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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » NAMD安装中的nanotubes.conf文件如何编写
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zongzhiyou

银虫 (初入文坛)

[求助] NAMD安装中的nanotubes.conf文件如何编写

各位大侠，请教在NAMD安装中需要的nanotubes.conf文件如何编写啊，我需要做分子对接（蛋白与配体之间），有没有哪位大侠帮忙指点一下，或者模版或者帮编写下感谢万分啊！急求啊

    （昨天写了一个关于安装的求助帖，当时找到了相关资料，而且帖子还没有人回答就选择了让斑竹删了，但是在请求删除到删除的过程中有位仁兄回复了，再次对那位仁兄说抱歉啊）
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来自他乡
1楼2013-01-09 09:51:04
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-09 20:41:10
安装的话不需要.conf文件的，只要解压就行了
.conf文件是跑分子动力学的参数文件，包括了各种参数信息
建议你先看一下NAMD的教程，论坛里面有中文版的
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3516164
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2楼2013-01-09 12:29:18
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zongzhiyou: 金币+50, ★★★★★最佳答案 2013-01-10 11:13:24
给你看一个.conf的样本吧


#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                         ##
#############################################################

# This is what this job does


#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
#############################################################

structure          mypsf.psf
coordinates        mypdb.pdb
outputName         myoutput

set temperature    310

# Continuing a job from the restart files
if {0} {
set inputname      myinput
binCoordinates     $inputname.restart.coor
binVelocities      $inputname.restart.vel  ;# remove the "temperature" entry if you use this!
extendedSystem           $inputname.xsc
}

firsttimestep      0


#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm            on
parameters          par_all27_prot_lipid.inp

# NOTE: Do not set the initial velocity temperature if you
# have also specified a .vel restart file!
temperature         $temperature


# Periodic Boundary conditions
# NOTE: Do not set the periodic cell basis if you have also
# specified an .xsc restart file!
if {0} {
cellBasisVector1    20.0  0    0
cellBasisVector2     0   20.0  0
cellBasisVector3     0    0   50.0
cellOrigin           0    0    0
}
wrapWater           on
wrapAll             on


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.0
switching           on
switchdist          10.0
pairlistdist        14.0


# Integrator Parameters
timestep            2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
stepspercycle       10


#PME (for full-system periodic electrostatics)
if {0} {
PME                 yes
PMEGridSpacing      1.0

#manual grid definition
#PMEGridSizeX        32
#PMEGridSizeY        32
#PMEGridSizeZ        64
}


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     1     ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    no    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


# Constant Pressure Control (variable volume)
if {0} {
useGroupPressure      yes ;# needed for 2fs steps
useFlexibleCell       no  ;# no for water box, yes for membrane
useConstantArea       no  ;# no for water box, yes for membrane

langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.0
langevinPistonDecay   50.0
langevinPistonTemp    $temperature
}


restartfreq         500     ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq             500
xstFreq             500
outputEnergies      100
outputPressure      100


# Fixed Atoms Constraint (set PDB beta-column to 1)
if {0} {
fixedAtoms          on
fixedAtomsFile      myfixedatoms.pdb
fixedAtomsCol       B
}


# IMD Settings (can view sim in VMD)
if {0} {
IMDon           on
IMDport         3000    ;# port number (enter it in VMD)
IMDfreq         1       ;# send every 1 frame
IMDwait         no      ;# wait for VMD to connect before running?
}


#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                        ##
#############################################################

# Put here any custom parameters that are specific to
# this job (e.g., SMD, TclForces, etc...)



#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
#############################################################

# Minimization
if {0} {
minimize            100
reinitvels          $temperature
}

run 50000 ;# 100ps
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3楼2013-01-09 12:50:02
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主要学习NAMD ,强烈推荐你先去NAMD 官网上看看教程吧，每一个教程都有PDF的说明，也还有一些脚本的例子，非常详细
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4楼2013-01-09 20:42:24
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