应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 新手请教用NEB方法计算energy barrier.
51/1返回列表
查看: 3154  |  回复: 15
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

gaofenglili

银虫 (小有名气)

[求助] 新手请教用NEB方法计算energy barrier.

想用NEB方法算体系的energy barrier, 请教各位大侠：

1. 我用nebmake.pl脚本产生中间状态的Image, 但是结构优化后都变成了几乎同一种最终结构，好像中间插入的各个结构之间没有相互作用和约束一样，得不知道是怎么回事，我的INCAR如下，请不吝指教：

PREC    = Mediate

ENCUT   = 500
EDIFF   = 1E-5
EDIFFG  = -0.05
ISMEAR  = 0
SIGMA   = 0.1
ISPIN   = 2

LPLANE  = .True.
LWAVE   = .False.
LCHARG  = .False.
NPAR    = 4
LSCALU  = .False.

ICHAIN = 0
IMAGES = 6
LCLIMB= .TRUE
SPRING = -5.0

IBRION  = 2
NSW     = 500
POTIM = 0.1

NSIM    = 4
ALGO    = Fast
LREAL   = Auto

另外我的POSCAR1和POSCAR2中都写了selective dynamics, 然后让原子可移动，这样对吗？

2. 对于初始结构应该单独进行计算吗？

3. 我计算的体系是一个H原子从无限远接近吸附在表面的一个O，然后形成OH后又远离表面，这好像是两个过程啊，这种情况直接给出初态和末态位置用NEB方法计算好像不合理啊，是不是应该分两个过程算呢？


谢谢了！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2011-12-09 06:30:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaofenglili

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by likai0106 at 2011-12-10 09:16:19:
不好意思，我可能理解错误了。我认为你的过程应该是两个，H吸附形成OH是一个，OH脱离又是一个，分开做就好了。如果你有催化剂的话必须考虑到H的物理吸附和O成键的过程，所以在催化剂下可能就是三个了，第一个是H ...

您好，谢谢您的指导！

我也觉得应该分成两个过程来考虑，但是中间状态不太好定啊，自己估计一个吗？另外用NEB计算的时候初始输入的POSCAR1和POSCAR2也都要让原子移动吗？

我还想请教一个问题：假如结构优化发现反应不能进行，而我强行让其发生反应，即强行设置初态和末态，然后用NEB计算其barrier，可以吗？

谢谢您了！
赞一下 回复此楼
6楼2011-12-11 11:15:29
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

likai0106

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-12-09 23:08:54
gaofenglili(金币+10): 2011-12-09 23:51:23
引用回帖:
1楼: Originally posted by gaofenglili at 2011-12-09 06:30:43:
想用NEB方法算体系的energy barrier, 请教各位大侠：

1. 我用nebmake.pl脚本产生中间状态的Image, 但是结构优化后都变成了几乎同一种最终结构，好像中间插入的各个结构之间没有相互作用和约束一样，得不知道是 ...

对于产生的images不要单独优化，过渡态找的能量极大值点，而不是极小值点，你单独优化出来的是极小值点，要放到整体效果里去算才有意义。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-12-09 08:12:02
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaofenglili

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by likai0106 at 2011-12-09 08:12:02:
对于产生的images不要单独优化，过渡态找的能量极大值点，而不是极小值点，你单独优化出来的是极小值点，要放到整体效果里去算才有意义。

您好！

我没有单独结构优化啊，就是直接用NEB方法一块算的啊，结果好像所有结构都优化到一块去了。

我只是想用这个方法得到energy barrier, 不知道哪里出了问题，还请指教啊！
赞一下 回复此楼
3楼2011-12-10 00:00:31
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

likai0106

金虫 (小有名气)
★
贺仪(金币+1): 多谢你的热心帮助 2011-12-14 09:37:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by gaofenglili at 2011-12-10 00:00:31:
您好！

我没有单独结构优化啊，就是直接用NEB方法一块算的啊，结果好像所有结构都优化到一块去了。

我只是想用这个方法得到energy barrier, 不知道哪里出了问题，还请指教啊！

不好意思，我可能理解错误了。我认为你的过程应该是两个，H吸附形成OH是一个，OH脱离又是一个，分开做就好了。如果你有催化剂的话必须考虑到H的物理吸附和O成键的过程，所以在催化剂下可能就是三个了，第一个是H吸附，之后H和O成键形成OH。最后OH脱离。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

gaofenglili
5楼2011-12-10 09:16:19
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭