24小时热门版块排行榜    

查看: 2172  |  回复: 9

xingyanfei

金虫 (正式写手)

[求助] namd模拟,盒子越来越小

.conf文件中
cellBasisVector1    93.64499664 0.   0.
cellBasisVector2     0.   146.9169998 0.
cellBasisVector3     0.    0.   195.4990063
cellOrigin       10.259964942932129 -11.915084838867188 90.0808334350586


然而模拟了一段时间后.xsc文件中
84.3698 0 0 0 132.365 0 0 0 176.136 10.26 -11.9151 90.0808
盒子的大小变小了,这是怎么了呢?
回复此楼
00fei00fei00fei00fei00fei00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
xingyanfei: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-08-30 11:01:35
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-08-30 14:00:15
你的模拟中使用了压强控制(NPT)吧?
控制压强了,盒子大小必然会有变化,
要想盒子大小不变,使用NVT模拟
2楼2012-08-30 09:54:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingyanfei

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-30 09:54:57
你的模拟中使用了压强控制(NPT)吧?
控制压强了,盒子大小必然会有变化,
要想盒子大小不变,使用NVT模拟

如果用NVT模拟.conf文件如何设置?有教程吗?
00fei00fei00fei00fei00fei00
3楼2012-08-30 11:02:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-08-30 15:14:24
引用回帖:
3楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-08-30 11:02:25
如果用NVT模拟.conf文件如何设置?有教程吗?...

把压强控制的相关部分删掉就行了
4楼2012-08-30 14:04:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingyanfei

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-30 14:04:11
把压强控制的相关部分删掉就行了...

就是把下面这些都去掉吗?
langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.
langevinPistonDecay   50.
langevinPistonTemp    $temperature
00fei00fei00fei00fei00fei00
5楼2012-08-30 16:59:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-08-30 16:59:23
就是把下面这些都去掉吗?
langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.
langevinPistonDecay   50.
langevinPistonTemp    $temperature...

YES
6楼2012-08-30 17:10:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingyanfei

金虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-30 17:10:07
YES...

谢谢了
00fei00fei00fei00fei00fei00
7楼2012-08-30 20:37:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangxiao_

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-30 09:54:57
你的模拟中使用了压强控制(NPT)吧?
控制压强了,盒子大小必然会有变化,
要想盒子大小不变,使用NVT模拟

您好,我想问一下,控制压强,最后输出文件的压强数值并不是我当初设置的值,而是很小的一个负值,是什么原因?温度的值控制的很好。
8楼2018-10-24 11:43:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangxiao_

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-08-30 09:54:57
你的模拟中使用了压强控制(NPT)吧?
控制压强了,盒子大小必然会有变化,
要想盒子大小不变,使用NVT模拟

哈喽
9楼2018-10-24 11:45:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
8楼: Originally posted by zhangxiao_ at 2018-10-24 11:43:48
您好,我想问一下,控制压强,最后输出文件的压强数值并不是我当初设置的值,而是很小的一个负值,是什么原因?温度的值控制的很好。...

压强的波动大是正常的

发自小木虫Android客户端
10楼2018-10-24 23:12:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xingyanfei 的主题更新
信息提示
请填处理意见