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路上

铜虫 (初入文坛)

[求助] rigidbonds in NAMD

各位大侠，
请问 namd 中的 rigidbonds 这个命令啥时候必须要用？
还是这个命令可有可无？
多谢
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1楼 2013-04-20 04:51:13
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你要是想用 time step = 2 fs  的话，一般都需要设置这个吧，
我自己试过，如果不设置  rigidbonds  就会老出错。
你可以自己先试一试
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2楼2013-04-20 08:41:19
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路上

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-20 08:41:19
你要是想用 time step = 2 fs  的话，一般都需要设置这个吧，
我自己试过，如果不设置  rigidbonds  就会老出错。
你可以自己先试一试

确实是这样。但我一直没想通，用与不用 rigidbonds，对于结果有啥影响？
也没查到相关的信息。

请问您知道么
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3楼2013-04-20 11:14:09
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 赞！ 2013-04-21 19:57:08
用了rigidbonds，就把与氢原子相连的化学键的键长固定在平衡值附近了，因为timestep的选取是和体系的振动频率有关，而氢的振动频率最快，因此，加上rigidbond就降低了振动频率，所以才能用2fs，如果不用rigidbond，则2fs的步长太大，用0.5fs比较合适。例外，在溶液中模拟一般用2fs，在真空中一般用0.5fs，也就是不用rigidbond。
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下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
4楼2013-04-21 10:40:48
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路上

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by childsliu at 2013-04-21 10:40:48
用了rigidbonds，就把与氢原子相连的化学键的键长固定在平衡值附近了，因为timestep的选取是和体系的振动频率有关，而氢的振动频率最快，因此，加上rigidbond就降低了振动频率，所以才能用2fs，如果不用rigidbond， ...

多谢
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5楼2013-04-29 06:21:01
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