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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP过渡态数据处理
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liuqun

木虫 (小有名气)

[求助] VASP过渡态数据处理

已经用CIneb计算出结果了，也用nebresults.pl处理了结果了，可是不会看生成的那些文件，哪位大师能指点一下我呢
1. 找到的过渡态怎么计算频率来确定找到的就是过渡态呢？
2. 用脚本处理后的结果，怎么才能做出一张图呢，就是有反应物中间过渡态，后边产物的那个图。
    必有重谢！
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1楼 2012-05-23 10:02:08
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

likai0106

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
liuqun: 金币+60, ★有帮助 2012-05-23 12:52:36
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2012-05-23 13:23:46
处理后有一mep.eps的文件，这个文件可以用photoshop去看。
如果想手动作图有一个spline.dat的文件可以用Origin等作图软件作图。spline.dat有四列，我一般作图取的是第一列（横坐标）和第三列（纵坐标）就和mep.eps的图像是一致的。
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liuqun
2楼2012-05-23 10:38:08
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likai0106

金虫 (小有名气)
★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-05-27 09:43:57
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuqun at 2012-05-27 07:45:52
你好：
    我刚发现用脚本只能处理几个image中的一个，我是用nebresult.
pl 01这样处理的，不知道对不对，能不能一块把几个images一块处理了呢？把这几个images的能量一块生成一个文件夹...

一般来说当你直接输入nebresult.pl后，输出结果会把01 ....0n结合起来处理成一个势能曲线和一些能垒分析的数据。
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liuqun
4楼2012-05-27 08:15:09
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普通回帖

liuqun

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by likai0106 at 2012-05-23 10:38:08
处理后有一mep.eps的文件，这个文件可以用photoshop去看。
如果想手动作图有一个spline.dat的文件可以用Origin等作图软件作图。spline.dat有四列，我一般作图取的是第一列（横坐标）和第三列（纵坐标）就和mep.eps ...

你好：
    我刚发现用脚本只能处理几个image中的一个，我是用nebresult.
pl 01这样处理的，不知道对不对，能不能一块把几个images一块处理了呢？把这几个images的能量一块生成一个文件夹
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3楼2012-05-27 07:45:52
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liuqun

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by likai0106 at 2012-05-27 08:15:09
一般来说当你直接输入nebresult.pl后，输出结果会把01 ....0n结合起来处理成一个势能曲线和一些能垒分析的数据。...

是在OUT文件夹里直接输nebresult.pl吗？但是他总是提醒我没有KPOINT INCAR POTCAR，是不是得把这三个文件再粘到01...0n文件夹里呢。
    还有就是out文件夹里的第一个文件夹里是00，总是提醒我找不到OUTCAR，我是不是应该把OUT文件夹里的00先给删掉呢？
    谢谢您的回复，对我来说特别有用
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5楼2012-05-28 07:20:01
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likai0106

金虫 (小有名气)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2012-05-28 08:30:21
引用回帖:
5楼: Originally posted by liuqun at 2012-05-28 07:20:01
是在OUT文件夹里直接输nebresult.pl吗？但是他总是提醒我没有KPOINT INCAR POTCAR，是不是得把这三个文件再粘到01...0n文件夹里呢。
    还有就是out文件夹里的第一个文件夹里是00，总是提醒我找不到OUTCAR，我是 ...

例如你的计算文件夹是12345，在12345中有你计算要用的INCAR，KPOINTS，POTCAR和00，01，02，03，04，05（假设只有四个images）。计算后直接在12345/这个文件夹下输入nebresult.pl就行了。
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6楼2012-05-28 08:11:08
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liuqun

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by likai0106 at 2012-05-28 08:11:08
例如你的计算文件夹是12345，在12345中有你计算要用的INCAR，KPOINTS，POTCAR和00，01，02，03，04，05（假设只有四个images）。计算后直接在12345/这个文件夹下输入nebresult.pl就行了。...

我是这么做的，然后在哦你是提醒我No OUTCAR in 00
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7楼2012-05-28 18:07:17
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xiongb123456

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by liuqun at 2012-05-28 18:07:17
我是这么做的，然后在哦你是提醒我No OUTCAR in 00...

我也出现了这个问题 请问楼主你解决了吗？
找到问题出现的原因了吗？
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8楼2012-05-28 18:16:55
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xiongb123456

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by liuqun at 2012-05-28 18:07:17
我是这么做的，然后在哦你是提醒我No OUTCAR in 00...

我也出现了这个问题 请问楼主你解决了吗？
找到问题出现的原因了吗？
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9楼2012-05-28 18:17:03
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liuqun

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by likai0106 at 2012-05-28 08:11:08
例如你的计算文件夹是12345，在12345中有你计算要用的INCAR，KPOINTS，POTCAR和00，01，02，03，04，05（假设只有四个images）。计算后直接在12345/这个文件夹下输入nebresult.pl就行了。...

我是这么做的，然后总是提醒我No OUTCAR in 00
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10楼2012-05-28 18:22:15
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