0.77247 0.00631    0.77878
   H 58 0.14636    0.00000    0.84176 0.01189    0.85364
   H 59 0.39280    0.00000    0.60310 0.00410    0.60720
   H 60 0.20923    0.00000    0.78918 0.00159    0.79077
   H 61 0.20118    0.00000    0.79693 0.00189    0.79882
   H 62 0.20196    0.00000    0.79625 0.00179    0.79804
   H 63 0.19995    0.00000    0.79774 0.00231    0.80005
=======================================================================
* Total * -1.80404    78.07562 181.42533 6.30308 265.80404

回复此楼

» 本帖附件资源列表

欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
附件 1 : A1B7_nbo .gjf

2012-02-17 10:19:02, 4.56 K

附件 2 : A1B7_nbo.out

2012-02-17 10:19:04, 230.39 K

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

模拟，理论

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

NBO正常结束但是没有分析结果已经有11人回复
蛋白质的电荷不为整数问题已经有3人回复
2-二硝基甲苯的4位和6位碳的NBO电荷已经有3人回复
用gaussian计算负一价离子的NBO时，输出文件中电荷显示为何为0 已经有7人回复
高斯计算，用不同基组算出的NBO轨道相位不同已经有3人回复
关于NBO及Mulliken电荷分析的疑问已经有10人回复
NBO电荷比较亲电活性大小已经有8人回复
MultiWFN想要生成用于NBO分析的cub时不能载入.37文件已经有3人回复
流式细胞仪测蛋白荧光能不能样品处理好后放过夜第二天再测已经有3人回复
求教，用简便的化学方法鉴别下列几种酸：草酸、丙酮酸、丙酸已经有4人回复
急求帮助，请各位帮忙！谢谢计算NBO电荷分析出现如下问题已经有6人回复
NBO 电荷分析中电荷总和不为零分析处理已经有6人回复
Mulliken 布局分析任何分析电荷分布、转移和化学性质已经有10人回复
【求助】NBO轨道指的是nbo电荷的分布情况吗？已经有3人回复
电荷密度图等高线不对称已经有13人回复
大家做NBO分析都用其中的什么内容呢？总觉得自己分析不够透彻... 已经有21人回复
VESTA为什么不能导出 2D 电荷密度的数据？已经有5人回复
【求助】密立根电荷和NBO电荷的差异已经有4人回复
【求助】请问NPA电荷和NBO电荷有什么区别？已经有7人回复
【求助】Mulliken电荷分布总和不为0是什么原因已经有7人回复

以无法为有法，以无限为有限

1楼2012-02-17 10:19:38

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子

应助: 13 (小学生)
金币: 8506.3
散金: 10
红花: 14
帖子: 1898
在线: 215.9小时
虫号: 630331
注册: 2008-10-19
性别: GG
专业: 理论和计算化学
管辖: 量子化学

把你的输入输出文件直接发给G公司咨询一下吧，是不是bug？或是NBO分析的固有缺陷？
不过你的输出文件中有句提示：
NATURAL BOND ORBITAL ANALYSIS:
A bond orbital with an occupancy of 2.01949 electrons was found!
Please check you input data.

赞一下

回复此楼

愿好运与快乐伴随你！

2楼2012-02-17 13:55:17

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

muxiachuixue

木虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 2068.6
散金: 2
红花: 5
帖子: 315
在线: 178.7小时
虫号: 1285058
注册: 2011-05-04
性别: GG
专业: 合成药物化学

引用回帖:

2楼: Originally posted by quantumor at 2012-02-17 13:55:17:
把你的输入输出文件直接发给G公司咨询一下吧，是不是bug？或是NBO分析的固有缺陷？
不过你的输出文件中有句提示：
NATURAL BOND ORBITAL ANALYSIS:
A bond orbital with an occupancy of 2.01949 electrons ...

你好，我发邮件问了高斯官方，高斯官方给的建议是加上IOp(6/76=8)来提高线性相关的标准，经测试，电荷总和已正常，以下是gaussian的回复：
If you look at the beginning of the NBO analysis you will see the
problem,

Remove ICRem=  289 ICRemI=  290 L=0 PNAO
number  289 atom 14 type  51 NPNAO=  520
due to symmetric orthogonalization 2, value= 0.00D+00.

Computed number of electrons  148.18290763 does
not match expected value of 148.

where the program was having some problems orthogonalizing the basis
set.

   We have seen this with some other calculations with diffuse basis
sets and sometimes tightening the criteria for linear dependence will
help.  Using
# rb3lyp/6-311++g(d,p) pop=npa IOp(6/76=8)

which changes it from 10^-6 to 10^-8 will still be stable and yet
correct the removal of important contributions.

赞一下

回复此楼

以无法为有法，以无限为有限

3楼2012-03-08 18:46:10

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子

应助: 13 (小学生)
金币: 8506.3
散金: 10
红花: 14
帖子: 1898
在线: 215.9小时
虫号: 630331
注册: 2008-10-19
性别: GG
专业: 理论和计算化学
管辖: 量子化学

准bug一个

回复此楼

愿好运与快乐伴随你！

4楼2012-03-09 09:37:09

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主 muxiachuixue 的主题更新

返回列表