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[交流]
【讨论】大家看看我的RMSD图，给些指点，谢谢了 已有3人参与
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跑完平衡动力学，在求RMSD for individual residues时发现输出的RMSD图有些诡异，我用的是这个程序： # % $Id: residue_rmsd.tcl,v 1.4 2006/03/06 23:56:46 timisgro Exp $ proc rmsd_residue_over_time {{mol top} res} { # use frame 0 for the reference set reference [atomselect $mol "protein" frame 0] # the frame being compared set compare [atomselect $mol "protein"] #make a selection with all atoms set all [atomselect top all] #get the number of frames set num_steps [molinfo $mol get numframes] #open file for writing set fil [open residue_rmsd.dat w] foreach r $res { set rmsd($r) 0 } #loop over all frames in the trajectory for {set frame 0} {$frame < $num_steps} {incr frame} { puts "Calculating rmsd for frame $frame ..." # get the correct frame $compare frame $frame $all frame $frame # compute the transformation set trans_mat [measure fit $compare $reference] # do the alignment $all move $trans_mat # compute the RMSD #loop through all residues foreach r $res { set ref [atomselect $mol "protein and resid $r and noh" frame 0] set comp [atomselect $mol "protein and resid $r and noh" frame $frame] set rmsd($r) [expr $rmsd($r) + [measure rmsd $comp $ref]] $comp delete $ref delete } } set ave 0 foreach r $res { set rmsd($r) [expr $rmsd($r)/$num_steps] # print the RMSD puts "RMSD of residue $r is $rmsd($r)" puts $fil " $r \t $rmsd($r)" set res_b [atomselect $mol "resid $r"] $res_b set user $rmsd($r) $res_b delete set ave [expr $ave + $rmsd($r)] } set ave [expr $ave/[llength $res]] puts " Average rmsd per residue: $ave" close $fil } 大家看看程序的问题吗?还有，之前的任何过程都没出现任何的error。先谢谢各位的指点了。  |
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 分子动力学 | MDs-Gromacs | gromacs |
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是不是我跑平衡动力学时，有些参数设计的不对啊，这是我平衡动力学的参数： ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # Ubiquitin in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ../common/1kim_wb.psf coordinates ../common/1kim_wb.pdb set temperature 310 set outputname 1kim_wb_eq firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ../common/par_all27_prot_lipid.inp temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 20. switching on switchdist 18. pairlistdist 22. # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 79. 0. 0. cellBasisVector2 0. 72. 0. cellBasisVector3 0. 0. 72. cellOrigin 0. 0. 0. wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSizeX 82 PMEGridSizeY 75 PMEGridSizeZ 75 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100. langevinPistonDecay 50. langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 250 xstFreq 250 outputEnergies 100 outputPressure 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 5000 reinitvels $temperature run 20000 ;# 5ps |
2楼2010-12-15 15:38:50
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这个是主链的随时RMSD，使用的脚本是： set outfile [open rmsd.dat w]; set nf [molinfo top get numframes] set frame0 [atomselect top "protein and backbone and noh" frame 0] set sel [atomselect top "protein and backbone and noh"] # rmsd calculation loop for {set i 1 } {$i < $nf } { incr i } { $sel frame $i $sel move [measure fit $sel $frame0] puts $outfile "$i [measure rmsd $sel $frame0]" } close $outfile  |
3楼2010-12-15 18:04:55
4楼2010-12-15 18:26:56
5楼2010-12-15 18:41:25
6楼2010-12-15 22:33:10
7楼2010-12-15 23:12:39
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