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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 新手请教用NEB方法计算energy barrier.
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gaofenglili

银虫 (小有名气)

[求助] 新手请教用NEB方法计算energy barrier.

想用NEB方法算体系的energy barrier, 请教各位大侠：

1. 我用nebmake.pl脚本产生中间状态的Image, 但是结构优化后都变成了几乎同一种最终结构，好像中间插入的各个结构之间没有相互作用和约束一样，得不知道是怎么回事，我的INCAR如下，请不吝指教：

PREC    = Mediate

ENCUT   = 500
EDIFF   = 1E-5
EDIFFG  = -0.05
ISMEAR  = 0
SIGMA   = 0.1
ISPIN   = 2

LPLANE  = .True.
LWAVE   = .False.
LCHARG  = .False.
NPAR    = 4
LSCALU  = .False.

ICHAIN = 0
IMAGES = 6
LCLIMB= .TRUE
SPRING = -5.0

IBRION  = 2
NSW     = 500
POTIM = 0.1

NSIM    = 4
ALGO    = Fast
LREAL   = Auto

另外我的POSCAR1和POSCAR2中都写了selective dynamics, 然后让原子可移动，这样对吗？

2. 对于初始结构应该单独进行计算吗？

3. 我计算的体系是一个H原子从无限远接近吸附在表面的一个O，然后形成OH后又远离表面，这好像是两个过程啊，这种情况直接给出初态和末态位置用NEB方法计算好像不合理啊，是不是应该分两个过程算呢？


谢谢了！
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1楼2011-12-09 06:30:43
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gaofenglili

银虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by likai0106 at 2011-12-12 08:27:44:
中间态自己估测一定要有依据不能乱选结构，中间态我个人认为一般都是一种稳态所以中间态你要拿出来自己去单独优化，vasp会找到其比较稳定的结构的。由于中间态的情况比较多，所以最后你也能给出很多路径，但是路 ...

谢谢您！

就是不知道中间态啊，一优化就变成末态了,这种情况怎么办呢?
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11楼2011-12-14 00:09:57
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likai0106

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-12-09 23:08:54
gaofenglili(金币+10): 2011-12-09 23:51:23
引用回帖:
1楼: Originally posted by gaofenglili at 2011-12-09 06:30:43:
想用NEB方法算体系的energy barrier, 请教各位大侠：

1. 我用nebmake.pl脚本产生中间状态的Image, 但是结构优化后都变成了几乎同一种最终结构，好像中间插入的各个结构之间没有相互作用和约束一样，得不知道是 ...

对于产生的images不要单独优化，过渡态找的能量极大值点，而不是极小值点，你单独优化出来的是极小值点，要放到整体效果里去算才有意义。
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2楼2011-12-09 08:12:02
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gaofenglili

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by likai0106 at 2011-12-09 08:12:02:
对于产生的images不要单独优化，过渡态找的能量极大值点，而不是极小值点，你单独优化出来的是极小值点，要放到整体效果里去算才有意义。

您好！

我没有单独结构优化啊，就是直接用NEB方法一块算的啊，结果好像所有结构都优化到一块去了。

我只是想用这个方法得到energy barrier, 不知道哪里出了问题，还请指教啊！
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3楼2011-12-10 00:00:31
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likai0106

金虫 (小有名气)
★
贺仪(金币+1): 多谢你的热心帮助 2011-12-14 09:37:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by gaofenglili at 2011-12-10 00:00:31:
您好！

我没有单独结构优化啊，就是直接用NEB方法一块算的啊，结果好像所有结构都优化到一块去了。

我只是想用这个方法得到energy barrier, 不知道哪里出了问题，还请指教啊！

不好意思，我可能理解错误了。我认为你的过程应该是两个，H吸附形成OH是一个，OH脱离又是一个，分开做就好了。如果你有催化剂的话必须考虑到H的物理吸附和O成键的过程，所以在催化剂下可能就是三个了，第一个是H吸附，之后H和O成键形成OH。最后OH脱离。
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gaofenglili
5楼2011-12-10 09:16:19
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