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gaofenglili

银虫 (小有名气)

[求助] 新手请教用NEB方法计算energy barrier.

想用NEB方法算体系的energy barrier, 请教各位大侠:

1. 我用nebmake.pl脚本产生中间状态的Image, 但是结构优化后都变成了几乎同一种最终结构,好像中间插入的各个结构之间没有相互作用和约束一样,得不知道是怎么回事,我的INCAR如下,请不吝指教:

PREC    = Mediate

ENCUT   = 500
EDIFF   = 1E-5
EDIFFG  = -0.05
ISMEAR  = 0
SIGMA   = 0.1
ISPIN   = 2

LPLANE  = .True.
LWAVE   = .False.
LCHARG  = .False.
NPAR    = 4
LSCALU  = .False.

ICHAIN = 0
IMAGES = 6
LCLIMB= .TRUE
SPRING = -5.0

IBRION  = 2
NSW     = 500
POTIM = 0.1

NSIM    = 4
ALGO    = Fast
LREAL   = Auto

另外我的POSCAR1和POSCAR2中都写了selective dynamics, 然后让原子可移动,这样对吗?

2. 对于初始结构应该单独进行计算吗?

3. 我计算的体系是一个H原子从无限远接近吸附在表面的一个O,然后形成OH后又远离表面,这好像是两个过程啊,这种情况直接给出初态和末态位置用NEB方法计算好像不合理啊,是不是应该分两个过程算呢?


谢谢了!
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wyf198166

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-12-13 09:47:23
如果路径你知道的话,不需用分几步做,把中间的IMAGES多设几个,只要找到鞍点就可以了,但如果对称性不高,路径不清楚的话,建议使用CLNEB,你这个INCAR的参数也是写的CLNEB的,而你上面却写着NEB计算,都不知道你到底用的那个?而且我同意楼上的说法,你这个吸氧过程说不定是个稳态,NEB主要是研究非稳态的,你这个首先最好先验证下。

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vasp第一性原理研究方向
8楼2011-12-12 10:49:17
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likai0106

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-12-09 23:08:54
gaofenglili(金币+10): 2011-12-09 23:51:23
引用回帖:
1楼: Originally posted by gaofenglili at 2011-12-09 06:30:43:
想用NEB方法算体系的energy barrier, 请教各位大侠:

1. 我用nebmake.pl脚本产生中间状态的Image, 但是结构优化后都变成了几乎同一种最终结构,好像中间插入的各个结构之间没有相互作用和约束一样,得不知道是 ...

对于产生的images不要单独优化,过渡态找的能量极大值点,而不是极小值点,你单独优化出来的是极小值点,要放到整体效果里去算才有意义。
2楼2011-12-09 08:12:02
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gaofenglili

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by likai0106 at 2011-12-09 08:12:02:
对于产生的images不要单独优化,过渡态找的能量极大值点,而不是极小值点,你单独优化出来的是极小值点,要放到整体效果里去算才有意义。

您好!

我没有单独结构优化啊,就是直接用NEB方法一块算的啊,结果好像所有结构都优化到一块去了。

我只是想用这个方法得到energy barrier, 不知道哪里出了问题,还请指教啊!
3楼2011-12-10 00:00:31
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likai0106

金虫 (小有名气)


贺仪(金币+1): 多谢你的热心帮助 2011-12-14 09:37:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by gaofenglili at 2011-12-10 00:00:31:
您好!

我没有单独结构优化啊,就是直接用NEB方法一块算的啊,结果好像所有结构都优化到一块去了。

我只是想用这个方法得到energy barrier, 不知道哪里出了问题,还请指教啊!

不好意思,我可能理解错误了。我认为你的过程应该是两个,H吸附形成OH是一个,OH脱离又是一个,分开做就好了。如果你有催化剂的话必须考虑到H的物理吸附和O成键的过程,所以在催化剂下可能就是三个了,第一个是H吸附,之后H和O成键形成OH。最后OH脱离。

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5楼2011-12-10 09:16:19
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