应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp 过渡态计算 线性插值方法。
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
91/1返回列表
查看: 3384  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

fangyongxinxi

新虫 (正式写手)

[求助] vasp 过渡态计算 线性插值方法。

如题，自己在用vasp做一个金属相变的过渡态，在vasp计算过程中，用nebmake.pl（网上下载的，用来生成neb中间点的小程序），但自己做的结果一直不能重复别人的工作。
so, 在做neb,生成中间点的过程中，还有其他方法吗 ？
或者在用这个小程序的时候，需要特别注意的地方时什么。
2.
有什么方法可以看到线性差值后，结构变化的过程（图形渐变显示） ？

谢谢。

[ Last edited by fangyongxinxi on 2011-5-28 at 19:18 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

ms and vasp学习

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-05-28 14:24:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cavediger

金虫 (正式写手)
★
贺仪(金币+1): 多谢指导 2011-06-01 20:14:10
引用回帖:
Originally posted by fangyongxinxi at 2011-05-28 14:24:36:
如题，自己在用vasp做一个金属相变的过渡态，在vasp计算过程中，用nebmake.pl（网上下载的，用来生成neb中间点的小程序），但自己做的结果一直不能重复别人的工作。
so, 在做neb,生成中间点的过程中，还有其他方 ...

插值用INTERPOLATE吧，好像不是用nebmake
赞一下(1人) 回复此楼
我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
2楼2011-06-01 18:49:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangyongxinxi

新虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by cavediger at 2011-06-01 18:49:57:
插值用INTERPOLATE吧，好像不是用nebmake

请问interpolate在哪里有下载？
望指教，谢谢。
赞一下 回复此楼
3楼2011-06-01 20:44:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cavediger

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fangyongxinxi at 2011-06-01 20:44:59:
请问interpolate在哪里有下载？
望指教，谢谢。

和你的nebmake一样，都是Henkelmann的..
赞一下 回复此楼
我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
4楼2011-06-01 22:38:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stractor

金虫 (著名写手)
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-06-02 10:02:48
“但自己做的结果一直不能重复别人的工作”
是指能垒和别人的不一样吗？你保证你的POSCA1和POSCAR2是别人文献中一样的构型吗？
你把INCAR贴出来才是硬道理。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-06-02 02:15:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

哥是传说

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cavediger at 2011-06-01 22:38:10:
和你的nebmake一样，都是Henkelmann的..

哥们，能分享下INTERPOLATE吗，多谢了
赞一下 回复此楼
6楼2011-08-23 20:58:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiao72379

木虫 (正式写手)

宅男甲
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-08-25 23:34:08
引用回帖:
2楼: Originally posted by cavediger at 2011-06-01 18:49:57:
插值用INTERPOLATE吧，好像不是用nebmake

我和cavediger兄得认识有点出入 查了下VTST的脚本貌似NEB计算线性内插image用nebmake.pl是没什么问题的  网站上对这一脚本的解释如下：
usage: nebmake.pl (POSCAR1) (POSCAR2) (number of images, NI)
output: directories [00,NI+1] containing initial NEB POSCAR files

Takes initial and final POSCAR files, and linearly interpolates the specified number of images between them. The interpolated files are written to the directories 00 to NI+1, where NI is the number of specified images.

上面提到的interpolate脚本貌似在什么地方读到过，不过我没用过，是否能分享研究下，谢谢
赞一下(1人) 回复此楼
天行健君子以自强不息
7楼2011-08-24 16:12:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cavediger

金虫 (正式写手)
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-08-25 23:34:19
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiao72379 at 2011-08-24 16:12:49:
我和cavediger兄得认识有点出入 查了下VTST的脚本貌似NEB计算线性内插image用nebmake.pl是没什么问题的  网站上对这一脚本的解释如下：
usage: nebmake.pl (POSCAR1) (POSCAR2) (number of images, NI)
output ...

哈哈，正常正常，我用的版本比较老，后来的更新没有再看，很可能greame小伙子又改造了一下就NEBMAKE了.....
下面是原来的intepolate.pl，每次只能插入一个IMAGE，使用格式差不多，只是将你上面的IMAGE数，改成到IS的距离分数（假定IS到TS距离为单位长度）：
CODE:
eval '(exit $?0)' && eval 'exec perl -S $0 ${1+"$@"}' && eval 'exec perl -S $0 $argv:q' if 0; #;-*- Perl -*-  # This program interpolates between two POSCAR files by the given fraction.  use FindBin qw($Bin); use lib "$Bin"; use Vasp;  @args=@ARGV; @args==3 || die "usage: interpolate.pl \n";  $poscarfile1=$args[0]; $poscarfile2=$args[1]; $fraction=$args[2];  ($coordinates1,$basis,$lattice,$num_atoms,$total_atoms,$selectiveflag,$selective)   =read_poscar($poscarfile1);  print "Read $poscarfile1...\n";  ($coordinates2,$basis,$lattice,$num_atoms,$total_atoms,$selectiveflag,$selective)   =read_poscar($poscarfile2);  $description=`head -n 1 $poscarfile1`; chop($description);  print "Read $poscarfile2...\n"; print "Total atoms: $total_atoms...\n"; print "Lattice: $lattice...\n";  for ($i=0;$i<$total_atoms;$i++) {   for ($j=0;$j<3;$j++) {     $interpolated->[$i][$j]=pbc($coordinates1->[$i][$j]+$fraction*                                 pbc($coordinates2->[$i][$j]-$coordinates1->[$i][$j]));   } }  write_poscar($interpolated,$basis,$lattice,$num_atoms,$total_atoms,$selectiveflag,$selective,$description,"POSCAR.out");
赞一下(1人) 回复此楼
我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
8楼2011-08-24 18:05:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xx4751

铜虫 (正式写手)
你好，线性插值的脚本怎么用啊？谢谢
赞一下 回复此楼
9楼2012-10-04 10:42:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fangyongxinxi 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化学0703-一志愿211-338分求调剂 +7 vants 2026-04-05 7/350 2026-04-05 18:17 by cql1109
[考研] 285求调剂 +5 AZMK 2026-04-04 7/350 2026-04-05 17:16 by yulian1987
[考研] 266分，一志愿电气工程，本科材料，求材料专业调剂 +8 哇呼哼呼哼 2026-04-02 9/450 2026-04-05 17:14 by lbsjt
[考研] 270求调剂 +9 小杰pp 2026-03-31 11/550 2026-04-05 11:02 by 风雨无晴
[考研] 301求调剂 +12 121. 2026-04-04 12/600 2026-04-05 09:00 by 来看流星雨10
[考研] 男生，一志愿沪9生物学071000，初试308求调剂 +3 刘墨墨 2026-04-04 3/150 2026-04-05 08:26 by barlinike
[考研] 085602调剂 初试总分335 +12 19123253302 2026-04-04 12/600 2026-04-05 08:08 by 544594351
[考研] 一志愿郑大0705求调剂 +3 橘十一 2026-04-02 4/200 2026-04-05 00:05 by chongya
[考研] 材料334求调剂 +15 Eecho# 2026-04-03 15/750 2026-04-04 23:05 by 无际的草原
[考研] 282电子信息0854专硕调剂 +4 202451007219 2026-04-02 6/300 2026-04-04 21:55 by laoshidan
[考研] 材料调剂 +11 吴棂颖！ 2026-04-03 11/550 2026-04-04 09:56 by 小小树2024
[考研] 求调剂不挑专业 +3 xrh030412 2026-04-01 3/150 2026-04-03 14:40 by 氮气气气
[考研] 0703化学 +7 goldtt 2026-04-02 9/450 2026-04-03 09:36 by 蓝云思雨
[考研] 考研调剂 +3 李木子0120 2026-04-02 5/250 2026-04-02 21:45 by dongzh2009
[考研] 279求调剂 +5 傅文秋 2026-04-02 5/250 2026-04-02 18:10 by 笔落锦州
[考研] 调剂 +3 好好读书。 2026-04-01 6/300 2026-04-02 15:49 by liumengping
[考研] 354求调剂 +4 lxb598 2026-03-31 5/250 2026-04-02 09:55 by Jaylen.
[考研] 070300化学279求调剂 +15 哈哈哈^_^ 2026-03-31 17/850 2026-04-01 21:37 by 给你你注意休息
[考研] 一志愿中海洋材料357 +4 麦恩莉. 2026-03-30 4/200 2026-03-31 14:35 by 记事本2026
[考研] 297 地理学070500 复试求调剂 +3 小圆圈圈ooo 2026-03-30 3/150 2026-03-30 21:05 by 余震yz
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭