| 查看: 2128 | 回复: 8 | ||
[求助]
关于NPT控压器的疑问 已有2人参与
|
|
新手疑问，求各位前辈指点迷津： 用NPT模拟，控温控压如下： # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no ;# no for water box, yes for membrane useConstantArea no ;# no for water box, yes for membrane BerendsenPressure on BerendsenPressureTarget 1.0 ;# 1.0kpa BerendsenPressureCompressibility 4.57E-5 ;# in bar-1 BerendsenPressureRelaxationTime 100 ;# in fs BerendsenPressureFreq 4 ;# steps 结果最小化结束后，平衡过程一开始就出现下述错误， ERROR: Step 1004 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1008 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1012 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1016 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1020 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1024 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1028 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1032 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1036 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1040 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1044 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1048 cell rescaling factor limited. 网上搜了一下，说可能是BerendsenPressure 控压器的原因，换成Langevin控压器后就可以正常模拟了。在这里想请教各位前辈，是我BerendsenPressure相关参数设置的有问题吗？？还是说控压器和控温器不兼容的事？有没有不兼容这种情况？ |
回复此楼» 猜你喜欢
有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福
已经有11人回复
-
表哥与省会女结婚，父母去帮带孩子被省会女气回家生重病了
已经有7人回复
-
同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗
已经有8人回复
-
依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。
已经有7人回复
-
依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。
已经有10人回复
-
天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人）
已经有9人回复
-
有院领导为了换新车，用横向课题经费买了俩车
已经有10人回复
-
AI 太可怕了，写基金时，提出想法，直接生成的文字比自己想得深远，还有科学性
已经有6人回复
-
酰胺脱乙酰基
已经有13人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs 模拟NPT系宗出问题
已经有8人回复
- NPT系综的平衡问题
已经有10人回复
2楼2013-09-27 10:21:38
3楼2013-09-27 20:38:52
4楼2013-09-29 20:51:43
5楼2013-10-02 08:40:01
6楼2013-10-03 08:38:00
7楼2013-12-20 10:29:21
fhh2626
木虫 (正式写手)
- 应助: 135 (高中生)
- 金币: 2354.1
- 红花: 7
- 帖子: 344
- 在线: 139小时
- 虫号: 1475956
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★
周_周: 金币+4, ★★★很有帮助, 谢谢哈 2013-12-24 10:16:34
周_周: 金币+4, ★★★很有帮助, 谢谢哈 2013-12-24 10:16:34
8楼2013-12-20 11:12:55
9楼2013-12-24 10:17:18