| 查看: 2388 | 回复: 10 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】用NAMD 做NPT模拟遇到下面的问题
|
|||
|
本人用NAMD做NPT模拟，遇到了下面的问题 FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid! Possible solutions are to restart from a recent checkpoint, increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation. FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid! Possible solutions are to restart from a recent checkpoint, increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation. 这是为什么？下面是我的conf file structure 3HT_20.psf coordinates 3HT_20_centered.pdb set outputname NPT file for 3 HT #continuing a run set inputname nimi binVelocities 3HT_20_mini.restart.vel bincoordinates 3HT_20_mini.restart.coor extendedsystem 3HT_20_mini.restart.xsc firsttimestep 6000 numsteps 2506000 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ht_monomer.par # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12. switching on switchdist 10. pairlistdist 13.5 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp 300 langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens #PBC wrapall on cellBasisVector1 31.312999725341797 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 32.558000564575195 0.0 cellBasisVector3 0.0 0 45.066001892089844 cellOrigin -3.0093722216406604e-6 1.4230939996195957e-5 2.136936927854549e-6 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSizeX 42 PMEGridSizeY 43 PMEGridSizeZ 55 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no ;# no for water box yes for membrane useConstantArea no ;# no for waterbox, maybe for membrane langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100. langevinPistonDecay 50. langevinPistonTemp 300 # Output outputName $outputname restartfreq 2500 ;# 2500steps = every 5ps dcdfreq 1000 ;# 1000steps = every 2ps xstFreq 1000 outputEnergies 500 outputPressure 500 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization run 2500000 ;# 5ns |
回复此楼» 猜你喜欢
一志愿郑州大学，080500学硕，总分317分求调剂
已经有10人回复
-
311求调剂
已经有7人回复
-
0703化学321分求调剂
已经有11人回复
-
085600材料与化工调剂
已经有7人回复
-
085601材料工程找调剂
已经有18人回复
-
材料工程专硕求调剂
已经有7人回复
-
349求调剂
已经有3人回复
-
309求调剂
已经有14人回复
-
材料科学与工程 317求调剂
已经有6人回复
-
材料调剂
已经有12人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于超级计算机的安装权限问题：不能用sudo命令，该如何是好？
已经有18人回复
- word参考文献-尾注引用，出了点问题，求高手解答
已经有3人回复
- 签证时用身份证的问题
已经有12人回复
- 1,3-二羰基化合物单碘代的问题 请做过类似反应的指教下
已经有5人回复
- 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
已经有4人回复
- 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误
已经有30人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
- 【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？
已经有5人回复
- 【求助】namd tutorial遇到问题
已经有10人回复
- 【求助】NAMD安装问题
已经有19人回复
- 【在线答疑】关于NAMD/VMD
已经有210人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
中国水产科学研究院黄海水产研究所张旭志课题组招聘 柔性传感器研究 科研助理
+2/130
-
求助有机化学第二版陆阳申东升主编课件或者电子版书籍
+1/82
-
北京-89175-事业单位-诚征女友
+1/63
-
招收基础医学、医学技术、医学检验、公共卫生与预防医学、药学等专业硕士研究生调剂
+3/61
-
烟台大学环境与材料工程学院新能源材料课题组招硕士研究生
+1/39
-
赣南师范大学智能制造与未来能源学院2026年硕士调剂信息
+1/31
-
艾里卡特 (Alicat) - 燃料电池测试系统与质量流量和压力仪表
+3/28
-
福建理工大学材料学院招收2026硕士研究生
+1/12
-
食品学硕考研调剂
+1/10
-
求调剂
+1/10
-
南京林业大学化工院有机合成方向硕士招调剂
+1/9
-
欢迎来英国拉夫堡大学交流-结晶，蛋白质，AI，水处理等
+1/7
-
韩国庆熙大学 Yu Taekyung 教授招2026年博士研究生
+1/7
-
华东师范大学-分析化学-招收1名博士研究生 (2026年，第二批)
+1/7
-
271跪求调剂
+1/5
-
北京石油化工学院机器人应用技术研究所2026年招收调剂研究生！
+1/5
-
上海交通大学陈倩栎课题组招收2026年申请-考核博士生1名（能源材料方向）
+1/3
-
调剂来这边
+2/3
-
5科大招收材料专业硕士
+1/1
-
调剂来这
+1/1
4楼2010-12-03 16:52:48
2楼2010-12-02 20:55:35
3楼2010-12-03 14:30:48
5楼2010-12-03 20:07:30
