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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » gaussian中NBO计算出现的问题
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萱月琪琪

金虫 (正式写手)

[求助] gaussian中NBO计算出现的问题

弱弱的问一句 gaussian NBO计算时候，不是说在gaussviewer中加入关键字pop，在linux终端输入的最后加入$nbo plot $end  会自动产生则得到FILE.31 --- FILE.41的文件的吗?  为什么的加$nbo plot $end之后会出现-bash:command not found .我查看了下log文档发现是正常结束的，使用chemcraf打轨迹文件的时候都是未找到该文件呢 。我应该怎么处理呢？我主要想找的是LUMO-HOMO  希望得到您的回复

我是在gv（pop=nbo）下生成gjf文件通过ssh上传到linux服务器下。在终端中输入的是：
[gs@localhost test]$ dos2unix GDC8.gjf
[gs@localhost test]$ g09 GDC8.gjf
$nbo plot $end
出现的是-bash:command not found


file.31--file.41 (资料显示) 我没有
File.31 AO Atomic Orbital ("the" basis set of host electronic structure system).
File.32 PNAO Pre-orthogonal* NAO
File.33 NAO Natural Atomic Orbital
File.34 PNHO Pre-orthogonal NHO
File.35 NHO Natural Hybrid Orbital
File.36 PNBO Pre-orthogonal NBO
File.37 NBO Natural Bond Orbital
File.38 PNLMO Pre-orthogonal NLMO
File.39 NLMO Natural Localized Molecular Orbital
File.40 MO Molecular Orbital (canonical; delocalized)
File.41 AO density matrix


我主要想找的是LUMO-HOMO ,我看了NBO的分析文档，但是还是找不到。谢谢帮助
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世上无难事只怕有心人。。。。信心。。。毅力。。。努力。。。成功
1楼 2013-03-29 00:05:00
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

maynard

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
萱月琪琪: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 感谢您的多次解答 2013-03-29 09:44:02
$nbo plot $end不是在终端输入的，是放在gjf文件末尾的（和前面的输出文件空一行）
还有，要用pop=NBORead
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2楼2013-03-29 09:16:42
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普通回帖

萱月琪琪

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by maynard at 2013-03-29 09:16:42
$nbo plot $end不是在终端输入的，是放在gjf文件末尾的（和前面的输出文件空一行）
还有，要用pop=NBORead

你的意思是这个$nbo plot $end放在最最后面的，pop=NBORead也是在gv里面自己输入的是吧？
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世上无难事只怕有心人。。。。信心。。。毅力。。。努力。。。成功
3楼2013-03-29 09:31:57
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maynard

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 萱月琪琪 at 2013-03-29 09:31:57
你的意思是这个$nbo plot $end放在最最后面的，pop=NBORead也是在gv里面自己输入的是吧？...

对的，都是在输入文件gjf里，用什么编辑无所谓的……我一般vim的，或者直接在win下ultraedit，gv怎么输我还不太清楚
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4楼2013-03-29 09:36:55
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萱月琪琪

金虫 (正式写手)
你的意思是这个$nbo plot $end放在gjf最最后面的，  pop=NBORead是在gv里面自己输入的是吧？
  gv里面的nbo类型还是选的full nbo吧，checkpoint save  选项是don'tsave吧   
NBO的基组和opt fre的基组是一样的吧？
那还用在gv里面输入scf=tight 吗？
非常感谢您的帮助，我在理解上稍微有点问题，希望见谅！
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5楼2013-03-29 09:40:59
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maynard

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 萱月琪琪 at 2013-03-29 09:40:59
你的意思是这个$nbo plot $end放在gjf最最后面的，  pop=NBORead是在gv里面自己输入的是吧？
  gv里面的nbo类型还是选的full nbo吧，checkpoint save  选项是don'tsave吧   
NBO的基组和opt fre的基组是一样的吧？ ...

嘛，应该是这样没错了，还出错的话再@我吧
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6楼2013-03-29 09:52:47
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萱月琪琪

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by maynard at 2013-03-29 09:52:47
嘛，应该是这样没错了，还出错的话再@我吧...

我在gjf里面输入$nbo plot $end，$nbo plot  与上面的隔了一行顶行输入、对齐输入刚输入命令 [gs@localhost test]$ g09 GDC8.gjf
就掉了，打开log出现的提示是：Error termination via Lnk1e in /home/gs/g09/l1.exe at Fri Mar 29 10:21:22 2013.
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世上无难事只怕有心人。。。。信心。。。毅力。。。努力。。。成功
7楼2013-03-29 10:24:35
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maynard

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 萱月琪琪 at 2013-03-29 10:24:35
我在gjf里面输入$nbo plot $end，$nbo plot  与上面的隔了一行顶行输入、对齐输入刚输入命令 $ g09 GDC8.gjf
就掉了，打开log出现的提示是：Error termination via Lnk1e in /home/gs/g09/l1.exe at Fri Mar 29 1 ...

不介意的话还是把输入文件gjf传上来给我看看吧……
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8楼2013-03-29 10:37:11
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yanrding

金虫 (正式写手)
# 行 加 pop=nboread 才行。
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华北电力大学（北京）数理学院，计算化学，凝聚态物理。欢迎合作！招硕士/博士研究生，招老师。
9楼2013-03-29 10:45:44
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maynard

金虫 (初入文坛)
举个简单的例子，C2H4的NBO计算
l1错误是关键词写错了，删掉多余的关键词和重复的内容吧

# B3LYP/6-311G** pop=NBORead

NBO

0 1
C                  0.66349900   -0.00000200   -0.00003800
C                 -0.66350800   -0.00000200   -0.00002100
H                  1.23443900   -0.92261900    0.00010600
H                  1.23442400    0.92262400    0.00009600
H                 -1.23439100    0.92264600    0.00008000
H                 -1.23441800   -0.92263100    0.00007000

$NBO PLOT $END
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萱月琪琪
10楼2013-03-29 10:50:19
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