| 查看: 2733 | 回复: 10 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】用NAMD 做NPT模拟遇到下面的问题
|
|||
|
本人用NAMD做NPT模拟，遇到了下面的问题 FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid! Possible solutions are to restart from a recent checkpoint, increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation. FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid! Possible solutions are to restart from a recent checkpoint, increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation. 这是为什么？下面是我的conf file structure 3HT_20.psf coordinates 3HT_20_centered.pdb set outputname NPT file for 3 HT #continuing a run set inputname nimi binVelocities 3HT_20_mini.restart.vel bincoordinates 3HT_20_mini.restart.coor extendedsystem 3HT_20_mini.restart.xsc firsttimestep 6000 numsteps 2506000 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ht_monomer.par # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12. switching on switchdist 10. pairlistdist 13.5 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp 300 langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens #PBC wrapall on cellBasisVector1 31.312999725341797 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 32.558000564575195 0.0 cellBasisVector3 0.0 0 45.066001892089844 cellOrigin -3.0093722216406604e-6 1.4230939996195957e-5 2.136936927854549e-6 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSizeX 42 PMEGridSizeY 43 PMEGridSizeZ 55 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no ;# no for water box yes for membrane useConstantArea no ;# no for waterbox, maybe for membrane langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100. langevinPistonDecay 50. langevinPistonTemp 300 # Output outputName $outputname restartfreq 2500 ;# 2500steps = every 5ps dcdfreq 1000 ;# 1000steps = every 2ps xstFreq 1000 outputEnergies 500 outputPressure 500 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization run 2500000 ;# 5ns |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于超级计算机的安装权限问题：不能用sudo命令，该如何是好？
已经有18人回复
- word参考文献-尾注引用，出了点问题，求高手解答
已经有3人回复
- 签证时用身份证的问题
已经有12人回复
- 1,3-二羰基化合物单碘代的问题 请做过类似反应的指教下
已经有5人回复
- 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
已经有4人回复
- 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误
已经有30人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
- 【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？
已经有5人回复
- 【求助】namd tutorial遇到问题
已经有10人回复
- 【求助】NAMD安装问题
已经有19人回复
- 【在线答疑】关于NAMD/VMD
已经有210人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
2026年材料结构与力学性能国际会议（MSMP 2026
+1/817
-
2026年物理学、化学与数据分析国际会议 (PCDA 2026)
+1/810
-
博士后招聘
+1/298
-
【供应】翁江试剂｜分析纯·生命科学·医药中间体·危化品持证｜高校/药厂/检测可询
+1/92
-
南科大薛亚辉课题组诚聘离子输运、二维材料、原子力显微镜等方向“快响行动”博士生
+1/70
-
中国科大-合肥国家实验室冷原子量子网络团队招聘启事
+2/66
-
南方科技大学力航系急招收纳米材料、力学、机械等方向推免硕士研究生两名
+1/64
-
急招哈尔滨工业大学（深圳）机械学科2027级"申请-考核"博士研究生1名
+1/41
-
华南师范大学胡勇军教授课题组招收2027年推荐面试攻读研究生（推免生）
+1/35
-
澳大利亚昆士兰大学化工学院钙钛矿光电方向招博士
+1/25
-
中山大学柔性电子方向2027级博士招生（材料、材料加工、化学、化工、机械等背景）
+1/16
-
浙江理工大学2027年硕士研究生招生简章
+1/10
-
浙江海洋大学2027年接收推免生工作办法
+1/8
-
浙江海洋大学2027年硕士研究生招生专业目录及自命题科目考试大纲
+1/7
-
为多肽行业添砖加瓦；新课题组首肽免费合成
+1/6
-
哈工大（深圳）赵院士近期招收能动、低空和碳中和博士生
+1/3
-
哈工大（深圳）赵院士近期招收能动、低空和碳中和博士生
+1/2
-
哈工大（深圳）赵院士近期招收能动、低空和碳中和博士生
+1/1
-
2027 International Conference on Healthcare, Medicine and Medical Science
+1/1
-
浙江大学Kemal Celebi教授课题组招收2027年秋季博士生-材料/化学/化工
+1/1
6楼2010-12-05 09:26:45
2楼2010-12-02 20:55:35
3楼2010-12-03 14:30:48
4楼2010-12-03 16:52:48
