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muxiachuixue木虫 (正式写手)
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NBO 电荷总数不为零
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小弟最近算一个63个原子的分子，有C/H/O/N/S几种原子，分子未经高斯优化，用b3lyp/6-311++g(d,p)算nbo，电荷总数为-1.8，可分子明明是中性的啊，输入文件也规定了charge=0；再将分子用b3lyp/6-31+g(d,p)优化，b3lyp/6-311++g(d,p)算nbo，电荷总数差不多为0 故请教大侠，为何未优化之前算出的nbo电荷总和不为0呢？ 以下贴出输入文件和输出文件 Summary of Natural Population Analysis: Natural Population Natural ----------------------------------------------- Atom No Charge Core Valence Rydberg Total ----------------------------------------------------------------------- C 1 0.05001 1.99919 3.92264 0.02816 5.94999 N 2 -0.45280 1.99943 5.43155 0.02182 7.45280 C 3 0.09288 1.99912 3.88022 0.02778 5.90712 C 4 -0.10952 1.99892 4.09574 0.01487 6.10952 C 5 -0.06187 1.99886 4.04467 0.01833 6.06187 C 6 -0.18951 1.99908 4.17558 0.01485 6.18951 C 7 -0.12920 1.99910 4.11328 0.01681 6.12920 C 8 -0.20789 1.99915 4.19040 0.01835 6.20789 C 9 -0.17112 1.99906 4.15306 0.01900 6.17112 C 10 -0.25147 1.99862 4.22640 0.02645 6.25147 S 11 2.16679 8.10518 3.66823 2.05979 13.83321 N 12 -0.93644 1.99938 5.90754 0.02952 7.93644 C 13 -0.02604 1.99921 4.00486 0.02196 6.02604 C 14 -0.58809 1.99930 4.57808 0.01071 6.58809 O 15 -0.91952 1.99980 6.90725 0.01247 8.91952 O 16 -1.38312 1.99980 5.57151 1.81181 9.38312 C 17 -0.17626 1.99919 4.15813 0.01894 6.17626 N 18 -0.20247 1.99919 5.17253 0.03075 7.20247 N 19 -0.11881 1.99955 5.08428 0.03498 7.11881 N 20 -0.25648 1.99955 5.23112 0.02580 7.25648 C 21 0.08265 1.99898 3.88401 0.03436 5.91735 C 22 -0.05744 1.99875 4.03747 0.02122 6.05744 C 23 -0.20684 1.99916 4.16820 0.03948 6.20684 N 24 -0.81971 1.99946 5.54323 0.27703 7.81971 C 25 -0.58863 1.99919 3.56164 1.02779 6.58863 C 26 -0.01296 1.99880 3.86661 0.14755 6.01296 C 27 -0.09641 1.99886 4.06605 0.03149 6.09641 C 28 -0.39495 1.99920 4.37714 0.01861 6.39495 C 29 -0.21182 1.99923 4.15193 0.06066 6.21182 C 30 -0.06698 1.99875 4.04751 0.02072 6.06698 C 31 0.12853 1.99892 3.84499 0.02757 5.87147 N 32 -0.56214 1.99905 5.50775 0.05534 7.56214 C 33 -0.19784 1.99911 4.18066 0.01806 6.19784 C 34 -0.22406 1.99918 4.20635 0.01853 6.22406 C 35 -0.21721 1.99919 4.19905 0.01897 6.21721 C 36 -0.22166 1.99909 4.20590 0.01667 6.22166 H 37 0.19605 0.00000 0.80172 0.00224 0.80395 H 38 0.19762 0.00000 0.80102 0.00136 0.80238 H 39 0.23123 0.00000 0.76619 0.00258 0.76877 H 40 0.20967 0.00000 0.78812 0.00221 0.79033 H 41 0.21467 0.00000 0.78330 0.00203 0.78533 H 42 0.23104 0.00000 0.76526 0.00370 0.76896 H 43 0.43595 0.00000 0.56060 0.00345 0.56405 H 44 0.21792 0.00000 0.77990 0.00218 0.78208 H 45 0.20541 0.00000 0.79297 0.00163 0.79459 H 46 0.19461 0.00000 0.80352 0.00187 0.80539 H 47 0.22500 0.00000 0.77299 0.00201 0.77500 H 48 0.22843 0.00000 0.76997 0.00160 0.77157 H 49 0.23057 0.00000 0.76731 0.00212 0.76943 H 50 0.22866 0.00000 0.76901 0.00233 0.77134 H 51 0.19969 0.00000 0.79020 0.01011 0.80031 H 52 0.17823 0.00000 0.81560 0.00617 0.82177 H 53 0.01128 0.00000 0.92878 0.05994 0.98872 H 54 0.11182 0.00000 0.82727 0.06091 0.88818 H 55 0.20988 0.00000 0.78604 0.00407 0.79012 H 56 0.20393 0.00000 0.79256 0.00351 0.79607 H 57 0.22122 0.00000 0.77247 0.00631 0.77878 H 58 0.14636 0.00000 0.84176 0.01189 0.85364 H 59 0.39280 0.00000 0.60310 0.00410 0.60720 H 60 0.20923 0.00000 0.78918 0.00159 0.79077 H 61 0.20118 0.00000 0.79693 0.00189 0.79882 H 62 0.20196 0.00000 0.79625 0.00179 0.79804 H 63 0.19995 0.00000 0.79774 0.00231 0.80005 ======================================================================= * Total * -1.80404 78.07562 181.42533 6.30308 265.80404 |
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2楼2012-02-17 13:55:17
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你好，我发邮件问了高斯官方，高斯官方给的建议是加上IOp(6/76=8)来提高线性相关的标准，经测试，电荷总和已正常，以下是gaussian的回复： If you look at the beginning of the NBO analysis you will see the problem, Remove ICRem= 289 ICRemI= 290 L=0 PNAO number 289 atom 14 type 51 NPNAO= 520 due to symmetric orthogonalization 2, value= 0.00D+00. Computed number of electrons 148.18290763 does not match expected value of 148. where the program was having some problems orthogonalizing the basis set. We have seen this with some other calculations with diffuse basis sets and sometimes tightening the criteria for linear dependence will help. Using # rb3lyp/6-311++g(d,p) pop=npa IOp(6/76=8) which changes it from 10^-6 to 10^-8 will still be stable and yet correct the removal of important contributions. |
3楼2012-03-08 18:46:10
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