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关于NPT控压器的疑问 已有2人参与
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新手疑问，求各位前辈指点迷津： 用NPT模拟，控温控压如下： # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no ;# no for water box, yes for membrane useConstantArea no ;# no for water box, yes for membrane BerendsenPressure on BerendsenPressureTarget 1.0 ;# 1.0kpa BerendsenPressureCompressibility 4.57E-5 ;# in bar-1 BerendsenPressureRelaxationTime 100 ;# in fs BerendsenPressureFreq 4 ;# steps 结果最小化结束后，平衡过程一开始就出现下述错误， ERROR: Step 1004 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1008 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1012 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1016 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1020 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1024 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1028 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1032 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1036 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1040 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1044 cell rescaling factor limited. ERROR: Step 1048 cell rescaling factor limited. 网上搜了一下，说可能是BerendsenPressure 控压器的原因，换成Langevin控压器后就可以正常模拟了。在这里想请教各位前辈，是我BerendsenPressure相关参数设置的有问题吗？？还是说控压器和控温器不兼容的事？有没有不兼容这种情况？ |
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周_周: 金币+4, ★★★很有帮助, 谢谢哈 2013-12-24 10:16:34
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