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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » namd模拟，盒子越来越小
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xingyanfei

金虫 (正式写手)

[求助] namd模拟，盒子越来越小

.conf文件中
cellBasisVector1    93.64499664 0.   0.
cellBasisVector2     0.   146.9169998 0.
cellBasisVector3     0.    0.   195.4990063
cellOrigin       10.259964942932129 -11.915084838867188 90.0808334350586


然而模拟了一段时间后.xsc文件中
84.3698 0 0 0 132.365 0 0 0 176.136 10.26 -11.9151 90.0808
盒子的大小变小了，这是怎么了呢？
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1楼 2012-08-30 09:52:55
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xingyanfei: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-08-30 11:01:35
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-08-30 14:00:15
你的模拟中使用了压强控制（NPT）吧？
控制压强了，盒子大小必然会有变化，
要想盒子大小不变，使用NVT模拟
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2楼2012-08-30 09:54:57
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-08-30 15:14:24
引用回帖:
3楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-08-30 11:02:25
如果用NVT模拟.conf文件如何设置？有教程吗？...

把压强控制的相关部分删掉就行了
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4楼2012-08-30 14:04:11
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xingyanfei at 2012-08-30 16:59:23
就是把下面这些都去掉吗？
langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.
langevinPistonDecay   50.
langevinPistonTemp    $temperature...

YES
6楼2012-08-30 17:10:07
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhangxiao_ at 2018-10-24 11:43:48
您好，我想问一下，控制压强，最后输出文件的压强数值并不是我当初设置的值，而是很小的一个负值，是什么原因？温度的值控制的很好。...

压强的波动大是正常的

发自小木虫Android客户端
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10楼2018-10-24 23:12:01
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