【答案】应助回帖

» 猜你喜欢

RSC ADV状态问题已经有4人回复
湖南大学招收锂离子电池、离子液体、高分子与凝胶材料、电催化方向博士生多名已经有8人回复
物理化学论文润色/翻译怎么收费? 已经有116人回复
南京大学蔡亮课题组诚招2026年申请-考核制博士生2-3名（电解水制氢，XAFS谱学等）已经有32人回复
需要一个圆偏振光诱导化学反应，请问使用圆偏振光作为光源，应该需要哪些设备搭建已经有0人回复
求助各位大佬配位化学学习教材！！！已经有0人回复
大连海事大学国家级人才团队2026年博士研究生招生启事已经有10人回复
内蒙古大学青年长江学者王蕾教授课题组2026年博士招聘，2-3人已经有11人回复
多相催化-2026年CSC博士及洪堡合作博士后招生！已经有0人回复
中国地质大学（武汉）—国家级青年人才杨明教授组-招收博士-新能源材料化学及催化材料已经有25人回复
求光催化产过氧化氢的PPT ！！！毕业答辩需要已经有1人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

gaussian中NBO计算出现的问题已经有10人回复
【sobereva个人文集】电子定域性的图形分析已经有56人回复

1楼2013-07-03 08:19:07

lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

应助: 214 (大学生)
金币: 5034
红花: 10
帖子: 574
在线: 195.1小时
虫号: 1121020
注册: 2010-10-13
性别: GG
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

贴出你的输入与输出文件

2楼2013-07-03 08:38:13

科学岛

铁虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1.5
帖子: 39
在线: 81.1小时
虫号: 1942572
注册: 2012-08-17
专业: 理论和计算化学

引用回帖:

2楼: Originally posted by lishijunzong at 2013-07-03 08:38:13
贴出你的输入与输出文件

输出文件中共有3处Summary of Natural Population Analysis:，前两处显示total=-1.000，但最后一处却显示total=0.不知是和原因，上网查过，加上（7/76=8）后仍然是同样的错误。简单的输入输出如下：
输入：%nproc=4
%mem=500MB
# pbe1pbe/genecp Pop=NBORead

输出：前两处中的一处， Summary of Natural Population Analysis:

                                    Natural Population
            Natural  -----------------------------------------------
Atom  No Charge       Core    Valence Rydberg    Total
-----------------------------------------------------------------------
   Au 1 -0.06858    67.99088 11.06733 0.01038 79.06858
   Au 2 -0.06858    67.99088 11.06733 0.01038 79.06858
   C 3 -0.86284    1.99974    4.80188 0.06123    6.86284
=======================================================================
* Total * -1.00000 137.98149 26.93653 0.08198 165.00000
Summary of Natural Population Analysis:

                                    Natural Population
            Natural  -----------------------------------------------
Atom  No Charge       Core    Valence Rydberg    Total
-----------------------------------------------------------------------
   Au 1 -0.02329    33.99503    5.52360 0.00466 39.52329
   Au 2 -0.02329    33.99503    5.52360 0.00466 39.52329
   C 3 0.04659    0.99986    1.92479 0.02877    2.95341
=======================================================================
* Total * 0.00000    68.98993 12.97199 0.03808 82.00000

» 本帖附件资源列表

欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
附件 1 : reopt_reopt_Anion_Geom_31_.out

2013-07-03 08:53:07, 204.33 K

附件 2 : reopt_reopt_Anion_Geom_31_.gjf

2013-07-03 08:53:22, 8.36 K

3楼2013-07-03 08:53:39

科学岛

铁虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1.5
帖子: 39
在线: 81.1小时
虫号: 1942572
注册: 2012-08-17
专业: 理论和计算化学

引用回帖:

3楼: Originally posted by 科学岛 at 2013-07-03 08:53:39
输出文件中共有3处Summary of Natural Population Analysis:，前两处显示total=-1.000，但最后一处却显示total=0.不知是和原因，上网查过，加上（7/76=8）后仍然是同样的错误。简单的输入输出如下：
输入：%nproc ...

请大牛们指点一下啊，万分感谢！

4楼2013-07-03 10:54:56

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

QC强帖: 17
应助: 226 (大学生)
贵宾: 5.4
金币: 2180.5
红花: 217
帖子: 1241
在线: 366.8小时
虫号: 281271
注册: 2006-09-23
专业: 宇宙学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+3 2013-07-03 15:06:11
科学岛: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2013-07-03 19:17:15

第一遍输出的是对体系的总密度分析，所以加和为-1。第二遍是对alpha电子进行分析，第三遍是对beta电子进行分析。由于你的情况是自旋多重度为2的开壳层，所以alpha电子比beta电子多1，而NBO在计算alpha和beta部分的原子电荷都时将原子核电荷除以2，故beta电子和核电荷正好抵消了，而alpha电子比核电荷多1，故alpha的净电荷为-1。

赞一下(1人)

5楼2013-07-03 14:49:27

科学岛

铁虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1.5
帖子: 39
在线: 81.1小时
虫号: 1942572
注册: 2012-08-17
专业: 理论和计算化学

引用回帖:

5楼: Originally posted by sobereva at 2013-07-03 14:49:27
第一遍输出的是对体系的总密度分析，所以加和为-1。第二遍是对alpha电子进行分析，第三遍是对beta电子进行分析。由于你的情况是自旋多重度为2的开壳层，所以alpha电子比beta电子多1，而NBO在计算alpha和beta部分的原 ...

那比如说分析Au2C_阴离子团簇时，能否将Au2_看做一个整体，而分析C和Au2_之间的电荷转移情况。
                                    Natural Population
            Natural  -----------------------------------------------
Atom  No Charge       Core    Valence Rydberg    Total
-----------------------------------------------------------------------
Au 1 -0.06858    67.99088 11.06733 0.01038 79.06858
Au 2 -0.06858    67.99088 11.06733 0.01038 79.06858
   C 3 -0.86284    1.99974    4.80188 0.06123    6.86284
=======================================================================
  * Total * -1.00000 137.98149 26.93653 0.08198 165.00000
在上表中，是不是就是有0.86284个电荷由Au2_转移到C上。
有一篇文献中有这样一句话：The calculated nonorthogonal natural atomic overlap populations between Au and Au are larger than those between Au and Zn. 这是不是就要看输出文件中的体系总密度分析后的
Atom-atom overlap-weighted NAO bond order:

   Atom 1    2    3
   ---- ------  ------  ------
1. Au  0.0000  0.0851  0.8473
2. Au  0.0851  0.0000  0.8473
3.  C  0.8473  0.8473  0.0000
  部分。

还是下面这部分
Atom-atom overlap-weighted NAO bond order, Totals by atom:

   Atom 1
   ---- ------
1. Au  0.9325
2. Au  0.9325
3.  C  1.6947
请指点一下啊，谢谢！

6楼2013-07-03 19:40:58

sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

QC强帖: 17
应助: 226 (大学生)
贵宾: 5.4
金币: 2180.5
红花: 217
帖子: 1241
在线: 366.8小时
虫号: 281271
注册: 2006-09-23
专业: 宇宙学

你的理解正确。

"Atom-atom overlap-weighted NAO bond order, Totals by atom"和那句话无关。"Atom-atom overlap-weighted NAO bond order"其实也不是那句话所精确对应的，只能说是相似（结论估计能够定性一致），因为其中用的是NAO的密度矩阵而非PNAO的密度矩阵。关于NBO输出的这个东西的含义和计算方式见《谈谈NBO中用bndidx关键词输出的三种键级》
（http://hi.baidu.com/sobereva/item/1fb69cd491e5e3ba32db90c3）。要想精确算那个量就用DMPNAO打印出PNAO下的密度矩阵，然后和相应的PNAO重叠矩阵元相乘来得到。

至于那文献作者怎么讨论的这个量这不好说，很有可能作者自己不懂十分清楚理论，误用Atom-atom overlap-weighted NAO bond order来讨论这个量。

赞一下(1人)

7楼2013-07-03 21:17:08

科学岛

铁虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1.5
帖子: 39
在线: 81.1小时
虫号: 1942572
注册: 2012-08-17
专业: 理论和计算化学

引用回帖:

7楼: Originally posted by sobereva at 2013-07-03 21:17:08
你的理解正确。

"Atom-atom overlap-weighted NAO bond order, Totals by atom"和那句话无关。"Atom-atom overlap-weighted NAO bond order"其实也不是那句话所精确对应的，只能说是相似（结 ...

非常感谢您。

8楼2013-07-04 08:08:59