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zhuimeng08银虫 (正式写手)
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gromacs npt出现问题 已有1人参与
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在对体系跑npt平衡时，盒子中出现了空洞，这是怎么回事？ 下面是我跑完npt的pdb。一共跑了500ps，在大约300ps是开始出现洞。 我分别尝试了 在z轴不同的压力，一个是1atm 2atm 都出现了洞。 参数应该怎样调整呢？ ; Temperature coupling is on in three groups Tcoupl = Nose-Hoover ; Weak coupling tc_grps = protein_HEM_UHD SOL DPPC ; three coupling groups - more accurate tau_t = 0.5 0.5 0.5 ; time constant, in ps ref_t = 325 325 325 ; reference temperature, one for each group, in K Pressure coupling Pcoupl = Parrinello-Rahman ; Weak coupling Pcoupltype = semiisotropic ; uniform scaling of x-y vectors, independent z tau_p = 5.0 ref_p = 2.0 2.0 ; reference pressure, x-y, z (in bar) compressibility = 4.5e-5 4.5e-5 ; isothermal compressibility, bar^-1 ; Generate velocities is off gen_vel = no ; Velocity generation is off ; Periodic boundary conditions are on in all directions pbc = xyz ; 3-D PBC |
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- 附件 2 : np.mdp
2014-07-18 10:04:38, 20.59 M
2014-07-18 10:09:58, 2.45 K
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