应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » rigidbonds in NAMD
51/1返回列表
查看: 695  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

路上

铜虫 (初入文坛)

[求助] rigidbonds in NAMD

各位大侠，
请问 namd 中的 rigidbonds 这个命令啥时候必须要用？
还是这个命令可有可无？
多谢
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

NAMD

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-20 04:51:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

路上

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-20 08:41:19
你要是想用 time step = 2 fs  的话，一般都需要设置这个吧，
我自己试过，如果不设置  rigidbonds  就会老出错。
你可以自己先试一试

确实是这样。但我一直没想通，用与不用 rigidbonds，对于结果有啥影响？
也没查到相关的信息。

请问您知道么
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-20 11:14:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你要是想用 time step = 2 fs  的话，一般都需要设置这个吧，
我自己试过，如果不设置  rigidbonds  就会老出错。
你可以自己先试一试
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-20 08:41:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

childsliu

捐助贵宾 (正式写手)

二当家的

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 赞！ 2013-04-21 19:57:08
用了rigidbonds，就把与氢原子相连的化学键的键长固定在平衡值附近了，因为timestep的选取是和体系的振动频率有关，而氢的振动频率最快，因此，加上rigidbond就降低了振动频率，所以才能用2fs，如果不用rigidbond，则2fs的步长太大，用0.5fs比较合适。例外，在溶液中模拟一般用2fs，在真空中一般用0.5fs，也就是不用rigidbond。
赞一下 回复此楼
下苦功，三个字，一个叫下，一个叫苦，一个叫功，一定要振作精神，下苦功。
4楼2013-04-21 10:40:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

路上

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by childsliu at 2013-04-21 10:40:48
用了rigidbonds，就把与氢原子相连的化学键的键长固定在平衡值附近了，因为timestep的选取是和体系的振动频率有关，而氢的振动频率最快，因此，加上rigidbond就降低了振动频率，所以才能用2fs，如果不用rigidbond， ...

多谢
回复此楼
5楼2013-04-29 06:21:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 311求调剂 +5 冬十三 2026-03-15 5/250 2026-03-15 18:38 by 无际的草原
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 085601材料工程315分求调剂 +3 yang_0104 2026-03-15 3/150 2026-03-15 10:58 by peike
[考研] 311求调剂 +3 26研0 2026-03-15 3/150 2026-03-15 09:12 by JourneyLucky
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +7 邱gl 2026-03-10 11/550 2026-03-14 12:18 by 邱gl
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-03-13 4/200 2026-03-14 08:37 by zhukairuo
[考研] 材料与化工 一志愿山大 321分 求调剂 +7 每天散步 2026-03-09 8/400 2026-03-14 02:18 by JourneyLucky
[考研] 云南财经大学信息学院计算机学硕专硕学位点 +3 zjptai 2026-03-10 5/250 2026-03-14 01:23 by 飞行琦
[考研] 318求调剂 +3 李新光 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:21 by JourneyLucky
[考研] 0805，333求调剂 +3 112253525 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:42 by JourneyLucky
[考研] 0856材料与化工301求调剂 +5 奕束光 2026-03-13 5/250 2026-03-13 22:00 by 星空星月
[考研] 310求调剂 +3 【上上签】 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:16 by JourneyLucky
[考研] 295求调剂 +3 小匕仔汁 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:17 by vgtyfty
[考研] 277求调剂 +4 anchor17 2026-03-12 4/200 2026-03-13 11:15 by 白夜悠长
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +3 d如愿上岸 2026-03-12 5/250 2026-03-13 10:56 by houyaoxu
[考研] 化工学硕306求调剂 +9 42838695 2026-03-12 9/450 2026-03-13 10:16 by houyaoxu
[考博] 福州大学杨黄浩课题组招收2026年专业学位博士研究生，2026.03.20截止 +3 Xiangyu_ou 2026-03-12 3/150 2026-03-13 09:36 by duanwu655
[考研] 调剂 +5 呵唔哦豁 2026-03-10 5/250 2026-03-10 22:00 by 28375m
[硕博家园] 木虫好像不热闹了，是不是？ +4 偏振片 2026-03-10 4/200 2026-03-10 09:51 by longwave
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭