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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于NPT控压器的疑问
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周_周

银虫 (初入文坛)

[求助] 关于NPT控压器的疑问 已有2人参与

新手疑问，求各位前辈指点迷津：
用NPT模拟，控温控压如下：
# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     1     ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens

# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no  ;# no for water box, yes for membrane
useConstantArea       no  ;# no for water box, yes for membrane

BerendsenPressure                    on
BerendsenPressureTarget              1.0  ;# 1.0kpa
BerendsenPressureCompressibility     4.57E-5  ;# in bar-1
BerendsenPressureRelaxationTime      100    ;# in fs
BerendsenPressureFreq                4      ;# steps
结果最小化结束后，平衡过程一开始就出现下述错误，
ERROR: Step 1004 cell rescaling factor limited.
ERROR: Step 1008 cell rescaling factor limited.
ERROR: Step 1012 cell rescaling factor limited.
ERROR: Step 1016 cell rescaling factor limited.
ERROR: Step 1020 cell rescaling factor limited.
ERROR: Step 1024 cell rescaling factor limited.
ERROR: Step 1028 cell rescaling factor limited.
ERROR: Step 1032 cell rescaling factor limited.
ERROR: Step 1036 cell rescaling factor limited.
ERROR: Step 1040 cell rescaling factor limited.
ERROR: Step 1044 cell rescaling factor limited.
ERROR: Step 1048 cell rescaling factor limited.
网上搜了一下，说可能是BerendsenPressure 控压器的原因，换成Langevin控压器后就可以正常模拟了。在这里想请教各位前辈，是我BerendsenPressure相关参数设置的有问题吗？？还是说控压器和控温器不兼容的事？有没有不兼容这种情况？
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1楼 2013-09-27 10:04:15
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周_周

银虫 (初入文坛)
补充一下，我是按照一篇文献里设定的参数，想模仿他的模拟，他用的是Berendsen控压，请问大家各种控压方法的适用范围是什么，哪里可以找到相关的资料呢
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2楼2013-09-27 10:21:38
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周_周

银虫 (初入文坛)
顶一下，希望不要沉了
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3楼2013-09-27 20:38:52
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周_周

银虫 (初入文坛)
再顶一下，求好心人，求大神
赞一下 回复此楼
4楼2013-09-29 20:51:43
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wuyao0513

新虫 (小有名气)
1Kpa啊
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5楼2013-10-02 08:40:01
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周_周

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wuyao0513 at 2013-10-02 08:40:01
1Kpa啊

非常感谢！！
是我自己注释错了，是1.0bar，谢谢指正！！
赞一下 回复此楼
6楼2013-10-03 08:38:00
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SailorXinDa

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

LZ问题解决了否？同求解答···
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7楼2013-12-20 10:29:21
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
周_周: 金币+4, ★★★很有帮助, 谢谢哈 2013-12-24 10:16:34
http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... st/namd-l/9136.html
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8楼2013-12-20 11:12:55
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周_周

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by SailorXinDa at 2013-12-20 10:29:21
LZ问题解决了否？同求解答···

8楼的可以看看
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9楼2013-12-24 10:17:18
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