| 查看: 1990 | 回复: 10 | ||
神秘星球木虫 (正式写手)
|
[求助]
求助NAMD模拟后的结果如何处理 已有2人参与
|
|
求助NAMD模拟的结果分析的相关文献，书籍！ [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
回复此楼» 猜你喜欢
化学工程321分求调剂
已经有7人回复
-
0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投
已经有7人回复
-
308求调剂
已经有3人回复
-
本人考085602 化学工程 专硕
已经有10人回复
-
焦虑
已经有9人回复
-
0856求调剂
已经有3人回复
-
283求调剂
已经有11人回复
-
深圳大学硕士招生（2026秋，传感器方向，仅录取第一志愿）
已经有8人回复
-
0703化学调剂
已经有7人回复
-
344求调剂
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- NAMD跑动力学模拟的标准流程
已经有3人回复
- NAMD模拟对硬件的要求
已经有17人回复
- Namd， Gromacs 可以计算分子中电荷分布随时间的变化吗？
已经有4人回复
- namd能量最小化完成后给我的十几个文件怎么没有pdb格式的呀
已经有6人回复
- 既然NAMD是模拟多肽的结构，为什么有需要一个pdb文件作为input呢？
已经有4人回复
- NAMD软件在代码层面上是如何计算蛋白质势能的？
已经有8人回复
- rigidbonds in NAMD
已经有4人回复
- NAMD安装中的nanotubes.conf文件如何编写
已经有3人回复
- 求助namd的配置文件的修改，主要是如何添加约束
已经有5人回复
- 我们课题组招聘，MD 模拟方面——最好精于NAMD gromacs 做生物分子模拟
已经有55人回复
- 交流一下c语言或者Fortran语言怎么应用于namd中
已经有11人回复
- 【求助】NAMD: water box时，立方水体的边界该怎样确定？先谢了
已经有4人回复
- 【求助】弱问：怎样才能移植MS的PDB文件到NAMD中
已经有4人回复
- 【求助】用NAMD 做NPT模拟遇到下面的问题
已经有10人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？
已经有5人回复
- 【求助】有人模拟过电泳吗
已经有9人回复
- 【求助】NAMD安装问题
已经有19人回复
神秘星球
木虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 1870.9
- 散金: 140
- 红花: 4
- 帖子: 336
- 在线: 159.1小时
- 虫号: 2128611
- 注册: 2012-11-15
- 性别: GG
- 专业: 光学
2楼2014-05-10 23:51:10
weili201
金虫 (小有名气)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 2726
- 散金: 200
- 帖子: 297
- 在线: 99.3小时
- 虫号: 1027262
- 注册: 2010-05-24
- 专业: 敏感电子学与传感器
3楼2014-05-11 21:26:49
4楼2014-05-11 21:53:42
神秘星球
木虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 1870.9
- 散金: 140
- 红花: 4
- 帖子: 336
- 在线: 159.1小时
- 虫号: 2128611
- 注册: 2012-11-15
- 性别: GG
- 专业: 光学
5楼2014-05-12 00:02:19
【答案】应助回帖
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:50:24
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:50:24
6楼2014-05-12 08:54:36
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流 2014-05-16 19:50:30
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流 2014-05-16 19:50:30
|
NAMD的结果处理 如果只是通常的计算，NAMD的输出文件一般主要只有两种格式， *.dcd（轨迹文件） *.log （日志文件） 一般我是使用VMD这个软件，来进行结果统计分析。这个软件及使用说明（建议看UG）可以在NAMD官网下载到 VMD包含了一些现成的组件来进行统计分析，当然个人感觉VMD最强大之处在于它的可扩展性， 它有一个控制台可以以命令的形式运行自己编写的脚本程序进行统计分析。并且程序提供了很多内置的函数和命令，也可以自己写脚本程序添加。在官网也可以搜索到别人写的一些程序。 下边补充一点关于tcl的信息 Tcl(最早称为“工具命令语言”"Tool Command Language", 是一种脚本语言。 由John Ousterhout创建。 简单易学，方便，即使无编程基础也可以很短时间学会。 |
7楼2014-05-13 09:42:38
神秘星球
木虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 1870.9
- 散金: 140
- 红花: 4
- 帖子: 336
- 在线: 159.1小时
- 虫号: 2128611
- 注册: 2012-11-15
- 性别: GG
- 专业: 光学
8楼2014-05-13 12:08:24
9楼2014-05-14 11:29:38
神秘星球
木虫 (正式写手)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 1870.9
- 散金: 140
- 红花: 4
- 帖子: 336
- 在线: 159.1小时
- 虫号: 2128611
- 注册: 2012-11-15
- 性别: GG
- 专业: 光学
10楼2014-05-14 14:33:28
