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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】有人用dl_poly计算过solvation free energy吗？请教几个问题。。
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tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】有人用dl_poly计算过solvation free energy吗？请教几个问题。。 已有5人参与

我用的dl_poly2.20,在手册中提到计算溶剂化能需要进行下面的设定在CONTROL文件中
free
start              
interval            
lambda            
mix                  
system_a      
system_b      
endfre
我的问题是对于system_a 与system_b的设定，我的体系是一个溶质溶解在1000个溶剂中，如果我把system_a 这个设定设为0（就是空着这个），然后再system_b设定为溶质分子，我想问，这样设定，最后计算的自由能是什么自由能，就是有什么物理意义。手册中的例子35中它计算的是DMSO的激发态和基态之间的自由能的不同。所以他在体系中有 DMSO的激发态和基态..可是我计算溶剂化自由能应该怎么设定呢？？
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
1楼 2011-01-08 12:30:36
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
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Originally posted by tpp001 at 2011-01-08 12:30:36:
我用的dl_poly2.20,在手册中提到计算溶剂化能需要进行下面的设定在CONTROL文件中
free
start              
interval            
lambda            
mix                  
system_a      
system_b     ...

这个能量计算出来会有什么提示？
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好好学习，天天向上。
2楼2011-01-13 15:46:19
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tpp001

金虫 (著名写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-02-09 21:12:32
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-01-13 15:46:19:

这个能量计算出来会有什么提示？

在control文件中加入上面的设定会生成一个freeng文件。。
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
3楼2011-01-13 20:36:14
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meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴｜一只蘑菇
★ ★
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ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-02-05 20:45:54
lz要计算哪2个体系？
貌似是把体系1和体系2分别表达不同的index 如例子里的一样

这个问题我也在关心 正在DLPOLY的workshop，明天跟他他们详细讨论这个问题
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4楼2011-02-04 06:06:13
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winterz

木虫 (小有名气)
★ ★
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ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-02-05 20:46:05
引用回帖:
Originally posted by meixinqing at 2011-02-04 06:06:13:
lz要计算哪2个体系？
貌似是把体系1和体系2分别表达不同的index 如例子里的一样

这个问题我也在关心 正在DLPOLY的workshop，明天跟他他们详细讨论这个问题

LS参加的是以下这个workshop吗？
http://www.cse.scitech.ac.uk/ccg ... /DLP_Training.shtml

我对这个也比较感兴趣，不过没有机会去参加，不知道workshop上有没有什么lecture notes之类的pdf，若有的话LS能否共享下，万分感谢！
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5楼2011-02-04 20:04:15
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meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴｜一只蘑菇
★ ★ ★ ★ ★
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zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-02-09 21:13:21
http://www.cse.scitech.ac.uk/ccg ... XERCISES/index.html
workshop 的练习
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6楼2011-02-06 21:39:28
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by meixinqing at 2011-02-06 21:39:28:
http://www.cse.scitech.ac.uk/ccg ... XERCISES/index.html
workshop 的练习

你好，回家过年刚刚回来，向您请教一下用dlpoly如何设定计算溶剂化能？谢谢。不管您有什么样的想法都可以说一下谢谢。。。
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7楼2011-02-14 10:40:50
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meixinqing

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梅心晴｜一只蘑菇
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ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-02-16 13:07:42
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Originally posted by tpp001 at 2011-02-14 10:40:50:

你好，回家过年刚刚回来，向您请教一下用dlpoly如何设定计算溶剂化能？谢谢。不管您有什么样的想法都可以说一下谢谢。。。

DLPOLY TD integration的input block 大概是酱紫的

×××××××
×××××××
×××××××
...
...
×××××××
×××××××
AAAAAAAAA
AAAAAAAAA
AAAAAAAAA
BBBBBBBBB
BBBBBBBBB
其中××××××是溶剂
A 和B 是两个component
所计算的能量是

interaction between X and A
interaction between X and B
no interaction between A and B

define on FIELD file


我大概理解成这样，基本上问到的东西写上来了，还有就是那个λ的公式，在manual的那一章有
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8楼2011-02-15 06:27:51
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by meixinqing at 2011-02-15 06:27:51:


DLPOLY TD integration的input block 大概是酱紫的

×××××××
×××××××
×××××××
...
...
×××××××
×××××××
AAAAAAAAA
AAAAAAAAA
AAAAAAAAA
BBBBBBBBB
BBBBBBBB ...

您好，真不好意思，您的回复我没有看懂，您提到的TD integration是什么啊？也能用来计算solvation energy吗？您这里的input block是指的输入文件CONFIG吗？？谢谢
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9楼2011-02-15 16:53:15
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meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴｜一只蘑菇
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ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-02-16 13:07:50
TD= thermodynamic

具体是哪个记不太清楚了，manual里有例子，在manual里搜索thermodynamic integration就行
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10楼2011-02-15 18:33:49
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