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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 蛋白质的电荷不为整数问题
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] 蛋白质的电荷不为整数问题

蛋白质有部分缺失，不影响和小分子的相互作用，没有修补，但用gromacs做动力学时中和电荷这一步时，由于蛋白质的电荷不为整数，没办法完全中和，往下不能进行，请教大神给予帮助。
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坚持就是胜利
1楼2013-10-25 16:13:24
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-10-29 14:28:19
一般而言，跑的时候都要求体系是个电中性的，不然它会给你提示，你看能不能再加个不成键的离子来是体系达到净电荷为0
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gromacs
2楼2013-10-25 23:58:21
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2013-10-25 23:58:21
一般而言，跑的时候都要求体系是个电中性的，不然它会给你提示，你看能不能再加个不成键的离子来是体系达到净电荷为0

怎样加？能说具体点吗？谢谢！
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坚持就是胜利
3楼2013-10-26 12:26:00
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-10-29 14:28:32
假设你有一个带正电的蛋白质，但是我可以给整个体系加一个cl离子或者什么的，离子位置最好别离蛋白质结构太近，把它单独作为一个残基来定义。
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gromacs
4楼2013-10-27 16:27:43
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