应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » rigidbonds in NAMD
51/1返回列表
查看: 860  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

路上

铜虫 (初入文坛)

[求助] rigidbonds in NAMD

各位大侠，
请问 namd 中的 rigidbonds 这个命令啥时候必须要用？
还是这个命令可有可无？
多谢
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

NAMD

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-20 04:51:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你要是想用 time step = 2 fs  的话，一般都需要设置这个吧，
我自己试过，如果不设置  rigidbonds  就会老出错。
你可以自己先试一试
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-20 08:41:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

路上

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-20 08:41:19
你要是想用 time step = 2 fs  的话，一般都需要设置这个吧，
我自己试过，如果不设置  rigidbonds  就会老出错。
你可以自己先试一试

确实是这样。但我一直没想通，用与不用 rigidbonds，对于结果有啥影响？
也没查到相关的信息。

请问您知道么
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-20 11:14:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 赞！ 2013-04-21 19:57:08
用了rigidbonds，就把与氢原子相连的化学键的键长固定在平衡值附近了，因为timestep的选取是和体系的振动频率有关，而氢的振动频率最快，因此，加上rigidbond就降低了振动频率，所以才能用2fs，如果不用rigidbond，则2fs的步长太大，用0.5fs比较合适。例外，在溶液中模拟一般用2fs，在真空中一般用0.5fs，也就是不用rigidbond。
赞一下 回复此楼
下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
4楼2013-04-21 10:40:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

路上

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by childsliu at 2013-04-21 10:40:48
用了rigidbonds，就把与氢原子相连的化学键的键长固定在平衡值附近了，因为timestep的选取是和体系的振动频率有关，而氢的振动频率最快，因此，加上rigidbond就降低了振动频率，所以才能用2fs，如果不用rigidbond， ...

多谢
回复此楼
5楼2013-04-29 06:21:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 路上 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 3/150 2026-11-11 12:05 by gRND4NVAZ8VG
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 3/150 2026-11-11 11:41 by gRND4NVAZ8VG
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 3/150 2026-11-11 11:38 by gRND4NVAZ8VG
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 3/150 2026-11-11 11:10 by 1Nb0IVlmV6v0
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 5/250 2026-11-11 10:46 by 1Nb0IVlmV6v0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 FChKX8meu1ds 2026-11-09 5/250 2026-11-11 10:35 by 1Nb0IVlmV6v0
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 7/350 2026-11-11 10:04 by 1Nb0IVlmV6v0
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 5/250 2026-11-11 04:40 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 5/250 2026-11-11 04:29 by Z7qfCsdIiD1T
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 6/300 2026-11-11 04:07 by Z7qfCsdIiD1T
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 6/300 2026-11-11 03:56 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:13 by Z7qfCsdIiD1T
[考博] 申请环境，微生物方向博士 +3 浅笑09 2026-11-08 3/150 2026-11-10 12:44 by 可淡不可忘
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 12/600 2026-11-09 13:26 by Equinoxhua
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 15/750 2026-11-09 13:19 by Equinoxhua
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-09 00:14 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 9/450 2026-11-08 22:46 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭