应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】用NAMD 做NPT模拟遇到下面的问题
51/1返回列表
查看: 2265  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

kevin8871

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】用NAMD 做NPT模拟遇到下面的问题

本人用NAMD做NPT模拟，遇到了下面的问题
FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!
Possible solutions are to restart from a recent checkpoint,
increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation.
FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!
Possible solutions are to restart from a recent checkpoint,
increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation.
这是为什么？下面是我的conf file
structure         3HT_20.psf
coordinates       3HT_20_centered.pdb


set outputname     NPT file for 3 HT


#continuing a run
set inputname      nimi
binVelocities      3HT_20_mini.restart.vel
bincoordinates     3HT_20_mini.restart.coor
extendedsystem     3HT_20_mini.restart.xsc
firsttimestep      6000
numsteps           2506000


#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
#############################################################

# Input

paraTypeCharmm            on
parameters           ht_monomer.par
# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.
switching           on
switchdist          10.
pairlistdist        13.5



# Integrator Parameters
timestep            2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
stepspercycle       10


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5     ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp        300
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


#PBC
wrapall                         on
cellBasisVector1    31.312999725341797    0.0   0.0
cellBasisVector2     0.0   32.558000564575195   0.0
cellBasisVector3     0.0    0   45.066001892089844
cellOrigin          -3.0093722216406604e-6 1.4230939996195957e-5 2.136936927854549e-6

wrapAll             on


# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 yes
PMEGridSizeX        42
PMEGridSizeY        43
PMEGridSizeZ        55


# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no  ;# no for water box yes for membrane
useConstantArea       no  ;# no for waterbox, maybe for membrane

langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.
langevinPistonDecay   50.
langevinPistonTemp    300


# Output
outputName          $outputname

restartfreq         2500     ;# 2500steps = every 5ps
dcdfreq             1000     ;# 1000steps = every 2ps
xstFreq             1000
outputEnergies      500
outputPressure      500


#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                        ##
#############################################################


#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
#############################################################

# Minimization

run 2500000 ;# 5ns
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-11-28 15:14:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by kevin8871 at 2010-12-05 15:11:22
噢,看错了,NVT的不用,我刚把NPT的改成了300 和150,跑了两步就死了,我看了xst文件第一布的时候就小于24了,这是为什么

你好，我在用namd模拟npt下的磷脂膜，但是也遇到了Periodic cell has become too small for original patch grid的问题，看到你发过帖子，想问一下，你是怎么解决的？非常感谢!
赞一下 回复此楼
11楼2014-08-05 10:53:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

leewz922

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-02 22:11:55
把下面这几行去掉，试试
cellBasisVector1    31.312999725341797    0.0   0.0
cellBasisVector2     0.0   32.558000564575195   0.0
cellBasisVector3     0.0    0   45.066001892089844
cellOrigin          -3.0093722216406604e-6 1.4230939996195957e-5 2.136936927854549e-6
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-12-02 20:55:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kevin8871

新虫 (初入文坛)
我已经去掉了，我先做了NVT，然后用NVT的做NPT，但是我做到后面的时候出错了，我查看了下，我的box的边长变成了16 16 25， 但是我的cutoff 是12，我觉得边长应该大于cutoff的两倍，所以最少应该是24，请问你有什么办法修改这个嘛，我现在是不知道怎么弄了。
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-03 14:30:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):thank you 2010-12-03 17:01:47
kevin8871(金币+2): 2010-12-05 09:27:13
langevinPistonPeriod  100.
langevinPistonDecay   50.

太小。改大。

ug建议的是200、100.实际上可能需要更大。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-12-03 16:52:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭