24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3299  |  回复: 9

fuel

铁虫 (小有名气)

[交流] 【求助】vasp用neb计算过渡态报错,错误提示是什么意思?

在vasp中neb方法计算过渡态,用Vasp TST Tools。使用了8个image。计算了一天半之后报错如下,请帮忙看是什么原因,怎么改进。

forrtl: Socket operation on non-socket
forrtl: severe (38): error during write, unit 8, file /home/00to09/05/OUTCAR
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp-neb           000000000073F8FD  Unknown               Unknown  Unknown
vasp-neb           000000000073E405  Unknown               Unknown  Unknown
vasp-neb           000000000068334F  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          000000343441D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp-neb           0000000000438299  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (28): CLOSE error, unit 20, file "Unknown"
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp-neb           0000000000682B82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp-neb           00000000006C896B  Unknown               Unknown  Unknown
vasp-neb           0000000000CE9C07  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          000000343441D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp-neb           0000000000438299  Unknown               Unknown  Unknown
--------------------------------------------------------------------------
mpirun has exited due to process rank 4 with PID 14985 on
node node25 exiting without calling "finalize". This may
have caused other processes in the application to be
terminated by signals sent by mpirun (as reported here).
--------------------------------------------------------------------------
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fuel

铁虫 (小有名气)

看来这是个生僻的问题。希望这个坑将来有人来填一下。
2楼2010-08-12 10:34:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsh1986914

新虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
我现在也在搞这个,也出现一大堆问题。我出现的问题也是莫名奇妙
[node14:19293] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19295] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19295] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node14:19295] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node14:19295] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node14:19293] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node14:19293] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node14:19293] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node14:19294] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19294] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node14:19294] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node14:19294] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node14:19297] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19297] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node14:19297] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node14:19297] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node14:19298] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19298] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node14:19298] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node14:19298] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node14:19299] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19299] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node14:19299] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node14:19299] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node14:19300] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19300] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node14:19300] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node14:19300] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node14:19296] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19296] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node14:19296] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node14:19296] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
也纠结
3楼2011-10-25 10:51:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hnuzhoulin

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-10-25 20:51:14
forrtl: severe (38): error during write, unit 8, file /home/00to09/05/OUTCAR
如果这个提示是原因,是不是磁盘满了?或者quota到了限定值?

因为毕竟已经开始计算了那么久,或者如果是集群,也有能是网络问题
4楼2011-10-25 19:12:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hnuzhoulin

金虫 (小有名气)


uuv2010(金币+1): 欢迎参加交流 2011-10-25 20:51:22
引用回帖:
3楼: Originally posted by lsh1986914 at 2011-10-25 10:51:09:
我现在也在搞这个,也出现一大堆问题。我出现的问题也是莫名奇妙
[node14:19293] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19295] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19295] *** on ...

你是运行过程中吗??
那应该就是编译所用MPI和运行时的不一致。
5楼2011-10-25 19:13:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

04nylxb

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
mazuju028(金币+1): 谢谢交流 2011-10-26 07:57:47
node node25 exiting without calling "finalize".
出现这个提示是MPI出问题,MPI无法调用finalize函数,估计是你mpi安装有问题
集中精力发文章
6楼2011-10-25 22:36:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsh1986914

新虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
mpi怎么不会有问题,我不算NEB就好好的可以算,不出问题。
而且,我在集群上用公共的mpi和来算也是这问题。
7楼2011-10-26 09:47:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
你对这个文件夹有读写权限吗?/home/00to09/05/OUTCAR
嘟啦啦嘟啦啦嘟
8楼2011-10-26 13:35:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

likai0106

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by lsh1986914 at 2011-10-25 10:51:09:
我现在也在搞这个,也出现一大堆问题。我出现的问题也是莫名奇妙
[node14:19293] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19295] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19295] *** on ...

哥们出现的是mpi的错误!检查你的mpi是否能正常运行。
9楼2011-10-26 14:12:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsh1986914

新虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
恩,本人现在正在考虑换一个mpich重装试试
10楼2011-10-27 15:06:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fuel 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 320分人工智能调剂 +8 振—TZ 2026-04-03 8/400 2026-04-05 22:33 by 范式思维
[考研] 材料工程302分求调剂 +9 zyx上岸! 2026-04-04 9/450 2026-04-05 22:08 by 醉翁wl
[考研] 313求调剂 +5 海日海日 2026-04-04 5/250 2026-04-05 15:52 by jndximd
[考研] 367求调剂 +3 谢28 2026-03-30 3/150 2026-04-05 13:27 by huangmoli
[考研] 320求调剂 +3 一样圆 2026-04-04 3/150 2026-04-04 22:29 by 啵啵啵0119
[考研] 环境285分,过六级,求调剂 +10 xhr12 2026-04-02 10/500 2026-04-04 21:53 by bn53987
[考研] 338求调剂 +7 晟功? 2026-04-03 7/350 2026-04-04 20:37 by 蓝云思雨
[考研] 357求调剂 +13 1050389037 2026-04-03 13/650 2026-04-03 22:27 by 无际的草原
[考研] 化工求调剂 +11 荔香芝士椰奶 2026-04-03 11/550 2026-04-03 22:06 by 啵啵啵0119
[考研] 数二英二348求调剂 +4 hxdzj1 2026-04-03 5/250 2026-04-03 21:25 by zhq0425
[考研] 301求调剂 +14 A_JiXing 2026-04-01 14/700 2026-04-03 18:31 by ls刘帅
[基金申请] esi高被引论文是不是能对中标有所加分和帮助呢 +5 redcom 2026-04-01 6/300 2026-04-03 15:15 by Howard28
[考研] 266求调剂 +3 08电气工程 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:05 by 1753564080
[考研] 求调剂 +9 akdhjs 2026-03-31 11/550 2026-04-03 13:32 by akdhjs
[考研] 土木304求调剂 +4 兔突突突, 2026-04-02 5/250 2026-04-02 21:16 by 兔突突突,
[考研] 08开头看过来!!! +4 wwwwffffff 2026-03-31 6/300 2026-04-02 11:42 by 均值回归
[考研] 07生物学求调剂 一志愿同济大学359分 +3 LAMC. 2026-03-30 3/150 2026-04-02 10:26 by 18828373951
[考研] 311求调剂 +10 李芷新1 2026-03-31 10/500 2026-04-01 14:38 by chenqifeng666
[考研] 江苏苏北高校诚邀调剂同学 +3 zzll406 2026-03-31 3/150 2026-03-31 16:54 by 及时行乐fan
[考研] 福建理工大学材料学院先进合金团队招收考研调剂学生 +3 大华金商都 2026-03-30 4/200 2026-03-31 01:04 by 方英俊602
信息提示
请填处理意见