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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » NBO/AIM » NBO计算输出结果中的各个结构片段是怎样确定的？
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vigaryang

木虫 (正式写手)

[求助] NBO计算输出结果中的各个结构片段是怎样确定的？

我在gaussian 03中利用pop=NBO关键词研究两个分子间的相互作用，希望获得两个分子的NBO轨道间的二阶稳定化能。之前计算一直没问题，我所需要的相关信息会在输出文件中以"from unit 2 to unit 1"标题呈现，其中unit2和unit1各代表一个分子。然而最近在计算某两个分子时，发现在计算结果中unit的数量不只两个，而变成了三个，原因在于其中一个含有酚羟基的分子被处理成了两个unit，酚羟基的H原子单独为一个unit，其余原子为另一个unit。这样一来我就无法知道酚羟基的NBO轨道与另一个分子的轨道之间的相互作用情况了。我对这个结果感到很困惑，无法理解为什么会出现这样一个奇怪的unit划分情况，特别是我已经在gaussian输入文件中使用了geom=connectivity指定各个原子之间的连接关系的。求指点，谢谢！

[ Last edited by vigaryang on 2011-8-7 at 15:15 ]
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1楼2011-08-07 15:13:55
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vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 568268771 at 2011-12-07 11:05:06:
比如说一个甲苯计算nbo，怎么用choose关键词定义lone，bond呢？好像定义的不对就会把苯环分成好几个unit，请指教！

附件是我写的利用choose关键字对苯酚-氟化氢1:1复合物进行NBO分析的例子，包括输入文件和输出文件。如果你之前看过NBO指南，应该会清楚输入文件中各符号的含义。
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568268772 ilxxm
13楼2011-12-07 18:37:13
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linzhongaiguo

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
gmy1990(金币+1): 2011-08-07 21:28:27
vigaryang(金币+8): 3 2011-08-08 23:46:44
去掉这个试一试：使用了geom=connectivity指定各个原子之间的连接关系的
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DFT
2楼2011-08-07 18:45:16
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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zhou2009(金币+5): 2011-08-08 14:57:37
zhou2009(金币+5): 代楼主追加 2011-10-22 19:38:42
geom=connectivity与判断unit没有任何关系。在NBO分析中，由BD连接的原子们会被认为是一个unit，没有BD连接的原子间即便在高斯输入文件中写了连接关系也不会产生任何作用。如果确信氢原子和旁边的一个原子能够成键，那么可能是你计算波函数的方法不合理。如果不能确信成键，比如这个原子的状态比较特殊，那么NBO输出的信息就是合理的，即确实不能被认为是成键，也因此氢会被单独划成一个unit。
如果怀疑是NBO3.1的bug，也可以试试用NBO5去做一次。
另外也可以试试NBO里的$CHOOSE关键词（详见NBO手册），可以自行设定哪些原子间成键，以此来指定NBO程序搜索BD的过程而代替自动的搜索方式。注意即使这样能找到期望的那个氢的BD，占据数也可能会很低。
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907912845
3楼2011-08-08 14:19:08
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vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sobereva at 2011-08-08 14:19:08:
geom=connectivity与判断unit没有任何关系。在NBO分析中，由BD连接的原子们会被认为是一个unit，没有BD连接的原子间即便在高斯输入文件中写了连接关系也不会产生任何作用。如果确信氢原子和旁边的一个原子能够成键 ...

非常感谢专家相助！我打算用NBO 5.0试试看。很抱歉的是我在发放金币时操作失误，8个金币全部发给上一位网友了。。然后点击追加悬赏金币时提示说主题帖求助完毕不能追加。。板主能否让我再追加一些金币？
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4楼2011-08-08 23:49:42
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vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sobereva at 2011-08-08 14:19:08:
geom=connectivity与判断unit没有任何关系。在NBO分析中，由BD连接的原子们会被认为是一个unit，没有BD连接的原子间即便在高斯输入文件中写了连接关系也不会产生任何作用。如果确信氢原子和旁边的一个原子能够成键 ...

老师您好，再请问一下，使用choose关键词的时候是不是把复合物中所有的轨道全部都要人为指定一下（手册上的例子是这样的）？由于我的体系中原子有100多个，这样做会很麻烦而且容易出错。我试了一下只指定我关心的那个羟基为s型连接，但发现NBO程序没能被gaussian调用（被gaussian当作最普通的单点能计算处理了）。
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5楼2011-09-09 22:26:53
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★ ★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-10-22 19:22:09
gmy1990(金币+2): 2011-10-22 19:22:11
是的，那些没有指定成键方式的原子找出来的都是LP。
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6楼2011-09-09 23:12:07
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songchan

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
7楼2011-09-16 10:12:15
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568268771

木虫 (著名写手)
引用回帖:
1楼: Originally posted by vigaryang at 2011-08-07 15:13:55:
我在gaussian 03中利用pop=NBO关键词研究两个分子间的相互作用，希望获得两个分子的NBO轨道间的二阶稳定化能。之前计算一直没问题，我所需要的相关信息会在输出文件中以"from unit 2 to unit 1"标题呈现 ...

请问楼主您知道怎样去定义各个分子的unit了吗？请指教，困惑中......
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认识小木虫们很高兴！
8楼2011-10-22 18:52:05
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vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 568268771 at 2011-10-22 18:52:05:
请问楼主您知道怎样去定义各个分子的unit了吗？请指教，困惑中......

就是按照Sobereva老师说的那样，用NBO=nboread外加$CHOOSE关键词人为指定。详细信息及输入文件实例可阅读NBO操作指南及百度。
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9楼2011-10-23 13:57:22
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vividelife

银虫 (小有名气)
请问在指定的时候，lone和bond怎么方便获得。比如bond中键到底是s,d,t，怎么可以获得！
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10楼2011-10-29 12:06:40
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