| 查看: 3331 | 回复: 15 | ||
gaofenglili银虫 (小有名气)
|
[求助]
新手请教用NEB方法计算energy barrier.
|
|
想用NEB方法算体系的energy barrier, 请教各位大侠： 1. 我用nebmake.pl脚本产生中间状态的Image, 但是结构优化后都变成了几乎同一种最终结构，好像中间插入的各个结构之间没有相互作用和约束一样，得不知道是怎么回事，我的INCAR如下，请不吝指教： PREC = Mediate ENCUT = 500 EDIFF = 1E-5 EDIFFG = -0.05 ISMEAR = 0 SIGMA = 0.1 ISPIN = 2 LPLANE = .True. LWAVE = .False. LCHARG = .False. NPAR = 4 LSCALU = .False. ICHAIN = 0 IMAGES = 6 LCLIMB= .TRUE SPRING = -5.0 IBRION = 2 NSW = 500 POTIM = 0.1 NSIM = 4 ALGO = Fast LREAL = Auto 另外我的POSCAR1和POSCAR2中都写了selective dynamics, 然后让原子可移动，这样对吗？ 2. 对于初始结构应该单独进行计算吗？ 3. 我计算的体系是一个H原子从无限远接近吸附在表面的一个O，然后形成OH后又远离表面，这好像是两个过程啊，这种情况直接给出初态和末态位置用NEB方法计算好像不合理啊，是不是应该分两个过程算呢？ 谢谢了！  |
回复此楼» 猜你喜欢
化工专硕342，一志愿大连理工大学，求调剂
已经有4人回复
-
0856化工专硕求调剂
已经有8人回复
-
材料学硕318求调剂
已经有10人回复
-
0805总分292，求调剂
已经有4人回复
-
285求调剂
已经有8人回复
-
刚录用，没有期刊号，但是在线可看的论文可以放为代表作吗
已经有3人回复
-
0856求调剂285
已经有7人回复
-
313求调剂
已经有3人回复
-
材料化工调剂
已经有10人回复
-
295求调剂
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- castep计算完能带之后如何挑选有用的数据画出清晰的能带图
已经有16人回复
- 请教FT-IR测试硅薄膜数据中基线处理的问题
已经有6人回复
- 反转录之后PCR扩增片段问题的请教，急急急
已经有5人回复
- 请教NEB收敛判据中能量的设置
已经有6人回复
- 【求助】请教CNEB
已经有15人回复
- 【求助】有人用dl_poly计算过solvation free energy吗？请教几个问题。。
已经有10人回复
- 【文献学习】JACS上一篇纯DFT计算的文献： CI-NEB计算，Leuwdin布局分析，态密度分析
已经有30人回复
- 【其他】vasp neb 计算讨论
已经有20人回复
- 【求助成功】NEB计算的一个stdout输出怎么解读?
已经有6人回复
- 【求助成功】怎么样提高NEB计算速度?
已经有19人回复
- 【求助/交流】请教NEB的pmeI的酶切体系
已经有7人回复
likai0106
金虫 (小有名气)
- 1ST强帖: 2
- 应助: 38 (小学生)
- 金币: 1352.4
- 帖子: 233
- 在线: 68.5小时
- 虫号: 634278
- 注册: 2008-10-23
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
2楼2011-12-09 08:12:02
gaofenglili
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 126
- 散金: 8
- 红花: 1
- 帖子: 295
- 在线: 18小时
- 虫号: 307162
- 注册: 2006-12-16
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
3楼2011-12-10 00:00:31
gaofenglili
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 126
- 散金: 8
- 红花: 1
- 帖子: 295
- 在线: 18小时
- 虫号: 307162
- 注册: 2006-12-16
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
4楼2011-12-10 03:58:04
likai0106
金虫 (小有名气)
- 1ST强帖: 2
- 应助: 38 (小学生)
- 金币: 1352.4
- 帖子: 233
- 在线: 68.5小时
- 虫号: 634278
- 注册: 2008-10-23
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
★
贺仪(金币+1): 多谢你的热心帮助 2011-12-14 09:37:08
贺仪(金币+1): 多谢你的热心帮助 2011-12-14 09:37:08
|
不好意思，我可能理解错误了。我认为你的过程应该是两个，H吸附形成OH是一个，OH脱离又是一个，分开做就好了。如果你有催化剂的话必须考虑到H的物理吸附和O成键的过程，所以在催化剂下可能就是三个了，第一个是H吸附，之后H和O成键形成OH。最后OH脱离。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
gaofenglili5楼2011-12-10 09:16:19
gaofenglili
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 126
- 散金: 8
- 红花: 1
- 帖子: 295
- 在线: 18小时
- 虫号: 307162
- 注册: 2006-12-16
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
6楼2011-12-11 11:15:29
likai0106
金虫 (小有名气)
- 1ST强帖: 2
- 应助: 38 (小学生)
- 金币: 1352.4
- 帖子: 233
- 在线: 68.5小时
- 虫号: 634278
- 注册: 2008-10-23
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
★ ★
franch(金币+2): 鼓励交流 2011-12-13 09:47:20
franch(金币+2): 鼓励交流 2011-12-13 09:47:20
|
中间态自己估测一定要有依据不能乱选结构，中间态我个人认为一般都是一种稳态所以中间态你要拿出来自己去单独优化，vasp会找到其比较稳定的结构的。由于中间态的情况比较多，所以最后你也能给出很多路径，但是路径之间一定有一个最低的能垒的路径，那个基本可以认为就是反应的最佳路径了。 这样做应该可以的，一般你算出来的反应路径一定不只是一个，因为中间态存在一定排列组合的问题。对于所有的可能性进行分析才是最全面的。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
7楼2011-12-12 08:27:44
wyf198166
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 19322.9
- 红花: 4
- 帖子: 1403
- 在线: 47.1小时
- 虫号: 1481340
- 注册: 2011-11-07
- 性别: GG
- 专业: 金属结构材料
★ ★
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-12-13 09:47:23
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-12-13 09:47:23
| 如果路径你知道的话，不需用分几步做，把中间的IMAGES多设几个，只要找到鞍点就可以了，但如果对称性不高，路径不清楚的话，建议使用CLNEB，你这个INCAR的参数也是写的CLNEB的，而你上面却写着NEB计算，都不知道你到底用的那个？而且我同意楼上的说法，你这个吸氧过程说不定是个稳态，NEB主要是研究非稳态的，你这个首先最好先验证下。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
8楼2011-12-12 10:49:17
gaofenglili
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 126
- 散金: 8
- 红花: 1
- 帖子: 295
- 在线: 18小时
- 虫号: 307162
- 注册: 2006-12-16
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
9楼2011-12-13 23:59:47
gaofenglili
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 126
- 散金: 8
- 红花: 1
- 帖子: 295
- 在线: 18小时
- 虫号: 307162
- 注册: 2006-12-16
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
10楼2011-12-14 00:08:14
10
