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zongzhiyou银虫 (初入文坛)
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[求助]
NAMD安装中的nanotubes.conf文件如何编写
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各位大侠，请教在NAMD安装中需要的nanotubes.conf文件如何编写啊，我需要做分子对接（蛋白与配体之间），有没有哪位大侠帮忙指点一下，或者模版或者帮编写下 感谢万分啊！急求啊（昨天写了一个关于安装的求助帖，当时找到了相关资料，而且帖子还没有人回答就选择了让斑竹删了，但是在请求删除到删除的过程中有位仁兄回复了，再次对那位仁兄说抱歉啊） |
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fhh2626
木虫 (正式写手)
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【答案】应助回帖
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zongzhiyou: 金币+50, ★★★★★最佳答案 2013-01-10 11:13:24
zongzhiyou: 金币+50, ★★★★★最佳答案 2013-01-10 11:13:24
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给你看一个.conf的样本吧 ############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # This is what this job does ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure mypsf.psf coordinates mypdb.pdb outputName myoutput set temperature 310 # Continuing a job from the restart files if {0} { set inputname myinput binCoordinates $inputname.restart.coor binVelocities $inputname.restart.vel ;# remove the "temperature" entry if you use this! extendedSystem $inputname.xsc } firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_lipid.inp # NOTE: Do not set the initial velocity temperature if you # have also specified a .vel restart file! temperature $temperature # Periodic Boundary conditions # NOTE: Do not set the periodic cell basis if you have also # specified an .xsc restart file! if {0} { cellBasisVector1 20.0 0 0 cellBasisVector2 0 20.0 0 cellBasisVector3 0 0 50.0 cellOrigin 0 0 0 } wrapWater on wrapAll on # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 14.0 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 #PME (for full-system periodic electrostatics) if {0} { PME yes PMEGridSpacing 1.0 #manual grid definition #PMEGridSizeX 32 #PMEGridSizeY 32 #PMEGridSizeZ 64 } # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen no ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Constant Pressure Control (variable volume) if {0} { useGroupPressure yes ;# needed for 2fs steps useFlexibleCell no ;# no for water box, yes for membrane useConstantArea no ;# no for water box, yes for membrane langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 langevinPistonDecay 50.0 langevinPistonTemp $temperature } restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 500 xstFreq 500 outputEnergies 100 outputPressure 100 # Fixed Atoms Constraint (set PDB beta-column to 1) if {0} { fixedAtoms on fixedAtomsFile myfixedatoms.pdb fixedAtomsCol B } # IMD Settings (can view sim in VMD) if {0} { IMDon on IMDport 3000 ;# port number (enter it in VMD) IMDfreq 1 ;# send every 1 frame IMDwait no ;# wait for VMD to connect before running? } ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# # Put here any custom parameters that are specific to # this job (e.g., SMD, TclForces, etc...) ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization if {0} { minimize 100 reinitvels $temperature } run 50000 ;# 100ps |
3楼2013-01-09 12:50:02
fhh2626
木虫 (正式写手)
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-09 20:41:10
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jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-01-09 20:41:10
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安装的话不需要.conf文件的，只要解压就行了 .conf文件是跑分子动力学的参数文件，包括了各种参数信息 建议你先看一下NAMD的教程，论坛里面有中文版的 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3516164 |
2楼2013-01-09 12:29:18
4楼2013-01-09 20:42:24
