| 查看: 2354 | 回复: 10 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】用NAMD 做NPT模拟遇到下面的问题
|
|||
|
本人用NAMD做NPT模拟，遇到了下面的问题 FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid! Possible solutions are to restart from a recent checkpoint, increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation. FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid! Possible solutions are to restart from a recent checkpoint, increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation. 这是为什么？下面是我的conf file structure 3HT_20.psf coordinates 3HT_20_centered.pdb set outputname NPT file for 3 HT #continuing a run set inputname nimi binVelocities 3HT_20_mini.restart.vel bincoordinates 3HT_20_mini.restart.coor extendedsystem 3HT_20_mini.restart.xsc firsttimestep 6000 numsteps 2506000 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ht_monomer.par # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12. switching on switchdist 10. pairlistdist 13.5 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp 300 langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens #PBC wrapall on cellBasisVector1 31.312999725341797 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 32.558000564575195 0.0 cellBasisVector3 0.0 0 45.066001892089844 cellOrigin -3.0093722216406604e-6 1.4230939996195957e-5 2.136936927854549e-6 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSizeX 42 PMEGridSizeY 43 PMEGridSizeZ 55 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no ;# no for water box yes for membrane useConstantArea no ;# no for waterbox, maybe for membrane langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100. langevinPistonDecay 50. langevinPistonTemp 300 # Output outputName $outputname restartfreq 2500 ;# 2500steps = every 5ps dcdfreq 1000 ;# 1000steps = every 2ps xstFreq 1000 outputEnergies 500 outputPressure 500 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization run 2500000 ;# 5ns |
回复此楼» 猜你喜欢
311求调剂
已经有9人回复
-
302求调剂
已经有4人回复
-
被我言中：新模板不强调格式了，假专家开始管格式了
已经有4人回复
-
303求调剂
已经有5人回复
-
考研求调剂
已经有4人回复
-
085601专硕，总分342求调剂，地区不限
已经有4人回复
-
085601材料工程专硕求调剂
已经有5人回复
-
一志愿天津大学化学工艺专业（081702）315分求调剂
已经有6人回复
-
能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名
已经有6人回复
-
296求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于超级计算机的安装权限问题：不能用sudo命令，该如何是好？
已经有18人回复
- word参考文献-尾注引用，出了点问题，求高手解答
已经有3人回复
- 签证时用身份证的问题
已经有12人回复
- 1,3-二羰基化合物单碘代的问题 请做过类似反应的指教下
已经有5人回复
- 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
已经有4人回复
- 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误
已经有30人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
- 【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？
已经有5人回复
- 【求助】namd tutorial遇到问题
已经有10人回复
- 【求助】NAMD安装问题
已经有19人回复
- 【在线答疑】关于NAMD/VMD
已经有210人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
物理学 调剂
+1/80
-
华南师范大学（211）博士招生- 电子、自动化、机械、生物学、物理相关专业
+2/38
-
南京理工大学优青团队招聘副教授、博士后、博士、硕士生（化学、催化方向）
+1/38
-
中科院生态环境研究中心国重实验室招聘客座研究生1-2名
+1/31
-
华南师范大学（211）申请审核制博士招生- 电子、自动化、机械、生物学、物理相关专业
+1/25
-
北京航空航天大学招生微流控与智能打印技术方向博士研究生
+1/18
-
26年博士自荐
+1/17
-
国家级领军人才团队高分子材料方向2026年博士研究生招生
+1/16
-
医学327分专硕调剂
+1/16
-
【预硕】【预博】青岛大学生物医药创新转化
+1/16
-
北京某研究院生物化学与分子生物学相关专业申请考核制博士招生（春季）
+1/15
-
南京林业大学有机功能分子实验室博士生招生启事
+1/8
-
北京高校副校长团队招收机械类，环境类学硕和专硕
+1/8
-
英国埃克塞特大学 & 法国巴黎萨克雷大学联合培养博士
+1/7
-
26年博士招生
+1/6
-
【第三轮招生，31号截止】澳科大诚招2026秋全奖博士研究生（纳米医学/生物材料方向）
+1/6
-
上海第二工业大学-朱大海课题组招生（过线就能调剂）
+1/5
-
江苏南京林业大学-高分子功能材料和器件-招2名硕士研究生
+1/3
-
求推荐性价比好用的球磨罐
+1/2
-
欢迎报考浙江工业大学埃克塞特联合学院硕士研究生
+1/1
3楼2010-12-03 14:30:48
2楼2010-12-02 20:55:35
4楼2010-12-03 16:52:48
5楼2010-12-03 20:07:30
