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用gaussian计算负一价离子的NBO时，输出文件中电荷显示为何为0
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lishijunzong
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2楼2013-07-03 08:38:13
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输出文件中共有3处Summary of Natural Population Analysis:，前两处显示total=-1.000，但最后一处却显示total=0.不知是和原因，上网查过，加上（7/76=8）后仍然是同样的错误。简单的输入输出如下： 输入：%nproc=4 %mem=500MB # pbe1pbe/genecp Pop=NBORead 输出：前两处中的一处， Summary of Natural Population Analysis: Natural Population Natural ----------------------------------------------- Atom No Charge Core Valence Rydberg Total ----------------------------------------------------------------------- Au 1 -0.06858 67.99088 11.06733 0.01038 79.06858 Au 2 -0.06858 67.99088 11.06733 0.01038 79.06858 C 3 -0.86284 1.99974 4.80188 0.06123 6.86284 ======================================================================= * Total * -1.00000 137.98149 26.93653 0.08198 165.00000 Summary of Natural Population Analysis: Natural Population Natural ----------------------------------------------- Atom No Charge Core Valence Rydberg Total ----------------------------------------------------------------------- Au 1 -0.02329 33.99503 5.52360 0.00466 39.52329 Au 2 -0.02329 33.99503 5.52360 0.00466 39.52329 C 3 0.04659 0.99986 1.92479 0.02877 2.95341 ======================================================================= * Total * 0.00000 68.98993 12.97199 0.03808 82.00000 |
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sobereva
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5楼2013-07-03 14:49:27
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那比如说分析Au2C_阴离子团簇时，能否将Au2_看做一个整体，而分析C和Au2_之间的电荷转移情况。 Natural Population Natural ----------------------------------------------- Atom No Charge Core Valence Rydberg Total ----------------------------------------------------------------------- Au 1 -0.06858 67.99088 11.06733 0.01038 79.06858 Au 2 -0.06858 67.99088 11.06733 0.01038 79.06858 C 3 -0.86284 1.99974 4.80188 0.06123 6.86284 ======================================================================= * Total * -1.00000 137.98149 26.93653 0.08198 165.00000 在上表中，是不是就是有0.86284个电荷由Au2_转移到C上。 有一篇文献中有这样一句话：The calculated nonorthogonal natural atomic overlap populations between Au and Au are larger than those between Au and Zn. 这是不是就要看输出文件中的体系总密度分析后的 Atom-atom overlap-weighted NAO bond order: Atom 1 2 3 ---- ------ ------ ------ 1. Au 0.0000 0.0851 0.8473 2. Au 0.0851 0.0000 0.8473 3. C 0.8473 0.8473 0.0000 部分。 还是下面这部分 Atom-atom overlap-weighted NAO bond order, Totals by atom: Atom 1 ---- ------ 1. Au 0.9325 2. Au 0.9325 3. C 1.6947 请指点一下啊，谢谢！ |
6楼2013-07-03 19:40:58
sobereva
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你的理解正确。 "Atom-atom overlap-weighted NAO bond order, Totals by atom"和那句话无关。"Atom-atom overlap-weighted NAO bond order"其实也不是那句话所精确对应的，只能说是相似（结论估计能够定性一致），因为其中用的是NAO的密度矩阵而非PNAO的密度矩阵。关于NBO输出的这个东西的含义和计算方式见《谈谈NBO中用bndidx关键词输出的三种键级》 （http://hi.baidu.com/sobereva/item/1fb69cd491e5e3ba32db90c3）。要想精确算那个量就用DMPNAO打印出PNAO下的密度矩阵，然后和相应的PNAO重叠矩阵元相乘来得到。 至于那文献作者怎么讨论的这个量这不好说，很有可能作者自己不懂十分清楚理论，误用Atom-atom overlap-weighted NAO bond order来讨论这个量。 |
7楼2013-07-03 21:17:08
8楼2013-07-04 08:08:59
