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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】用NAMD 做NPT模拟遇到下面的问题
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kevin8871

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】用NAMD 做NPT模拟遇到下面的问题

本人用NAMD做NPT模拟，遇到了下面的问题
FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!
Possible solutions are to restart from a recent checkpoint,
increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation.
FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!
Possible solutions are to restart from a recent checkpoint,
increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation.
这是为什么？下面是我的conf file
structure         3HT_20.psf
coordinates       3HT_20_centered.pdb


set outputname     NPT file for 3 HT


#continuing a run
set inputname      nimi
binVelocities      3HT_20_mini.restart.vel
bincoordinates     3HT_20_mini.restart.coor
extendedsystem     3HT_20_mini.restart.xsc
firsttimestep      6000
numsteps           2506000


#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
#############################################################

# Input

paraTypeCharmm            on
parameters           ht_monomer.par
# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.
switching           on
switchdist          10.
pairlistdist        13.5



# Integrator Parameters
timestep            2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
stepspercycle       10


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5     ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp        300
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


#PBC
wrapall                         on
cellBasisVector1    31.312999725341797    0.0   0.0
cellBasisVector2     0.0   32.558000564575195   0.0
cellBasisVector3     0.0    0   45.066001892089844
cellOrigin          -3.0093722216406604e-6 1.4230939996195957e-5 2.136936927854549e-6

wrapAll             on


# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 yes
PMEGridSizeX        42
PMEGridSizeY        43
PMEGridSizeZ        55


# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no  ;# no for water box yes for membrane
useConstantArea       no  ;# no for waterbox, maybe for membrane

langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.
langevinPistonDecay   50.
langevinPistonTemp    300


# Output
outputName          $outputname

restartfreq         2500     ;# 2500steps = every 5ps
dcdfreq             1000     ;# 1000steps = every 2ps
xstFreq             1000
outputEnergies      500
outputPressure      500


#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                        ##
#############################################################


#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
#############################################################

# Minimization

run 2500000 ;# 5ns
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1楼 2010-11-28 15:14:36
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leewz922

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-02 22:11:55
把下面这几行去掉，试试
cellBasisVector1    31.312999725341797    0.0   0.0
cellBasisVector2     0.0   32.558000564575195   0.0
cellBasisVector3     0.0    0   45.066001892089844
cellOrigin          -3.0093722216406604e-6 1.4230939996195957e-5 2.136936927854549e-6
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2楼2010-12-02 20:55:35
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kevin8871

新虫 (初入文坛)
我已经去掉了，我先做了NVT，然后用NVT的做NPT，但是我做到后面的时候出错了，我查看了下，我的box的边长变成了16 16 25， 但是我的cutoff 是12，我觉得边长应该大于cutoff的两倍，所以最少应该是24，请问你有什么办法修改这个嘛，我现在是不知道怎么弄了。
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3楼2010-12-03 14:30:48
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):thank you 2010-12-03 17:01:47
kevin8871(金币+2): 2010-12-05 09:27:13
langevinPistonPeriod  100.
langevinPistonDecay   50.

太小。改大。

ug建议的是200、100.实际上可能需要更大。
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4楼2010-12-03 16:52:48
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leewz922

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-03 22:49:09
kevin8871(金币+2): 2010-12-05 09:27:20
PME 参数设置应该被 2 、3、 5整除 且稍大于box边长

改成这样试试
PMEGridSizeX        40
PMEGridSizeY        40
PMEGridSizeZ        50
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5楼2010-12-03 20:07:30
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kevin8871

新虫 (初入文坛)
★
zh1987hs(金币+1):呵呵~鼓励交流 2010-12-05 10:46:52
我老板的建议是不要PME，而用PMEGridSpacing 1.0代替，我准备按照wally8962  的建议试一下，谢谢大家的建议
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6楼2010-12-05 09:26:45
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kevin8871

新虫 (初入文坛)
按照wally的建议改了下,多跑了很多,但是到最后同一个问题又出现了,请问应该怎么解决?
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7楼2010-12-05 13:36:13
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wally8962

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by kevin8871 at 2010-12-05 13:36:13:
按照wally的建议改了下,多跑了很多,但是到最后同一个问题又出现了,请问应该怎么解决?

继续改大。
有的时候需要改到1000、500
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8楼2010-12-05 14:02:16
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kevin8871

新虫 (初入文坛)
我是用NVT的结果做NPT,是NVT的conf file也要改到200 100是吧
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9楼2010-12-05 15:09:27
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kevin8871

新虫 (初入文坛)
噢,看错了,NVT的不用,我刚把NPT的改成了300 和150,跑了两步就死了,我看了xst文件第一布的时候就小于24了,这是为什么
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10楼2010-12-05 15:11:22
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ruthxu

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by kevin8871 at 2010-12-05 15:11:22
噢,看错了,NVT的不用,我刚把NPT的改成了300 和150,跑了两步就死了,我看了xst文件第一布的时候就小于24了,这是为什么

你好，我在用namd模拟npt下的磷脂膜，但是也遇到了Periodic cell has become too small for original patch grid的问题，看到你发过帖子，想问一下，你是怎么解决的？非常感谢!
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11楼2014-08-05 10:53:53
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