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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs NPT restrain 两个分子
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jackwangee

金虫 (小有名气)

[求助] gromacs NPT restrain 两个分子 已有1人参与

做石墨烯水体系NPT
想restrain 两层石墨烯
用如下方法restrain:
1. genrestr -f tcn.gro -o strong_posre.itp -fc 418 418 418
2.   ; Strong position restraints for MOL
#ifdef STRONG_POSRES
#include "strong_posre.itp"
#endif                                               in itp
3.define =     -DSTRONG_POSRES      in mdp

但是strong_posre.itp 内的原子个数必须和力场参数itp内原子个数相同。
做出来之后 。。只能限制其中一层.
同时我也改变力场。。将两层石墨烯的原子的全部变成一个itp文件。但是结果是
石墨烯跑散了。

请问还有其他办法可以限制两层石墨烯吗？
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1楼 2014-03-17 19:50:17
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jackwangee

金虫 (小有名气)
up
2楼2014-03-20 09:55:45
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+5, 感谢指导！ 2014-03-21 16:37:42
jackwangee: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-04-07 12:12:49
帅哥，你的思路没错，就是你需要再仔细读一下手册，关于 position_restraints 的设置问题。

不管你有多少层石墨烯，你把石墨烯的参数都弄在一个itp文件中，比如取名就叫  graphene.itp
打个比方说你有100个原子，那么在 graphene.itp  文件里应该是这样的：


[moleculetype]
; molname         nrexcl
graphene                1

[atoms]
;         id         type         resnr         residu         atom         cgnr         charge         mass
          1         CA         1         GRA         C4         1         0.0         12.011
          2         CA         1         GRA         C2         2         0.0         12.011
          3         CA         1         GRA         C4         3         0.0         12.011
。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。

        96         CA         1         GRA         C2         96         0.0         12.011
          97         CA         1         GRA         C4         97         0.0         12.011
          98         CA         1         GRA         C2         98         0.0         12.011
          99         CA         1         GRA         C4         99         0.0         12.011
          100         CA         1         GRA         C2         100         0.0         12.011

[ bonds ]
;         i         j         funct         bo         kb

[angles]
;         ai         aj         ak         funct
[dihedrals]
;         ai         aj         ak         al         funct

; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "graphene_pr.itp"
#endif

；OK graphene.itp 到此结束，最后引用的graphene_pr.itp 文件里面就是你想限制位置的那些原子序列，这参数设置就放在这里，如果你的模拟过程中不需要限制，就在MDP文件中设置即可，如果需要限制，就在MDP文件中加上一条
define              =  -DPOSRES
就可以了。

打个比方我想限制第1个和第100个原子的位置，那么就在graphene_pr.itp文件中写：
[ position_restraints ]
;        atom        type        fx        fy        fz
        1                1                        1000000                        1000000                        1000000
        100                1                        1000000                        1000000                        1000000

ok，如果你还想限制其他的原子，就再加上即可。
祝科研顺利
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3楼2014-03-20 10:37:02
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 应助指数+1, 感谢指导！ 2014-03-21 16:37:50
顺便提醒一句：NPT 系综条件下，再进行位置限制，很容易出错，小心谨慎
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4楼2014-03-20 10:41:10
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jackwangee

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-03-20 10:41:10
顺便提醒一句：NPT 系综条件下，再进行位置限制，很容易出错，小心谨慎

是啊。。现在也很郁闷。。不知道怎么办。。但是文献上有好多石墨稀的体系是NPT，。。然后freeze或者constrain的。。

npt的时候体积肯定是变化的。石墨烯不可能不动啊
我把石墨烯freeze的时候NPT  。。石墨烯是是来回震荡的

我觉得是constrain算是合理的

但是gromacs constrain不好用
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5楼2014-03-21 09:21:50
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
月只蓝: 金币+2, 应助指数+1, 感谢指导！ 2014-03-21 16:37:58
个人感觉“freeze”更不合理

反正我用 position_restraints  最后运行得到了我需要的结果
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6楼2014-03-21 10:09:40
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