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jackwangee金虫 (小有名气)
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gromacs NPT restrain 两个分子 已有1人参与
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做石墨烯水体系NPT 想restrain 两层石墨烯 用如下方法restrain: 1. genrestr -f tcn.gro -o strong_posre.itp -fc 418 418 418 2. ; Strong position restraints for MOL #ifdef STRONG_POSRES #include "strong_posre.itp" #endif in itp 3.define = -DSTRONG_POSRES in mdp 但是strong_posre.itp 内的原子个数必须和力场参数itp内原子个数相同。 做出来之后 。。只能限制其中一层. 同时我也改变力场。。将两层石墨烯的原子的全部变成一个itp文件。但是结果是 石墨烯跑散了。 请问还有其他办法可以限制两层石墨烯吗？ |
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jackwangee
金虫 (小有名气)
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2楼2014-03-20 09:55:45
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月只蓝: 金币+5, 感谢指导！ 2014-03-21 16:37:42
jackwangee: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-04-07 12:12:49
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帅哥，你的思路没错，就是你需要再仔细读一下手册，关于 position_restraints 的设置问题。 不管你有多少层石墨烯，你把石墨烯的参数都弄在一个itp文件中，比如取名就叫 graphene.itp 打个比方说你有100个原子，那么在 graphene.itp 文件里应该是这样的： [moleculetype] ; molname nrexcl graphene 1 [atoms] ; id type resnr residu atom cgnr charge mass 1 CA 1 GRA C4 1 0.0 12.011 2 CA 1 GRA C2 2 0.0 12.011 3 CA 1 GRA C4 3 0.0 12.011 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 96 CA 1 GRA C2 96 0.0 12.011 97 CA 1 GRA C4 97 0.0 12.011 98 CA 1 GRA C2 98 0.0 12.011 99 CA 1 GRA C4 99 0.0 12.011 100 CA 1 GRA C2 100 0.0 12.011 [ bonds ] ; i j funct bo kb [angles] ; ai aj ak funct [dihedrals] ; ai aj ak al funct ; Include Position restraint file #ifdef POSRES #include "graphene_pr.itp" #endif ；OK graphene.itp 到此结束，最后引用的graphene_pr.itp 文件里面就是你想限制位置的那些原子序列，这参数设置就放在这里，如果你的模拟过程中不需要限制，就在MDP文件中设置即可，如果需要限制，就在MDP文件中加上一条 define = -DPOSRES 就可以了。 打个比方我想限制第1个和第100个原子的位置，那么就在graphene_pr.itp文件中写： [ position_restraints ] ; atom type fx fy fz 1 1 1000000 1000000 1000000 100 1 1000000 1000000 1000000 ok，如果你还想限制其他的原子，就再加上即可。 祝科研顺利 |
3楼2014-03-20 10:37:02
4楼2014-03-20 10:41:10
jackwangee
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5楼2014-03-21 09:21:50
6楼2014-03-21 10:09:40
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