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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp NEB 如何选取原胞大小 ？
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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)

[求助] vasp NEB 如何选取原胞大小 ？

如题，想做一个体系两种结构 A B 之间的过渡态情况。A B 两个体系最小原胞是6个原子，自己做了测试：
将最小原胞设置成过渡态搜索的初始和终态，得到一种过渡态。
然后，将A B 都扩展成18个原子的体系，得到另一个过渡态。
问题：这两种过渡态得到的趋势和过渡态结构都不一样，为什么？自己的想法，想是不是体系初始结构的大小，会严重影响过渡态的计算 ？对于过渡态计算，体系应该选多大合适些 ？
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1楼 2011-06-15 10:45:18
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胡同学

金虫 (正式写手)
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人生苦短，抓紧科研，抓紧找对象。
2楼2011-06-15 12:10:26
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

叶落鹰飞

【答案】应助回帖

★
fangyongxinxi(金币+2): 2011-06-15 13:54:43
gzqdyouxia(金币+1): 谢谢交流 2011-06-17 09:29:36
主要是因为你6个原子和18个原子的原子对应方式不同，这样可能导致了不同的相变路径。 自然可能得到两个过渡态。
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真理是一点点接近的！
3楼2011-06-15 13:22:12
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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by gavinliu7390 at 2011-06-15 13:22:12:
主要是因为你6个原子和18个原子的原子对应方式不同，这样可能导致了不同的相变路径。 自然可能得到两个过渡态。

对应方式不同，
你指的是初始和终态，两个构型原子的对应方式不一样吗 ？
即：小体系中 a1-b1,a2-b ,a3-b3,a4-b4,a5-b5,a6-b6;
但在大体系中：a1-b2, a2-b1,(其余部分对应正确)..........

我仔细看了两个体系原子的对应方式，都一样。
所以上面说的那种情况不存在。

另外，大家做NEB选取原胞一般多大 ？
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4楼2011-06-15 13:34:11
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
fangyongxinxi(金币+5): 2011-06-15 13:51:32
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢指教 2011-06-17 09:29:52
你确定你两个系统的初始路径相同吗？如果相同的话，说明18个原子的体系相变过程中有对称性破坏，中间态不能用6个原子来表达，那么应该是18个原子的原子势垒要小于6个原子的。应该以18个原子的为准。不过这种情况在NEB体系里面很少见。我很怀疑你是否效验了初始路径，用的image过少或者最后没收敛。
另外提醒你一点，你用的是vtst的code吗？那个code是算分子体系，溶液或者是表面吸附体系的。不能算晶体相变的。除非你的初态和末态的元胞一模一样。他要求元胞必须是个不变的框框。见下面的链接。not yet availble for public use。不过这个yet已经好久了。
http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/neb/
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5楼2011-06-15 13:38:50
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

fangyongxinxi(金币+1): 2011-06-15 13:54:58
引用回帖:
Originally posted by fangyongxinxi at 2011-06-15 13:34:11:
对应方式不同，
你指的是初始和终态，两个构型原子的对应方式不一样吗 ？
即：小体系中 a1-b1,a2-b ,a3-b3,a4-b4,a5-b5,a6-b6;
但在大体系中：a1-b2, a2-b1,(其余部分对应正确)..........

我仔细看了两个 ...

大体系和小体系有一个原子错位的话，路径不一样就很正常了
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6楼2011-06-15 13:41:33
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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by gavinliu7390 at 2011-06-15 13:22:12:
主要是因为你6个原子和18个原子的原子对应方式不同，这样可能导致了不同的相变路径。 自然可能得到两个过渡态。

可能你说的是对的，我仔细看了类似体系大原胞初始和终态的POSCAR文件，发现里面有这样的情况：
初始：
Direct
  0.0000000000000000  0.7500000000000000  0.2500000000000000
  0.5000000000000000  0.7500000000000000  0.2500000000000000
0.0000000000000000  0.2500000000000000  0.7500000000000000
  0.5000000000000000  0.2500000000000000  0.7500000000000000
  0.2500000000000000  0.2500000000000000  0.2500000000000000
  0.7500000000000000  0.2500000000000000  0.2500000000000000
  0.2500000000000000  0.7500000000000000  0.7500000000000000
  0.7500000000000000  0.7500000000000000  0.7500000000000000
终态：
Direct
  0.0427919664457328  0.6726506146310324  0.2500000000000000
  0.5427919664457328  0.6726506146310324  0.2500000000000000
  0.4572080335542673  0.3273493853689677  0.7500000000000000
  0.9572080335542672  0.3273493853689677  0.7500000000000000
  0.1790221628519589  0.2141590376332636  0.2500000000000000
  0.6790221628519589  0.2141590376332636  0.2500000000000000
  0.3209778371480411  0.7858409623667364  0.7500000000000000
  0.8209778371480411  0.7858409623667364  0.7500000000000000

是不是这样的对应方式不行 ？
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7楼2011-06-15 13:44:52
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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)
小体系的 初始和终态的POSCAR如下：（大体系的POSCAR,为在小体系的构型上在 a 方向扩大2倍，同时将相应原子坐标做变换（不知道里面有错没有））
初始
Direct
0    0.75    0.25
0    0.25    0.75
0.5  0.25    0.25
0.5  0.75    0.75
终态
Direct
0.086    0.673    0.25
0.914    0.327    0.75
0.358  0.214    0.25
0.642  0.786    0.75

大体系（扩大2倍后）
初始：
Direct
  0.0000000000000000  0.7500000000000000  0.2500000000000000
  0.5000000000000000  0.7500000000000000  0.2500000000000000
0.0000000000000000  0.2500000000000000  0.7500000000000000
  0.5000000000000000  0.2500000000000000  0.7500000000000000
  0.2500000000000000  0.2500000000000000  0.2500000000000000
  0.7500000000000000  0.2500000000000000  0.2500000000000000
  0.2500000000000000  0.7500000000000000  0.7500000000000000
  0.7500000000000000  0.7500000000000000  0.7500000000000000
终态：

Direct
  0.0427919664457328  0.6726506146310324  0.2500000000000000
  0.5427919664457328  0.6726506146310324  0.2500000000000000
  0.4572080335542673  0.3273493853689677  0.7500000000000000
  0.9572080335542672  0.3273493853689677  0.7500000000000000
  0.1790221628519589  0.2141590376332636  0.2500000000000000
  0.6790221628519589  0.2141590376332636  0.2500000000000000
  0.3209778371480411  0.7858409623667364  0.7500000000000000
  0.8209778371480411  0.7858409623667364  0.7500000000000000


so， 高手看看，问题出在哪里。
非常感谢。
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8楼2011-06-15 13:49:58
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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by dxcharlary at 2011-06-15 13:38:50:
你确定你两个系统的初始路径相同吗？如果相同的话，说明18个原子的体系相变过程中有对称性破坏，中间态不能用6个原子来表达，那么应该是18个原子的原子势垒要小于6个原子的。应该以18个原子的为准。不过这种情况在 ...

谢谢，麻烦再看看后面我的回复。
另外，自己用的是 nebmaker.perl 来生成的NEB中间点。
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9楼2011-06-15 13:52:55
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

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★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-06-16 09:46:59
fangyongxinxi(金币+2): 2011-06-16 20:31:37
小体系里面终态第二个原子应该写0.914-1，大体系的23行显然反了，而且同小体系0.9那个要减1。
初始路径非常重要，一定要仔细核对。另外可以用nebmovie.pl生成路径，然后用xcrysden观察。
另外我很好奇，你做的是个什么东西？方便透露一起讨论吗？
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10楼2011-06-15 20:15:25
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