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fangyongxinxi新虫 (正式写手)
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vasp NEB 如何选取原胞大小 ？
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如题，想做一个体系两种结构 A B 之间的过渡态情况。A B 两个体系最小原胞是6个原子，自己做了测试： 将最小原胞设置成过渡态搜索的初始和终态，得到一种过渡态。 然后，将A B 都扩展成18个原子的体系，得到另一个过渡态。 问题：这两种过渡态得到的趋势和过渡态结构都不一样，为什么？自己的想法，想是不是体系初始结构的大小，会严重影响过渡态的计算 ？对于过渡态计算，体系应该选多大合适些 ？ |
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2楼2011-06-15 12:10:26
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【答案】应助回帖
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fangyongxinxi(金币+5): 2011-06-15 13:51:32
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢指教 2011-06-17 09:29:52
fangyongxinxi(金币+5): 2011-06-15 13:51:32
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢指教 2011-06-17 09:29:52
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你确定你两个系统的初始路径相同吗？如果相同的话，说明18个原子的体系相变过程中有对称性破坏，中间态不能用6个原子来表达，那么应该是18个原子的原子势垒要小于6个原子的。应该以18个原子的为准。不过这种情况在NEB体系里面很少见。我很怀疑你是否效验了初始路径，用的image过少或者最后没收敛。 另外提醒你一点，你用的是vtst的code吗？那个code是算分子体系，溶液或者是表面吸附体系的。不能算晶体相变的。除非你的初态和末态的元胞一模一样。他要求元胞必须是个不变的框框。见下面的链接。not yet availble for public use。不过这个yet已经好久了。 http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/neb/ |
5楼2011-06-15 13:38:50
dxcharlary
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6楼2011-06-15 13:41:33
fangyongxinxi
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可能你说的是对的，我仔细看了类似体系大原胞初始和终态的POSCAR文件，发现里面有这样的情况： 初始： Direct 0.0000000000000000 0.7500000000000000 0.2500000000000000 0.5000000000000000 0.7500000000000000 0.2500000000000000 0.0000000000000000 0.2500000000000000 0.7500000000000000 0.5000000000000000 0.2500000000000000 0.7500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.7500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.7500000000000000 0.7500000000000000 0.7500000000000000 0.7500000000000000 0.7500000000000000 终态： Direct 0.0427919664457328 0.6726506146310324 0.2500000000000000 0.5427919664457328 0.6726506146310324 0.2500000000000000 0.4572080335542673 0.3273493853689677 0.7500000000000000 0.9572080335542672 0.3273493853689677 0.7500000000000000 0.1790221628519589 0.2141590376332636 0.2500000000000000 0.6790221628519589 0.2141590376332636 0.2500000000000000 0.3209778371480411 0.7858409623667364 0.7500000000000000 0.8209778371480411 0.7858409623667364 0.7500000000000000 是不是这样的对应方式不行 ？ |
7楼2011-06-15 13:44:52
fangyongxinxi
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小体系的 初始和终态的POSCAR如下：（大体系的POSCAR,为在小体系的构型上在 a 方向扩大2倍，同时将相应原子坐标做变换（不知道里面有错没有）） 初始 Direct 0 0.75 0.25 0 0.25 0.75 0.5 0.25 0.25 0.5 0.75 0.75 终态 Direct 0.086 0.673 0.25 0.914 0.327 0.75 0.358 0.214 0.25 0.642 0.786 0.75 大体系（扩大2倍后） 初始： Direct 0.0000000000000000 0.7500000000000000 0.2500000000000000 0.5000000000000000 0.7500000000000000 0.2500000000000000 0.0000000000000000 0.2500000000000000 0.7500000000000000 0.5000000000000000 0.2500000000000000 0.7500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.7500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.7500000000000000 0.7500000000000000 0.7500000000000000 0.7500000000000000 0.7500000000000000 终态： Direct 0.0427919664457328 0.6726506146310324 0.2500000000000000 0.5427919664457328 0.6726506146310324 0.2500000000000000 0.4572080335542673 0.3273493853689677 0.7500000000000000 0.9572080335542672 0.3273493853689677 0.7500000000000000 0.1790221628519589 0.2141590376332636 0.2500000000000000 0.6790221628519589 0.2141590376332636 0.2500000000000000 0.3209778371480411 0.7858409623667364 0.7500000000000000 0.8209778371480411 0.7858409623667364 0.7500000000000000 so， 高手看看，问题出在哪里。 非常感谢。 |
8楼2011-06-15 13:49:58
fangyongxinxi
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