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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)

[求助] vasp 过渡态计算 线性插值方法。

如题，自己在用vasp做一个金属相变的过渡态，在vasp计算过程中，用nebmake.pl（网上下载的，用来生成neb中间点的小程序），但自己做的结果一直不能重复别人的工作。
so, 在做neb,生成中间点的过程中，还有其他方法吗 ？
或者在用这个小程序的时候，需要特别注意的地方时什么。
2.
有什么方法可以看到线性差值后，结构变化的过程（图形渐变显示） ？

谢谢。

[ Last edited by fangyongxinxi on 2011-5-28 at 19:18 ]
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1楼 2011-05-28 14:24:36
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cavediger

金虫 (正式写手)
★
贺仪(金币+1): 多谢指导 2011-06-01 20:14:10
引用回帖:
Originally posted by fangyongxinxi at 2011-05-28 14:24:36:
如题，自己在用vasp做一个金属相变的过渡态，在vasp计算过程中，用nebmake.pl（网上下载的，用来生成neb中间点的小程序），但自己做的结果一直不能重复别人的工作。
so, 在做neb,生成中间点的过程中，还有其他方 ...

插值用INTERPOLATE吧，好像不是用nebmake
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我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
2楼2011-06-01 18:49:57
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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by cavediger at 2011-06-01 18:49:57:
插值用INTERPOLATE吧，好像不是用nebmake

请问interpolate在哪里有下载？
望指教，谢谢。
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3楼2011-06-01 20:44:59
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cavediger

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fangyongxinxi at 2011-06-01 20:44:59:
请问interpolate在哪里有下载？
望指教，谢谢。

和你的nebmake一样，都是Henkelmann的..
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我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
4楼2011-06-01 22:38:10
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stractor

金虫 (著名写手)
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-06-02 10:02:48
“但自己做的结果一直不能重复别人的工作”
是指能垒和别人的不一样吗？你保证你的POSCA1和POSCAR2是别人文献中一样的构型吗？
你把INCAR贴出来才是硬道理。
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5楼2011-06-02 02:15:36
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哥是传说

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cavediger at 2011-06-01 22:38:10:
和你的nebmake一样，都是Henkelmann的..

哥们，能分享下INTERPOLATE吗，多谢了
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6楼2011-08-23 20:58:33
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xiao72379

木虫 (正式写手)

宅男甲
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-08-25 23:34:08
引用回帖:
2楼: Originally posted by cavediger at 2011-06-01 18:49:57:
插值用INTERPOLATE吧，好像不是用nebmake

我和cavediger兄得认识有点出入 查了下VTST的脚本貌似NEB计算线性内插image用nebmake.pl是没什么问题的  网站上对这一脚本的解释如下：
usage: nebmake.pl (POSCAR1) (POSCAR2) (number of images, NI)
output: directories [00,NI+1] containing initial NEB POSCAR files

Takes initial and final POSCAR files, and linearly interpolates the specified number of images between them. The interpolated files are written to the directories 00 to NI+1, where NI is the number of specified images.

上面提到的interpolate脚本貌似在什么地方读到过，不过我没用过，是否能分享研究下，谢谢
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天行健君子以自强不息
7楼2011-08-24 16:12:49
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cavediger

金虫 (正式写手)
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-08-25 23:34:19
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiao72379 at 2011-08-24 16:12:49:
我和cavediger兄得认识有点出入 查了下VTST的脚本貌似NEB计算线性内插image用nebmake.pl是没什么问题的  网站上对这一脚本的解释如下：
usage: nebmake.pl (POSCAR1) (POSCAR2) (number of images, NI)
output ...

哈哈，正常正常，我用的版本比较老，后来的更新没有再看，很可能greame小伙子又改造了一下就NEBMAKE了.....
下面是原来的intepolate.pl，每次只能插入一个IMAGE，使用格式差不多，只是将你上面的IMAGE数，改成到IS的距离分数（假定IS到TS距离为单位长度）：
CODE:
eval '(exit $?0)' && eval 'exec perl -S $0 ${1+"$@"}' && eval 'exec perl -S $0 $argv:q' if 0; #;-*- Perl -*-  # This program interpolates between two POSCAR files by the given fraction.  use FindBin qw($Bin); use lib "$Bin"; use Vasp;  @args=@ARGV; @args==3 || die "usage: interpolate.pl \n";  $poscarfile1=$args[0]; $poscarfile2=$args[1]; $fraction=$args[2];  ($coordinates1,$basis,$lattice,$num_atoms,$total_atoms,$selectiveflag,$selective)   =read_poscar($poscarfile1);  print "Read $poscarfile1...\n";  ($coordinates2,$basis,$lattice,$num_atoms,$total_atoms,$selectiveflag,$selective)   =read_poscar($poscarfile2);  $description=`head -n 1 $poscarfile1`; chop($description);  print "Read $poscarfile2...\n"; print "Total atoms: $total_atoms...\n"; print "Lattice: $lattice...\n";  for ($i=0;$i<$total_atoms;$i++) {   for ($j=0;$j<3;$j++) {     $interpolated->[$i][$j]=pbc($coordinates1->[$i][$j]+$fraction*                                 pbc($coordinates2->[$i][$j]-$coordinates1->[$i][$j]));   } }  write_poscar($interpolated,$basis,$lattice,$num_atoms,$total_atoms,$selectiveflag,$selective,$description,"POSCAR.out");
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我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
8楼2011-08-24 18:05:30
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xx4751

铜虫 (正式写手)
你好，线性插值的脚本怎么用啊？谢谢
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9楼2012-10-04 10:42:00
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