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lhyhover

铜虫 (初入文坛)

[求助] vasp并行问题及NEB计算出错

大家好！最近使用vasp遇到了奇怪的问题：
（1）我的vasp是用mpif90编译的，然后递交任务的脚本也使用的是并行计算，脚本如下：

#!/bin/bash
#PBS -q normal
#PBS -l nodes=32
#PBS -N siNF
#PBS -l walltime=50:00:00
#PBS -o $PBS_JOBID.output
module load intel-mvapich2-1.5
ulimit -s unlimited
cd $PBS_O_WORKDIR
mpiexec -n 32 vasp

任务是正常运行的，我用qstat看了，也是在32个节点上跑，可是最后的OUTCAR里面却显示的是串行版本，如下：

vasp.5.2.2 15Apr09 complex
executed on             LinuxIFC date 2012.01.17  12:01:20
serial version

（2）我把NEB编译到vasp里面后，运行出现如下错误：
ERROR: the following files does not exist POSCAR
我检查了每个子文件夹（00-07），每个里面都是有POSCAR，而且格式也和vasp5.2的一样，在INCAR里面我也设置了ICHAIN =0，IMAGES =6
不知道为什么咧？

很是纠结，谢谢大家能给我些建议！
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1楼 2012-01-18 04:08:11
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回帖置顶 ( 共有1个 )

lhyhover

铜虫 (初入文坛)
lhyhover: 回帖置顶 2012-01-19 01:04:45
这是我的makefile，谢谢帮我检查一下。
库文件不是我自己装的，用的是学校的集群。
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  • 附件 1 : makefile
    • 2012-01-19 01:04:21, 14.66 K
5楼2012-01-19 01:04:40
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普通回帖

likai0106

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang(金币+1): 多谢交流 2012-01-18 08:31:40
对于第一个问题，检查一下是不是你的vasp在32核计算时每个核都在算一个单独的任务，如果把一个任务算了32次肯定会显示是串行的。这个时候检查你并行编译的那个库文件。
第二个问题，你的每个文件夹下的POSCAR是自己弄进去的还是nebmake.pl生成的？如果自己弄进去的，可能是你在window编写的时候那个格式或者权限vasp读不出来。
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2楼2012-01-18 07:35:07
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mithradet
3楼2012-01-18 11:12:11
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lhyhover

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by likai0106 at 2012-01-18 07:35:07:
对于第一个问题，检查一下是不是你的vasp在32核计算时每个核都在算一个单独的任务，如果把一个任务算了32次肯定会显示是串行的。这个时候检查你并行编译的那个库文件。
第二个问题，你的每个文件夹下的POSCAR是自 ...

谢谢你的回复。
貌似真的是每个核都在算一个单独的任务，在输出的output里看到所有的内容都输出了16遍（我用了16个核）。不知道那个库文件有什么问题咧，我用intel-openmpi-1.4.2和intel-mvapich2-1.5都试过了，都不行咧。
能否帮我检查一下makefile呢？我把makefile另外上传一下，多谢！
对于第二个问题，我想可能是第一个问题造成的，我的POSCAR是nebmake.pl生成的，后来我在论坛上看到说neb只能用于并行的vasp。
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4楼2012-01-19 00:55:19
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yuraining

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-07-29 22:43:05
你的makefile文件编译的就是串行的，如果你要编译并行的，把并行的那些选项打开：
201到203行：把注释去掉
CPP    = $(CPP_) -DMPI  -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \
     -Dkind8 -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \
     -DMPI_BLOCK=8000
228行：把注释去掉
FFT3D   = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dfurth.o fft3dlib.o
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6楼2013-07-27 22:17:24
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