| 查看: 1582 | 回复: 3 | |||
muxiachuixue木虫 (正式写手)
|
[求助]
NBO 电荷总数不为零
|
|
小弟最近算一个63个原子的分子，有C/H/O/N/S几种原子，分子未经高斯优化，用b3lyp/6-311++g(d,p)算nbo，电荷总数为-1.8，可分子明明是中性的啊，输入文件也规定了charge=0；再将分子用b3lyp/6-31+g(d,p)优化，b3lyp/6-311++g(d,p)算nbo，电荷总数差不多为0 故请教大侠，为何未优化之前算出的nbo电荷总和不为0呢？ 以下贴出输入文件和输出文件 Summary of Natural Population Analysis: Natural Population Natural ----------------------------------------------- Atom No Charge Core Valence Rydberg Total ----------------------------------------------------------------------- C 1 0.05001 1.99919 3.92264 0.02816 5.94999 N 2 -0.45280 1.99943 5.43155 0.02182 7.45280 C 3 0.09288 1.99912 3.88022 0.02778 5.90712 C 4 -0.10952 1.99892 4.09574 0.01487 6.10952 C 5 -0.06187 1.99886 4.04467 0.01833 6.06187 C 6 -0.18951 1.99908 4.17558 0.01485 6.18951 C 7 -0.12920 1.99910 4.11328 0.01681 6.12920 C 8 -0.20789 1.99915 4.19040 0.01835 6.20789 C 9 -0.17112 1.99906 4.15306 0.01900 6.17112 C 10 -0.25147 1.99862 4.22640 0.02645 6.25147 S 11 2.16679 8.10518 3.66823 2.05979 13.83321 N 12 -0.93644 1.99938 5.90754 0.02952 7.93644 C 13 -0.02604 1.99921 4.00486 0.02196 6.02604 C 14 -0.58809 1.99930 4.57808 0.01071 6.58809 O 15 -0.91952 1.99980 6.90725 0.01247 8.91952 O 16 -1.38312 1.99980 5.57151 1.81181 9.38312 C 17 -0.17626 1.99919 4.15813 0.01894 6.17626 N 18 -0.20247 1.99919 5.17253 0.03075 7.20247 N 19 -0.11881 1.99955 5.08428 0.03498 7.11881 N 20 -0.25648 1.99955 5.23112 0.02580 7.25648 C 21 0.08265 1.99898 3.88401 0.03436 5.91735 C 22 -0.05744 1.99875 4.03747 0.02122 6.05744 C 23 -0.20684 1.99916 4.16820 0.03948 6.20684 N 24 -0.81971 1.99946 5.54323 0.27703 7.81971 C 25 -0.58863 1.99919 3.56164 1.02779 6.58863 C 26 -0.01296 1.99880 3.86661 0.14755 6.01296 C 27 -0.09641 1.99886 4.06605 0.03149 6.09641 C 28 -0.39495 1.99920 4.37714 0.01861 6.39495 C 29 -0.21182 1.99923 4.15193 0.06066 6.21182 C 30 -0.06698 1.99875 4.04751 0.02072 6.06698 C 31 0.12853 1.99892 3.84499 0.02757 5.87147 N 32 -0.56214 1.99905 5.50775 0.05534 7.56214 C 33 -0.19784 1.99911 4.18066 0.01806 6.19784 C 34 -0.22406 1.99918 4.20635 0.01853 6.22406 C 35 -0.21721 1.99919 4.19905 0.01897 6.21721 C 36 -0.22166 1.99909 4.20590 0.01667 6.22166 H 37 0.19605 0.00000 0.80172 0.00224 0.80395 H 38 0.19762 0.00000 0.80102 0.00136 0.80238 H 39 0.23123 0.00000 0.76619 0.00258 0.76877 H 40 0.20967 0.00000 0.78812 0.00221 0.79033 H 41 0.21467 0.00000 0.78330 0.00203 0.78533 H 42 0.23104 0.00000 0.76526 0.00370 0.76896 H 43 0.43595 0.00000 0.56060 0.00345 0.56405 H 44 0.21792 0.00000 0.77990 0.00218 0.78208 H 45 0.20541 0.00000 0.79297 0.00163 0.79459 H 46 0.19461 0.00000 0.80352 0.00187 0.80539 H 47 0.22500 0.00000 0.77299 0.00201 0.77500 H 48 0.22843 0.00000 0.76997 0.00160 0.77157 H 49 0.23057 0.00000 0.76731 0.00212 0.76943 H 50 0.22866 0.00000 0.76901 0.00233 0.77134 H 51 0.19969 0.00000 0.79020 0.01011 0.80031 H 52 0.17823 0.00000 0.81560 0.00617 0.82177 H 53 0.01128 0.00000 0.92878 0.05994 0.98872 H 54 0.11182 0.00000 0.82727 0.06091 0.88818 H 55 0.20988 0.00000 0.78604 0.00407 0.79012 H 56 0.20393 0.00000 0.79256 0.00351 0.79607 H 57 0.22122 0.00000 0.77247 0.00631 0.77878 H 58 0.14636 0.00000 0.84176 0.01189 0.85364 H 59 0.39280 0.00000 0.60310 0.00410 0.60720 H 60 0.20923 0.00000 0.78918 0.00159 0.79077 H 61 0.20118 0.00000 0.79693 0.00189 0.79882 H 62 0.20196 0.00000 0.79625 0.00179 0.79804 H 63 0.19995 0.00000 0.79774 0.00231 0.80005 ======================================================================= * Total * -1.80404 78.07562 181.42533 6.30308 265.80404 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : A1B7_nbo .gjf
- 附件 2 : A1B7_nbo.out
2012-02-17 10:19:02, 4.56 K
2012-02-17 10:19:04, 230.39 K
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 模拟，理论 |
» 猜你喜欢
Chemical Bonding at Surfaces and Interfaces,最经典的一本表面上化学相互作用教材
已经有0人回复
-
分子动力学模拟合作需求
已经有3人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有264人回复
-
诚邀有志之士加入江苏大学环境学院合成生物学课题组！(长期接收学硕专硕、硕博连读)
已经有16人回复
-
一志愿南大理论与计算化学方向（070300）342分，求调剂
已经有1人回复
-
欢迎化学、化工、物理、材料、或计算机背景的考研咨询
已经有0人回复
-
调剂招生
已经有7人回复
-
河南理工大学化工学院招收调剂生啦！
已经有1人回复
-
调剂
已经有0人回复
-
调剂
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- NBO正常结束但是没有分析结果
已经有11人回复
- 蛋白质的电荷不为整数问题
已经有3人回复
- 2-二硝基甲苯的4位和6位碳的NBO电荷
已经有3人回复
- 用gaussian计算负一价离子的NBO时，输出文件中电荷显示为何为0
已经有7人回复
- 高斯计算，用不同基组算出的NBO轨道相位不同
已经有3人回复
- 关于NBO及Mulliken电荷分析的疑问
已经有10人回复
- NBO电荷比较亲电活性大小
已经有8人回复
- MultiWFN想要生成用于NBO分析的cub时不能载入.37文件
已经有3人回复
- 流式细胞仪测蛋白荧光能不能样品处理好后放过夜第二天再测
已经有3人回复
- 求教，用简便的化学方法鉴别下列几种酸：草酸、丙酮酸、丙酸
已经有4人回复
- 急求帮助，请各位帮忙！谢谢计算NBO电荷分析出现如下问题
已经有6人回复
- NBO 电荷分析中电荷总和不为零 分析 处理
已经有6人回复
- Mulliken 布局分析任何分析电荷分布、转移和化学性质
已经有10人回复
- 【求助】NBO轨道指的是nbo电荷的分布情况吗？
已经有3人回复
- 电荷密度图 等高线不对称
已经有13人回复
- 大家做NBO分析都用其中的什么内容呢？总觉得自己分析不够透彻...
已经有21人回复
- VESTA为什么不能导出 2D 电荷密度的数据？
已经有5人回复
- 【求助】密立根电荷和NBO电荷的差异
已经有4人回复
- 【求助】请问NPA电荷和NBO电荷有什么区别？
已经有7人回复
- 【求助】Mulliken电荷分布总和不为0是什么原因
已经有7人回复
quantumor
金虫 (著名写手)
快乐兔子
- 应助: 13 (小学生)
- 金币: 8506.3
- 散金: 10
- 红花: 14
- 帖子: 1898
- 在线: 215.9小时
- 虫号: 630331
- 注册: 2008-10-19
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
2楼2012-02-17 13:55:17
muxiachuixue
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2068.6
- 散金: 2
- 红花: 5
- 帖子: 315
- 在线: 178.7小时
- 虫号: 1285058
- 注册: 2011-05-04
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
|
你好，我发邮件问了高斯官方，高斯官方给的建议是加上IOp(6/76=8)来提高线性相关的标准，经测试，电荷总和已正常，以下是gaussian的回复： If you look at the beginning of the NBO analysis you will see the problem, Remove ICRem= 289 ICRemI= 290 L=0 PNAO number 289 atom 14 type 51 NPNAO= 520 due to symmetric orthogonalization 2, value= 0.00D+00. Computed number of electrons 148.18290763 does not match expected value of 148. where the program was having some problems orthogonalizing the basis set. We have seen this with some other calculations with diffuse basis sets and sometimes tightening the criteria for linear dependence will help. Using # rb3lyp/6-311++g(d,p) pop=npa IOp(6/76=8) which changes it from 10^-6 to 10^-8 will still be stable and yet correct the removal of important contributions. |
3楼2012-03-08 18:46:10
quantumor
金虫 (著名写手)
快乐兔子
- 应助: 13 (小学生)
- 金币: 8506.3
- 散金: 10
- 红花: 14
- 帖子: 1898
- 在线: 215.9小时
- 虫号: 630331
- 注册: 2008-10-19
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
4楼2012-03-09 09:37:09
