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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】重金求助vasp 算过渡态 80 金币
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chuchu6816

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】重金求助vasp 算过渡态 80 金币 已有14人参与

请问各位怎么用vasp CNEB算过渡态？反应物，产物结构只是线性变化时，通过vasp里面的小程序线性截取几个结构，可以优化出过渡态。但是一旦反应物跟产物的结构相差的比较大，便很难找到相应的过渡态。请问各位高手是怎么处理这种情况的？另外，找到过渡态后，怎么算频率，算完频率后，怎么分析相应的虚频？证明所优化的过渡态是正确的？ 若有研究分子筛的同行，能否帮我算一个例子，例如：CH3OH 在CHA 上形成相应的烷氧。 若哪位高手能帮忙解决问题，本人将重金感谢！谢谢！！
再次恳求各位的帮忙！！！
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1楼 2010-06-24 16:25:20
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condensed

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
hedaors(金币+1):thanks 2010-06-24 16:55:40
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-06-24 17:33:54
过渡态一定对应虚频么.这个显然是不一定的.再说用NEB找过渡态一定对么,也是不一定的.个人倾向与用分子动力学做这样研究.

哥们,这种严格的寻找过渡态的方法有.不过算一个简单体系(如CO2)用200+cpu需要半年的时间...

[ Last edited by condensed on 2010-6-24 at 18:57 ]
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2楼2010-06-24 16:38:50
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chuchu6816

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by condensed at 2010-06-24 16:38:50:
过渡态一定对应虚频么.这个显然是不一定的.再说用NEB找过渡态一定对么,也是不一定的.个人倾向与用分子动力学做这样研究.

哥们,这种严格的寻找过渡态的方法有.不过算一个简单体系(如CO2)用200+cpu需要半年的时间 ...

用虚频来检查过渡态是量化计算里最长用的方法，并且已经发了很多文章。在gaussian 密度泛函 里面最常见。现在我想用VASP试一下。对于初始物 与产物变化较大的体系总是找不到一个合适的过渡态。但是的确很多人做出来了，并且在发文章。就是不知道别人是怎么做的。
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3楼2010-06-24 22:21:00
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condensed

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-06-25 07:41:45
引用回帖:
Originally posted by chuchu6816 at 2010-06-24 22:21:00:


用虚频来检查过渡态是量化计算里最长用的方法，并且已经发了很多文章。在gaussian 密度泛函 里面最常见。现在我想用VASP试一下。对于初始物 与产物变化较大的体系总是找不到一个合适的过渡态。但是的确很多人 ...

的确是很多人做出来.做吸附的比较多.建个表面,让想吸附的东西一步步的接近表面就好了.

虚频问题.如果这个过渡态是动力学稳定的话是不可能出现虚频的.
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4楼2010-06-24 22:49:51
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stractor

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+2):谢谢交流！ 2010-06-25 07:41:28
过渡态一定有一个频率是虚的。你要用VASP研究化学反应，我没见过文献，如果楼主见到过用VASP研究化学反应的文章，麻烦你说一下是那篇文章。VASP用NEB研究扩散的过程倒很多。你所说的研究内容个人觉得用Gaussian可以。此外VASP计算频率设置IBRION=5。

[ Last edited by stractor on 2010-6-24 at 23:00 ]
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5楼2010-06-24 22:57:48
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chuchu6816

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by stractor at 2010-06-24 22:57:48:
过渡态一定有一个频率是虚的。你要用VASP研究化学反应，我没见过文献，如果楼主见到过用VASP研究化学反应的文章，麻烦你说一下是那篇文章。VASP用NEB研究扩散的过程倒很多。你所说的研究内容个人觉得用Gaussian可 ...

J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2799-2809

J. Phys. Chem. B 2003, 107, 1309-1315
gaussian是可以，但是对周期性模型却不行。而vasp 确实周期性模型很好的方法，现在我想尝试下用vasp 的CNEB算下过渡态试下。
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6楼2010-06-25 08:58:20
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
囧，VASP研究化学反应的文献成千上万，到处都是。。。
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7楼2010-06-25 14:37:57
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
★
lvjian8596(金币+1):感谢交流！鼓励发有价值的话题！ 2010-06-25 15:26:50
反应物 产物相差比较大，建议用dimer方法。
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8楼2010-06-25 14:39:32
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hakuna

木虫 (知名作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-06-26 08:36:02
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2010-06-25 14:39:32:
反应物 产物相差比较大，建议用dimer方法。

也不尽然，头尾差别较大，也可以考虑是否有中间产物呀.......
如果硬是要找，多插几个image就是了.....
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9楼2010-06-25 17:16:01
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by hakuna at 2010-06-25 17:16:01:


也不尽然，头尾差别较大，也可以考虑是否有中间产物呀.......
如果硬是要找，多插几个image就是了.....

多插image当然是可以，就是比较费时间。
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10楼2010-06-25 17:53:46
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