24小时热门版块排行榜    

查看: 2315  |  回复: 10

神秘星球

木虫 (正式写手)

[求助] 求助NAMD模拟后的结果如何处理 已有2人参与

求助NAMD模拟的结果分析的相关文献,书籍!

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

0010
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

神秘星球

木虫 (正式写手)

内容已删除
0010
2楼2014-05-10 23:51:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weili201

金虫 (小有名气)

虽然不知道,还是帮你顶一下
学习……
3楼2014-05-11 21:26:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yylcx

金虫 (正式写手)

这个还是多看教程里面的案例啊,看案例怎么分析的
4楼2014-05-11 21:53:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

神秘星球

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yylcx at 2014-05-11 21:53:42
这个还是多看教程里面的案例啊,看案例怎么分析的

教程里面的基本都会了!

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
0010
5楼2014-05-12 00:02:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:50:24
6楼2014-05-12 08:54:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

915384165

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流 2014-05-16 19:50:30
NAMD的结果处理
如果只是通常的计算,NAMD的输出文件一般主要只有两种格式, *.dcd(轨迹文件) *.log (日志文件)
一般我是使用VMD这个软件,来进行结果统计分析。这个软件及使用说明(建议看UG)可以在NAMD官网下载到
VMD包含了一些现成的组件来进行统计分析,当然个人感觉VMD最强大之处在于它的可扩展性, 它有一个控制台可以以命令的形式运行自己编写的脚本程序进行统计分析。并且程序提供了很多内置的函数和命令,也可以自己写脚本程序添加。在官网也可以搜索到别人写的一些程序。
下边补充一点关于tcl的信息
Tcl(最早称为“工具命令语言”"Tool Command Language", 是一种脚本语言。 由John Ousterhout创建。
简单易学,方便,即使无编程基础也可以很短时间学会。
7楼2014-05-13 09:42:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

神秘星球

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 915384165 at 2014-05-13 09:42:38
NAMD的结果处理
如果只是通常的计算,NAMD的输出文件一般主要只有两种格式, *.dcd(轨迹文件) *.log (日志文件)
一般我是使用VMD这个软件,来进行结果统计分析。这个软件及使用说明(建议看UG)可以在NAMD官网 ...

我在打开.vel文件出错了,上面显示inconsistent atom count.
我看官网上有一种解释是我的.vel文件可能不是二进制的,怎么判断文件是不是二进制的
那我该怎么降它转为二进制文件。
0010
8楼2014-05-13 12:08:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

915384165

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 神秘星球 at 2014-05-13 12:08:24
我在打开.vel文件出错了,上面显示inconsistent atom count.
我看官网上有一种解释是我的.vel文件可能不是二进制的,怎么判断文件是不是二进制的
那我该怎么降它转为二进制文件。...

弱弱的问下 .vel 文件时干嘛用的???
9楼2014-05-14 11:29:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

神秘星球

木虫 (正式写手)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:50:45
引用回帖:
9楼: Originally posted by 915384165 at 2014-05-14 11:29:38
弱弱的问下 .vel 文件时干嘛用的???...

已经解决了!速度文件

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
0010
10楼2014-05-14 14:33:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 神秘星球 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 让我中一个面上吧! +8 大萍1987 2026-08-20 10/500 2026-08-20 21:48 by 大萍1987
[基金申请] 言之凿凿,明天官网会通知放榜? +15 医学老男孩 2026-08-20 17/850 2026-08-20 20:35 by CaoLG
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +21 yaoyewhu2008 2026-08-20 22/1100 2026-08-20 17:03 by yaoyewhu2008
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+3 snowwithsea 2026-08-19 12/600 2026-08-20 15:56 by lfy8008
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低?主要原因有哪些? +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +4 yuleib84 2026-08-19 5/250 2026-08-19 19:52 by hhs666
[基金申请] 今天放榜吗? +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖? +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
信息提示
请填处理意见