24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (3066)
>导师招生 (1254)
>虫友互识 (624)
>休闲灌水 (517)
>考博 (235)
>招聘信息布告栏 (88)
>论文投稿 (47)
>硕博家园 (46)
>教师之家 (23)
>考研 (17)
>公派出国 (13)
>学术会议 (10)
>文献求助 (10)
>博后之家 (3)
>科研资料 (3)
>找工作 (3)

返回列表

kevin8871

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 28.5
帖子: 8
在线: 4.1小时
虫号: 1075839

[交流] 【求助】用NAMD 做NPT模拟遇到下面的问题

本人用NAMD做NPT模拟，遇到了下面的问题
FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!
Possible solutions are to restart from a recent checkpoint,
increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation.
FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!
Possible solutions are to restart from a recent checkpoint,
increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation.
这是为什么？下面是我的conf file
structure       3HT_20.psf
coordinates    3HT_20_centered.pdb

set outputname    NPT file for 3 HT

#continuing a run
set inputname    nimi
binVelocities    3HT_20_mini.restart.vel
bincoordinates    3HT_20_mini.restart.coor
extendedsystem    3HT_20_mini.restart.xsc
firsttimestep    6000
numsteps          2506000

#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                  ##
#############################################################

# Input

paraTypeCharmm       on
parameters          ht_monomer.par
# Force-Field Parameters
exclude          scaled1-4
1-4scaling       1.0
cutoff             12.
switching          on
switchdist       10.
pairlistdist       13.5

# Integrator Parameters
timestep          2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds       all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq    1
fullElectFrequency  2
stepspercycle    10

# Constant Temperature Control
langevin          on ;# do langevin dynamics
langevinDamping    5    ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp       300
langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens

#PBC
wrapall    on
cellBasisVector1 31.312999725341797 0.0 0.0
cellBasisVector2    0.0 32.558000564575195 0.0
cellBasisVector3    0.0 0 45.066001892089844
cellOrigin       -3.0093722216406604e-6 1.4230939996195957e-5 2.136936927854549e-6

wrapAll          on

# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                yes
PMEGridSizeX       42
PMEGridSizeY       43
PMEGridSizeZ       55

# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure    yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell    no  ;# no for water box yes for membrane
useConstantArea    no  ;# no for waterbox, maybe for membrane

langevinPiston       on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.
langevinPistonDecay 50.
langevinPistonTemp 300

# Output
outputName       $outputname

restartfreq       2500    ;# 2500steps = every 5ps
dcdfreq          1000    ;# 1000steps = every 2ps
xstFreq          1000
outputEnergies    500
outputPressure    500

#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                     ##
#############################################################

#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                     ##
#############################################################

# Minimization

run 2500000 ;# 5ns

回复此楼

» 猜你喜欢

关于核磁制样已经有3人回复
郑州大学申博已经有6人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

关于超级计算机的安装权限问题：不能用sudo命令，该如何是好？已经有18人回复
word参考文献-尾注引用，出了点问题，求高手解答已经有3人回复
签证时用身份证的问题已经有12人回复
1,3-二羰基化合物单碘代的问题请做过类似反应的指教下已经有5人回复
【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题� 已经有4人回复
【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误已经有30人回复
【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？已经有7人回复
【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道已经有50人回复
【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？已经有5人回复
【求助】namd tutorial遇到问题已经有10人回复
【求助】NAMD安装问题已经有19人回复
【在线答疑】关于NAMD/VMD 已经有210人回复

1楼 2010-11-28 15:14:36

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

leewz922

金虫 (小有名气)

应助: 6 (幼儿园)
金币: 1141.8
帖子: 101
在线: 89.8小时
虫号: 609327

★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-02 22:11:55

把下面这几行去掉，试试
cellBasisVector1 31.312999725341797 0.0 0.0
cellBasisVector2    0.0 32.558000564575195 0.0
cellBasisVector3    0.0 0 45.066001892089844
cellOrigin       -3.0093722216406604e-6 1.4230939996195957e-5 2.136936927854549e-6