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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助成功】NEB计算的一个stdout输出怎么解读?
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cenwanglai

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[交流] 【求助成功】NEB计算的一个stdout输出怎么解读?已有3人参与

放假前一天把vststool Code和vasp4.6一起编译了.在两个端点中间插入3个images.下面是中间02文件夹中的stdout,OSZICAR及INCAR.希望得到帮助.
问题:
(1)stdout中第一步后能量收敛就很快(很快到1E-7),说明什么?后面的quench提示是什么意思?
(2)OSZICAR中电子步中能量是-400多,结果出来F=-1400多.这个是输出错误吧?stdout中的离子步能量也是这样的.是不vststool与vasp编译的问题?OUTCAR中每离子步的能量与电子步收敛后的能量是相符的.
stdout:

vasp.4.6.28 25Jul05 complex
02/POSCAR found :  2 types and   55 ions
LDA part: xc-table for Ceperly-Alder, Vosko type interpolation para-ferro
00/POSCAR found :  2 types and   55 ions
04/POSCAR found :  2 types and   55 ions
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: wrap around errors must be expected
FFT: planning ...           9
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1     0.554736476659E+04    0.55474E+04   -0.18260E+05  3200   0.138E+03
DAV:   2     0.154389023593E+04   -0.40035E+04   -0.37247E+04  3860   0.348E+02
..............................................................................................................
RMM:  31    -0.467372515298E+03   -0.41006E-03   -0.26808E-04  2111   0.242E-02    0.431E-02
RMM:  32    -0.467372569584E+03   -0.54286E-04   -0.10334E-04  1827   0.215E-02
   1 F= -.14034855E+04 E0= -.14032665E+04  d E =-.140349E+04
quench:  g(F)=  0.000E+00 g(S)=  0.000E+00 dE (1.order)= 0.000E+00
bond charge predicted
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1    -0.467372620179E+03   -0.46737E+03   -0.14539E-04  2198   0.171E-02    0.109E-02
RMM:   2    -0.467372627169E+03   0.69903E-05   -0.48155E-05 1624   0.143E-02    0.168E-02
RMM:   3    -0.467372628565E+03   -0.13963E-05   -0.16158E-05  1509   0.936E-03    0.156E-02
RMM:   4    -0.467372628187E+03    0.37851E-06   -0.53661E-06  1176   0.382E-03    0.389E-03
RMM:   5    -0.467372628897E+03   -0.71051E-06   -0.92475E-07   750   0.114E-03
2 F= -.14034856E+04 E0= -.14032666E+04  d E =-.140349E+04
quench:  g(F)=  0.000E+00 g(S)=  0.000E+00 dE (1.order)= 0.000E+00
bond charge predicted

OSZICAR:

       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1     0.554736476659E+04    0.55474E+04   -0.18260E+05  3200   0.138E+03
DAV:   2     0.154389023593E+04   -0.40035E+04   -0.37247E+04  3860   0.348E+02
DAV:   3    -0.316744761608E+03   -0.18606E+04   -0.18065E+04  4256   0.194E+02
.............................................................................................
RMM:  30    -0.467372105235E+03   -0.17295E-02   -0.16898E-03  2655   0.635E-02    0.330E-02
RMM:  31    -0.467372515298E+03   -0.41006E-03   -0.26808E-04  2111   0.242E-02    0.431E-02
RMM:  32    -0.467372569584E+03   -0.54286E-04   -0.10334E-04  1827   0.215E-02
   1 F= -.14034855E+04 E0= -.14032665E+04  d E =-.140349E+04
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1    -0.467372620179E+03   -0.46737E+03   -0.14539E-04  2198   0.171E-02    0.109E-02
RMM:   2    -0.467372627169E+03   -0.69903E-05   -0.48155E-05  1624   0.143E-02    0.168E-02
RMM:   3    -0.467372628565E+03   -0.13963E-05   -0.16158E-05  1509   0.936E-03    0.156E-02
RMM:   4    -0.467372628187E+03    0.37851E-06   -0.53661E-06  1176   0.382E-03    0.389E-03
RMM:   5    -0.467372628897E+03   -0.71051E-06   -0.92475E-07   750   0.114E-03
   2 F= -.14034856E+04 E0= -.14032666E+04  d E =-.140349E+04
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1    -0.467372629463E+03   -0.46737E+03   -0.17888E-06  2112   0.391E-03    0.181E-03
RMM:   2    -0.467372629846E+03   -0.38340E-06   -0.27115E-09   505   0.434E-06    0.261E-03
RMM:   3    -0.467372629831E+03    0.14523E-07    0.00000E+00   504   0.000E+00    0.131E-03
RMM:   4    -0.467372629813E+03    0.18692E-07   -0.28324E-09   505   0.402E-06    0.181E-03
RMM:   5    -0.467372629420E+03    0.39265E-06   -0.48393E-07   635   0.531E-04
   3 F= -.14034856E+04 E0= -.14032665E+04  d E =-.140349E+04

INCAR:

ENCUT = 480
ISTART= 0 ;ICHARG= 2
NPAR = 2
NELMIN = 5
EDIFF = 1E-4
EDIFFG = -0.05
LREAL = Auto
NSW = 60
ALGO = Fast
LPLANE = .TRUE.
NSIM = 4
GGA = 91
POTIM = 0.0
ICHAIN = 0
LCLIMB = .TRUE.
LGLOBAL = .TRUE.
MAXMOVE = 0.2
INVCURV = 0.01
IMAGES = 3
SPRING = -5
IBRION = 3
ISMEAR=0
VOSKOWN=1
#PREC=Accurate

[ Last edited by cenwanglai on 2010-7-1 at 20:45 ]
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1楼2010-06-17 09:29:07
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gump_813276

铜虫 (小有名气)
cenwanglai(金币+6):谢谢.汗!都没检查出来少了IOPT. 2010-06-17 14:18:40
要加IOPT=1 不加的话就没优化了 qench是指IBRION=3的关系 没事的
那个输出问题不知道怎么回事
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2楼2010-06-17 12:31:31
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

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引用回帖:
Originally posted by gump_813276 at 2010-06-17 12:31:31:
要加IOPT=1 不加的话就没优化了 qench是指IBRION=3的关系 没事的
那个输出问题不知道怎么回事

请问OUTCAR文件中:

(1)POSITION          TOTAL-FORCE
这个是每个原子的坐标及受力.对于非端点的image,所考察的移动原子在不同image中受力是不受EDIFFG=-xE-y(如-1E-2)约束的吧?根据NEB的原理,垂直与chain方向受力应该->0,但是沿着chain方向是受力的.请问EDIFFG对哪些力有约束呢?

(2)TANGET          CHAIN-FORCE
跟(1)有对应的六个数,表示什么意思呢?分别表示切向受力和垂直与CHAIN方向受力?

(3)前两着之间有如下信息:
energy of chain is (eV)  0.0000 for this image  0.000000
tangential force (eV/A)  -2.644444
left and right image  0.6379  0.6379 A
这行说明中的文字部分是什么意思?数字表示什么物理意义?
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3楼2010-06-17 14:35:54
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gump_813276

铜虫 (小有名气)
★ ★
hedaors(金币+2):谢谢回复 2010-06-17 23:21:13
cenwanglai(金币+6):呵呵,谢谢回复! 2010-06-18 08:42:12
cenwanglai(金币+1):呵呵,有空请看看下面一条. 2010-06-18 09:52:40
(1)EDIFFG应该是垂直方向上的力的收敛条件
(2)这个部分我算的输出和你的有点不一样 可能是版本更新了吧
     前三个数应该是TANGENT方向 CHAIN-FORCE不知道具体指什么
(3) 我也没看到这部分输出
      energy of chain 不知道什么东西 而且是0 有点奇怪
      tangential force就是切向力
      left and right image是和旁边image的距离 这个距离应该差不多等距 不过climbing image两边是不等距离的


另外, 你可以在网页上下载vtstscripts里面有nebef.pl这个script 可以直接输出每个image上的力和能量
这个力就是收敛标准所用的力。 里面还有很多和neb相关的script
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4楼2010-06-17 23:18:36
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
算过度态,怎么选择固定原子呢?比如可不可以把slab全部固定,只留考察的目标移动原子?
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5楼2010-06-18 09:51:58
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gump_813276

铜虫 (小有名气)
★
cenwanglai(金币+5):呵呵，我另外有个Au吸附O胡帖子，还没有人回复。 2010-06-18 10:51:37
zzy870720z(金币+1):感谢交流 2010-06-18 11:23:37
可以啊 不过rigid的slab算出的能类不准
方法就是selective dynamics 不动的就F F F
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6楼2010-06-18 10:48:59
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by cenwanglai at 2010-06-17 14:35:54
请问OUTCAR文件中:

(1)POSITION          TOTAL-FORCE
这个是每个原子的坐标及受力.对于非端点的image,所考察的移动原子在不同image中受力是不受EDIFFG=-xE-y(如-1E-2)约束的吧?根据NEB的原理,垂直与chain ...

请问区长，关于这个问题
>energy of chain is (eV)  0.0000 for this image  0.000000
tangential force (eV/A)  -2.644444
left and right image  0.6379  0.6379 A
这行说明中的文字部分是什么意思?数字表示什么物理意义?
>>您现在知道什么意思不？
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慢慢的思考。。。
7楼2014-04-04 09:03:08
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