| 查看: 2369 | 回复: 10 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】用NAMD 做NPT模拟遇到下面的问题
|
|||
|
本人用NAMD做NPT模拟，遇到了下面的问题 FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid! Possible solutions are to restart from a recent checkpoint, increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation. FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid! Possible solutions are to restart from a recent checkpoint, increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation. 这是为什么？下面是我的conf file structure 3HT_20.psf coordinates 3HT_20_centered.pdb set outputname NPT file for 3 HT #continuing a run set inputname nimi binVelocities 3HT_20_mini.restart.vel bincoordinates 3HT_20_mini.restart.coor extendedsystem 3HT_20_mini.restart.xsc firsttimestep 6000 numsteps 2506000 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ht_monomer.par # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12. switching on switchdist 10. pairlistdist 13.5 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp 300 langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens #PBC wrapall on cellBasisVector1 31.312999725341797 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 32.558000564575195 0.0 cellBasisVector3 0.0 0 45.066001892089844 cellOrigin -3.0093722216406604e-6 1.4230939996195957e-5 2.136936927854549e-6 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSizeX 42 PMEGridSizeY 43 PMEGridSizeZ 55 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no ;# no for water box yes for membrane useConstantArea no ;# no for waterbox, maybe for membrane langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100. langevinPistonDecay 50. langevinPistonTemp 300 # Output outputName $outputname restartfreq 2500 ;# 2500steps = every 5ps dcdfreq 1000 ;# 1000steps = every 2ps xstFreq 1000 outputEnergies 500 outputPressure 500 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization run 2500000 ;# 5ns |
回复此楼» 猜你喜欢
求调剂
已经有3人回复
-
265求调剂
已经有4人回复
-
085700资源与环境308求调剂
已经有6人回复
-
一志愿吉林大学材料学硕321求调剂
已经有12人回复
-
286分人工智能专业请求调剂愿意跨考！
已经有3人回复
-
329求调剂
已经有5人回复
-
申请回稿延期一个月，编辑同意了。但系统上的时间没变，给编辑又写邮件了，没回复
已经有4人回复
-
材料学硕318求调剂
已经有5人回复
-
一志愿中国海洋大学，生物学，301分，求调剂
已经有6人回复
-
081700化工学硕调剂
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于超级计算机的安装权限问题：不能用sudo命令，该如何是好？
已经有18人回复
- word参考文献-尾注引用，出了点问题，求高手解答
已经有3人回复
- 签证时用身份证的问题
已经有12人回复
- 1,3-二羰基化合物单碘代的问题 请做过类似反应的指教下
已经有5人回复
- 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
已经有4人回复
- 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误
已经有30人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
- 【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？
已经有5人回复
- 【求助】namd tutorial遇到问题
已经有10人回复
- 【求助】NAMD安装问题
已经有19人回复
- 【在线答疑】关于NAMD/VMD
已经有210人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
深圳技术大学集成电路与光电芯片学院郝俊杰课题组诚聘博士后、研究助理、访问学生
+2/120
-
春天就该逛吃逛吃
+1/86
-
天津理工大学国家杰青王铁课题组招收2026年博士研究生
+1/84
-
浙江农林大学招收调剂
+1/79
-
西安某大学能源化工新材料研发项目组接收2026级调剂研究生-计算机类
+1/38
-
催化方向推荐一个极好的博导
+1/35
-
西北工业大学光子学研究团队诚聘博士后！
+2/32
-
2026年工科硕士调剂-上海大学全国重点实验室团队-材料数据挖掘方向-研究生3-5人
+1/30
-
浙江中医药大学副校长团队招聘药学/生物信息学等方向高校教师7名，报名通道已开启
+1/19
-
招收专业代码08的学硕！
+1/16
-
青岛科技大学可持续高分子团队 考研招生
+1/7
-
中国民航飞行学院先进连接团队招收航空宇航、航空机械专业硕士研究生（学硕专硕均可）
+1/7
-
华中科技大学管理学院招聘社会用工（科研助理）1名
+1/6
-
香港大学David Srolovitz教授课题组招聘「香江学者」博士后
+1/6
-
2026考研的同学，分数不够？想调剂上岸的同学，来看
+1/4
-
中国科学院过程工程研究所助理研究员（正式职工）和博士后招聘启事
+1/4
-
深圳大学蔡兴科课题组博士后及研究助理招聘
+1/2
-
2026年浙江清华长三角研究院智慧能源中心招聘博士后-电气方向
+1/2
-
论文投出，祈福，求好运
+1/1
-
福建师范大学海峡柔性电子学院招收2026调剂硕士
+1/1
5楼2010-12-03 20:07:30
2楼2010-12-02 20:55:35
3楼2010-12-03 14:30:48
4楼2010-12-03 16:52:48
