| 查看: 2373 | 回复: 10 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】用NAMD 做NPT模拟遇到下面的问题
|
|||
|
本人用NAMD做NPT模拟，遇到了下面的问题 FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid! Possible solutions are to restart from a recent checkpoint, increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation. FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid! Possible solutions are to restart from a recent checkpoint, increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation. 这是为什么？下面是我的conf file structure 3HT_20.psf coordinates 3HT_20_centered.pdb set outputname NPT file for 3 HT #continuing a run set inputname nimi binVelocities 3HT_20_mini.restart.vel bincoordinates 3HT_20_mini.restart.coor extendedsystem 3HT_20_mini.restart.xsc firsttimestep 6000 numsteps 2506000 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ht_monomer.par # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12. switching on switchdist 10. pairlistdist 13.5 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp 300 langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens #PBC wrapall on cellBasisVector1 31.312999725341797 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 32.558000564575195 0.0 cellBasisVector3 0.0 0 45.066001892089844 cellOrigin -3.0093722216406604e-6 1.4230939996195957e-5 2.136936927854549e-6 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSizeX 42 PMEGridSizeY 43 PMEGridSizeZ 55 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no ;# no for water box yes for membrane useConstantArea no ;# no for waterbox, maybe for membrane langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100. langevinPistonDecay 50. langevinPistonTemp 300 # Output outputName $outputname restartfreq 2500 ;# 2500steps = every 5ps dcdfreq 1000 ;# 1000steps = every 2ps xstFreq 1000 outputEnergies 500 outputPressure 500 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization run 2500000 ;# 5ns |
回复此楼» 猜你喜欢
281求调剂（0805）
已经有23人回复
-
265求调剂
已经有9人回复
-
279分求调剂 一志愿211
已经有10人回复
-
招收调剂硕士
已经有12人回复
-
296求调剂
已经有8人回复
-
招收博士1-2人
已经有3人回复
-
085700资源与环境308求调剂
已经有11人回复
-
274求调剂
已经有8人回复
-
290求调剂
已经有4人回复
-
一志愿西南交通 专硕 材料355 本科双非 求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于超级计算机的安装权限问题：不能用sudo命令，该如何是好？
已经有18人回复
- word参考文献-尾注引用，出了点问题，求高手解答
已经有3人回复
- 签证时用身份证的问题
已经有12人回复
- 1,3-二羰基化合物单碘代的问题 请做过类似反应的指教下
已经有5人回复
- 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
已经有4人回复
- 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误
已经有30人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
- 【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？
已经有5人回复
- 【求助】namd tutorial遇到问题
已经有10人回复
- 【求助】NAMD安装问题
已经有19人回复
- 【在线答疑】关于NAMD/VMD
已经有210人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
青岛高校2026招生硕士研究生
+5/790
-
中国电气装备集团研究院招收AI+材料等相关岗位实习生
+1/89
-
济南大学林秀娟教授招收材料类博士生
+1/86
-
愿遇见你，遇见不止擦肩而过的缘分
+1/74
-
青岛高校 研究生招生
+1/50
-
福建师范大学闽江学者陈巍教授团队招收2026年化学、化工或材料专业的学硕6名
+1/37
-
吲哚美辛原料药合成交流
+1/37
-
哈工大郑州高等研究院刘绍琴与查正宝教授课题组诚招合成生物学背景相关的优秀人才加盟
+1/34
-
上海交大化院功能大分子团队招2026年硕士、联培、博士后
+1/32
-
湖南大学微生物结构与功能实验室2026年计划招收博士研究生
+1/26
-
重庆文理学院化学与环境工程学院 2026 届硕士研究生调剂通知
+1/15
-
【博士招生】武汉科技大学招收材料、化工、环境、冶金类2026年“申请-考核”制博士生
+1/7
-
武汉纺织大学纺织纤维及制品教育部重点实验室招收博士研究生
+1/7
-
中国科学院过程工程研究所助理研究员（正式职工）和博士后招聘启事
+1/4
-
东北林业大学（211，双一流）宋老师课题组招收高分子、化学、复合材料等方向研究生
+1/4
-
易度层流质量流量控制器在气液两相循环流动实验气体定量注液中的应用与优势
+1/3
-
Top-88悉尼科技大学数据科学/AI 招收2027年入学 校奖 博士生1到2名(国际和本地学生）
+1/2
-
欢迎加入赣南师范大学先进光电子研究中心
+1/2
-
重庆大学长江学者团队诚聘储能方向博士后
+1/1
-
海南医科大学毕洪凯教授课题组招收2026级硕士研究生调剂病原生物学专业
+1/1
6楼2010-12-05 09:26:45
2楼2010-12-02 20:55:35
3楼2010-12-03 14:30:48
4楼2010-12-03 16:52:48
