| 查看: 3419 | 回复: 20 | |||||
vigaryang木虫 (正式写手)
|
[求助]
NBO计算输出结果中的各个结构片段是怎样确定的？
|
||||
|
我在gaussian 03中利用pop=NBO关键词研究两个分子间的相互作用，希望获得两个分子的NBO轨道间的二阶稳定化能。之前计算一直没问题，我所需要的相关信息会在输出文件中以"from unit 2 to unit 1"标题呈现，其中unit2和unit1各代表一个分子。然而最近在计算某两个分子时，发现在计算结果中unit的数量不只两个，而变成了三个，原因在于其中一个含有酚羟基的分子被处理成了两个unit，酚羟基的H原子单独为一个unit，其余原子为另一个unit。这样一来我就无法知道酚羟基的NBO轨道与另一个分子的轨道之间的相互作用情况了。我对这个结果感到很困惑，无法理解为什么会出现这样一个奇怪的unit划分情况，特别是我已经在gaussian输入文件中使用了geom=connectivity指定各个原子之间的连接关系的。求指点，谢谢！ [ Last edited by vigaryang on 2011-8-7 at 15:15 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 量化计算 | 气态分子化学动力学 | Gaussian |
» 猜你喜欢
298分 070300求调剂
已经有15人回复
-
湖南大学张世国团队招26年第二批博士—离子液体、高分子与凝胶材料
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有90人回复
-
中国电机工程学报的投稿系统
已经有0人回复
-
湖南农业大学能源材料创新团队招收2025化学专业研究生（学硕）调剂
已经有0人回复
-
2026年西华大学材料学院-材料近净成形与表面技术研究团队-招收调剂研究生
已经有9人回复
-
调剂信息
已经有0人回复
-
河北农大生物与医药专业招收调剂，名额充足
已经有0人回复
-
齐鲁工业大学 国家重点实验室-新能源、锂离子电池、材料、化学方向
已经有0人回复
-
杰青/长江团队招收调剂
已经有0人回复
-
中南林业科技大学罗勇锋教授团队2026年招收材料类调剂研究生
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助！哪位高人帮忙优化一下分子结构并画出前线轨道模型~~~（重谢~）
已经有5人回复
- seebeck系数计算的一些问题
已经有15人回复
- 纯理论计算投稿的问题
已经有21人回复
- C++编程，关于循环结构的，大家看看我这程序哪里错了？
已经有21人回复
- 结构优化 a=b ----> a不等于b
已经有3人回复
- 反转录之后PCR扩增片段问题的请教，急急急
已经有5人回复
- 看看别人仅用VASP做DOS计算发好文章（两篇PRL）
已经有30人回复
- 有机非基元反应的过渡态计算如何确定中间体的个数和结构？
已经有4人回复
- 【求助】NBO5.0计算E2
已经有4人回复
- 【求助】NBO方法计算的结果与理论的竟然完全相反是怎么回事呢？
已经有12人回复
- 【分享】为PC-GAMESS写了个小程序，可以用Molekel显示NBO轨道
已经有13人回复
vigaryang
木虫 (正式写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 3466.3
- 散金: 677
- 红花: 6
- 帖子: 471
- 在线: 495.7小时
- 虫号: 227097
- 注册: 2006-03-23
- 性别: GG
- 专业: 应用化学
56826877213楼2011-12-07 18:37:13
linzhongaiguo
铜虫 (正式写手)
- 应助: 35 (小学生)
- 金币: 38.1
- 散金: 11
- 红花: 2
- 帖子: 971
- 在线: 872.5小时
- 虫号: 229087
- 注册: 2006-03-25
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2011-08-07 18:45:16
sobereva
至尊木虫 (著名写手)
本人已永久离开小木虫
- QC强帖: 17
- 应助: 226 (大学生)
- 贵宾: 5.4
- 金币: 2180.5
- 红花: 217
- 帖子: 1241
- 在线: 366.8小时
- 虫号: 281271
- 注册: 2006-09-23
- 专业: 宇宙学
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金币+5): 2011-08-08 14:57:37
zhou2009(金币+5): 代楼主追加 2011-10-22 19:38:42
zhou2009(金币+5): 2011-08-08 14:57:37
zhou2009(金币+5): 代楼主追加 2011-10-22 19:38:42
|
geom=connectivity与判断unit没有任何关系。在NBO分析中，由BD连接的原子们会被认为是一个unit，没有BD连接的原子间即便在高斯输入文件中写了连接关系也不会产生任何作用。如果确信氢原子和旁边的一个原子能够成键，那么可能是你计算波函数的方法不合理。如果不能确信成键，比如这个原子的状态比较特殊，那么NBO输出的信息就是合理的，即确实不能被认为是成键，也因此氢会被单独划成一个unit。 如果怀疑是NBO3.1的bug，也可以试试用NBO5去做一次。 另外也可以试试NBO里的$CHOOSE关键词（详见NBO手册），可以自行设定哪些原子间成键，以此来指定NBO程序搜索BD的过程而代替自动的搜索方式。注意即使这样能找到期望的那个氢的BD，占据数也可能会很低。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
3楼2011-08-08 14:19:08
vigaryang
木虫 (正式写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 3466.3
- 散金: 677
- 红花: 6
- 帖子: 471
- 在线: 495.7小时
- 虫号: 227097
- 注册: 2006-03-23
- 性别: GG
- 专业: 应用化学
4楼2011-08-08 23:49:42
vigaryang
木虫 (正式写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 3466.3
- 散金: 677
- 红花: 6
- 帖子: 471
- 在线: 495.7小时
- 虫号: 227097
- 注册: 2006-03-23
- 性别: GG
- 专业: 应用化学
5楼2011-09-09 22:26:53
sobereva
至尊木虫 (著名写手)
本人已永久离开小木虫
- QC强帖: 17
- 应助: 226 (大学生)
- 贵宾: 5.4
- 金币: 2180.5
- 红花: 217
- 帖子: 1241
- 在线: 366.8小时
- 虫号: 281271
- 注册: 2006-09-23
- 专业: 宇宙学
6楼2011-09-09 23:12:07
|
本帖内容被屏蔽 |
7楼2011-09-16 10:12:15
568268771
木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1855.7
- 散金: 17
- 红花: 2
- 沙发: 3
- 帖子: 1164
- 在线: 173.4小时
- 虫号: 1032782
- 注册: 2010-05-31
- 专业: 化工专业
8楼2011-10-22 18:52:05
vigaryang
木虫 (正式写手)
- 应助: 16 (小学生)
- 金币: 3466.3
- 散金: 677
- 红花: 6
- 帖子: 471
- 在线: 495.7小时
- 虫号: 227097
- 注册: 2006-03-23
- 性别: GG
- 专业: 应用化学
9楼2011-10-23 13:57:22
vividelife
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 4.2
- 散金: 6
- 红花: 1
- 帖子: 248
- 在线: 123.2小时
- 虫号: 560213
- 注册: 2008-05-19
- 专业: 电化学
10楼2011-10-29 12:06:40
