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gaofenglili

银虫 (小有名气)

[求助] 新手请教用NEB方法计算energy barrier.

想用NEB方法算体系的energy barrier, 请教各位大侠:

1. 我用nebmake.pl脚本产生中间状态的Image, 但是结构优化后都变成了几乎同一种最终结构,好像中间插入的各个结构之间没有相互作用和约束一样,得不知道是怎么回事,我的INCAR如下,请不吝指教:

PREC    = Mediate

ENCUT   = 500
EDIFF   = 1E-5
EDIFFG  = -0.05
ISMEAR  = 0
SIGMA   = 0.1
ISPIN   = 2

LPLANE  = .True.
LWAVE   = .False.
LCHARG  = .False.
NPAR    = 4
LSCALU  = .False.

ICHAIN = 0
IMAGES = 6
LCLIMB= .TRUE
SPRING = -5.0

IBRION  = 2
NSW     = 500
POTIM = 0.1

NSIM    = 4
ALGO    = Fast
LREAL   = Auto

另外我的POSCAR1和POSCAR2中都写了selective dynamics, 然后让原子可移动,这样对吗?

2. 对于初始结构应该单独进行计算吗?

3. 我计算的体系是一个H原子从无限远接近吸附在表面的一个O,然后形成OH后又远离表面,这好像是两个过程啊,这种情况直接给出初态和末态位置用NEB方法计算好像不合理啊,是不是应该分两个过程算呢?


谢谢了!
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gaofenglili

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by likai0106 at 2011-12-09 08:12:02:
对于产生的images不要单独优化,过渡态找的能量极大值点,而不是极小值点,你单独优化出来的是极小值点,要放到整体效果里去算才有意义。

您好!

我没有单独结构优化啊,就是直接用NEB方法一块算的啊,结果好像所有结构都优化到一块去了。

我只是想用这个方法得到energy barrier, 不知道哪里出了问题,还请指教啊!
3楼2011-12-10 00:00:31
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likai0106

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-12-09 23:08:54
gaofenglili(金币+10): 2011-12-09 23:51:23
引用回帖:
1楼: Originally posted by gaofenglili at 2011-12-09 06:30:43:
想用NEB方法算体系的energy barrier, 请教各位大侠:

1. 我用nebmake.pl脚本产生中间状态的Image, 但是结构优化后都变成了几乎同一种最终结构,好像中间插入的各个结构之间没有相互作用和约束一样,得不知道是 ...

对于产生的images不要单独优化,过渡态找的能量极大值点,而不是极小值点,你单独优化出来的是极小值点,要放到整体效果里去算才有意义。
2楼2011-12-09 08:12:02
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likai0106

金虫 (小有名气)


贺仪(金币+1): 多谢你的热心帮助 2011-12-14 09:37:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by gaofenglili at 2011-12-10 00:00:31:
您好!

我没有单独结构优化啊,就是直接用NEB方法一块算的啊,结果好像所有结构都优化到一块去了。

我只是想用这个方法得到energy barrier, 不知道哪里出了问题,还请指教啊!

不好意思,我可能理解错误了。我认为你的过程应该是两个,H吸附形成OH是一个,OH脱离又是一个,分开做就好了。如果你有催化剂的话必须考虑到H的物理吸附和O成键的过程,所以在催化剂下可能就是三个了,第一个是H吸附,之后H和O成键形成OH。最后OH脱离。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2011-12-10 09:16:19
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gaofenglili

银虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by likai0106 at 2011-12-10 09:16:19:
不好意思,我可能理解错误了。我认为你的过程应该是两个,H吸附形成OH是一个,OH脱离又是一个,分开做就好了。如果你有催化剂的话必须考虑到H的物理吸附和O成键的过程,所以在催化剂下可能就是三个了,第一个是H ...

您好,谢谢您的指导!

我也觉得应该分成两个过程来考虑,但是中间状态不太好定啊,自己估计一个吗?另外用NEB计算的时候初始输入的POSCAR1和POSCAR2也都要让原子移动吗?

我还想请教一个问题:假如结构优化发现反应不能进行,而我强行让其发生反应,即强行设置初态和末态,然后用NEB计算其barrier,可以吗?

谢谢您了!
6楼2011-12-11 11:15:29
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