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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】有人模拟过电泳吗
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574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】有人模拟过电泳吗 已有4人参与

有人模拟过电泳吗，可以做吗

[ Last edited by 574384607 on 2010-6-13 at 15:14 ]
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1楼 2010-06-01 15:27:53
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-01 16:03:15
574384607(金币+2): 2010-06-01 21:18:47
下载地址
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd/
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2楼2010-06-01 15:41:37
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-01 15:41:37:
下载地址
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd/

和想找的不一样，还是要谢谢你
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3楼2010-06-01 21:43:29
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-06-02 07:31:54
574384607(金币+1):奥，明白了。现在在先照着一个中文版的操作那，例子是老版的哪 2010-06-02 07:58:08
你找的那个是旧版, 现在uiuc 已经撤掉了
全部在这里, 可以找找你想要的
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/
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4楼2010-06-01 22:10:22
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574384607

银虫 (小有名气)

namd和vmd做大分子与碳纳米管的吸附作用

过来人分享一下经验吧
我刚刚学软件，现在想用namd和vmd做大分子与碳纳米管的吸附作用，按namd说明书上的讲述做了一遍，发现没有讲到两个分子怎么做到一个文件中相互作用，特别是怎么把大分子、碳纳米管放一块，碳纳米管的格式保存成。vmd吗

我觉得用namd和vmd等还有其他软件，主要难点都在建模构型和结果分析
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5楼2010-06-10 15:22:15
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wally8962

木虫 (著名写手)
★
574384607(金币+2): 2010-06-11 09:24:45
lei0736(金币+1):谢谢 2010-06-12 14:03:25
pdb、psf文件都有了吗？
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6楼2010-06-10 22:58:51
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-06-10 22:58:51:
pdb、psf文件都有了吗？

蛋白质的.pdb文件有，其psf文件也可以生成，这个都可以按说明书办得到
但是建立蛋白质与纳米管相互作用的模型不知道怎么实现，我看vmd里面modeling里有纳米管模块，建纳米管也可以建，不知道保存成什么文件，我save state时下拉菜单中只有。vmd
namd运行的时候要调用conf文件，里面要有pdb和psf
是不是要把蛋白质和纳米管放一个pdb文件里？这样的话应该调拓扑结构和力场吧，怎么调啊
谢谢指点啊
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7楼2010-06-11 10:06:57
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-11 16:20:43
怎么保存，怎么合并，等等
建议你把tutorial做一遍，就都会了
没捷径走
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8楼2010-06-11 15:46:15
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574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2010-06-11 15:46:15:
怎么保存，怎么合并，等等
建议你把tutorial做一遍，就都会了
没捷径走



多谢
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9楼2010-06-11 19:05:05
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-23 09:59:17
弱问模拟跑胶这么低成本实验技术，在模拟上有什么特定的优势吗？
赞一下(2人) 回复此楼
10楼2010-06-23 09:53:24
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