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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】用vasp搜寻过渡态的请进
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piaoxue001

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】用vasp搜寻过渡态的请进

VASPer：
          最近学习了一下，vasp搜寻过渡态。
          也是边看边思考我的体系方法的选择及文件的设置。
          很遗憾，依然有一些问题亟待解决？
          请有经验的各位朋友帮忙：

          （1）vasp搜寻过渡态：有人说要装vasp TST tools？ 是不是编译好的vasp不能跑过渡态？
           （2）关于方法的选择： 看到有的文献用NEB方法，请问团簇的表面小分子的吸附用什么方法？能不能推荐几篇文献？ 我今天查了一篇，是用dmol搜寻的过渡态
            （3）关于vasp搜过渡态所需的文件。
         有人说需要 INCAR POSCAR POTCAR ｛nodelist （应该是KPOINTS吧。昨天看有的认识这样说的）｝
        另外 初始和末态的poscar和优化用的POSCAR形式是不是一样，因为没有例子，所以问的详细一点。
            （4）最重要的是INCAR文件的设置，大家参考的是哪方面的资料呢？
           请问IOPT是否在这里设置。看到有人给的INCAR文件是参考vasp TST tools网站的，有人提出按官方网设置，但是官方网没有关于TST的说明。
            （5）

[ Last edited by piaoxue001 on 2010-11-15 at 08:47 ]
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1楼 2010-11-14 15:31:03
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hw45888792

金虫 (正式写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢指教，期待你更好胡表现 2010-11-17 21:17:22
piaoxue001(金币+3): 2010-11-19 17:58:55
vasp 自带的neb收敛效果不好，而且能垒低，vtst的clneb 收敛好多了，需要重新编译。vasp VTST tools 只是让你写输入和最后分析结果方便点。直接google vasp neb 就可以找到官网，上面有你要的大部分说明，很详细。
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8楼2010-11-17 15:33:07
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普通回帖

piaoxue001

木虫 (正式写手)
欢迎大家跟帖讨论
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2楼2010-11-14 16:09:16
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swx0789

铜虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
piaoxue001(金币+1): 2010-11-19 17:58:28
我也很想知道。请高手解答下这个问题
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3楼2010-11-14 21:25:23
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
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4楼2010-11-15 15:25:14
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calos818

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
piaoxue001(金币+2): 2010-11-19 17:58:34
从没做过，帮顶下，很想学习过渡态的搜索嘿嘿
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5楼2010-11-15 16:06:26
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zyuea

金虫 (正式写手)
★ ★
mazuju028(金币+2):谢谢交流 2010-11-17 12:30:08
piaoxue001(金币+3): 2010-11-19 17:58:40
我现在也正在学习过渡态的计算，也遇到不少问题，对于你说的问题，我个人想法是neb和dimer的方法不在于算什么体系，而在于反应的路径，如果你知道的始末产物和大体的反应路径的话就用neb，如果不清楚反应的机理可以用dimer。
至于需要的输入文件设置肯定是需要KPOINTS的，而INCAER的设置我也是根据那个网站设置的，POSCAR要分为两个，是POSCAR1和POSCAR2，分别是反应的反应物和产物的结构，也就是优化后的CONTCAR
我现在遇到的问题是机器算到中间就开始空跑，不往下算了，不知道怎么回事，我用的是VASP5.2,不知道你用的是哪个版本
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6楼2010-11-17 09:58:18
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-11-17 21:16:44
piaoxue001(金币+4): 2010-11-19 17:58:45
VASP自己是有过渡态算法的，就是NEB.这个效果怎么样呢？不清楚。
vtstool的是climbing NEB ，这个需要下载他们网站上的代码和vasp原来的代码一起重新编译。这个vtstool的官方网站上有详细说明，安装和参数设置都有。
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7楼2010-11-17 13:08:39
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lgxyz

铜虫 (正式写手)
piaoxue001(金币+2): 2010-11-19 17:59:02
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-11-17 13:08:39:
VASP自己是有过渡态算法的，就是NEB.这个效果怎么样呢？不清楚。
vtstool的是climbing NEB ，这个需要下载他们网站上的代码和vasp原来的代码一起重新编译。这个vtstool的官方网站上有详细说明，安装和参数设置都 ...

wanglai兄 看到不少文献中还做频率分析以确定CI-NEB的过渡态，这样的必要性大吗？
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9楼2010-11-17 22:12:17
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-11-17 13:08:39:
VASP自己是有过渡态算法的，就是NEB.这个效果怎么样呢？不清楚。
vtstool的是climbing NEB ，这个需要下载他们网站上的代码和vasp原来的代码一起重新编译。这个vtstool的官方网站上有详细说明，安装和参数设置都 ...

你好 谢谢您的回帖，我现在不知道产物，我打算选用DIMER算法，昨天看了一篇类似的搜索过渡态的文献，作者使用的CI-NEB和DIMER，我想来想去，不知道作者是如何结合这两种方法的？也许我对原理理解的不透彻。另外作者的文章是对结果的分析，并没提到方法的使用。你有这方面的经验吗？指导一下。谢谢
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10楼2010-11-18 09:06:15
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zyuea at 2010-11-17 09:58:18:
我现在也正在学习过渡态的计算，也遇到不少问题，对于你说的问题，我个人想法是neb和dimer的方法不在于算什么体系，而在于反应的路径，如果你知道的始末产物和大体的反应路径的话就用neb，如果不清楚反应的机理可 ...

不好意思 我现在还没跑过渡态，另外在优化的时候，我也出现了你说的空跑的现象，原子位置总是不动。也不知道如何解决？改变算法好像也不行。IBRION
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11楼2010-11-18 09:10:39
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zyuea at 2010-11-17 09:58:18:
我现在也正在学习过渡态的计算，也遇到不少问题，对于你说的问题，我个人想法是neb和dimer的方法不在于算什么体系，而在于反应的路径，如果你知道的始末产物和大体的反应路径的话就用neb，如果不清楚反应的机理可 ...

你好 请问DIEMR方法中的MODECAR如何生成？ 1  MODECAR的生成需要两个POSCAR，第一个POSCAR可以取初始物，第二个如何取？dimer是对不知道机理的搜索，只给初始构型就可以，为什么还强烈建议给出MODECAR。第二个POSCAR如果给不好，搜索岂不是不准？
  2 dimer寻找的是a nearby saddle point，请问对于有多个TS的路径如何搜索呢？

[ Last edited by piaoxue001 on 2010-11-18 at 10:27 ]
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12楼2010-11-18 10:25:19
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zyuea

金虫 (正式写手)
piaoxue001(金币+1): 2010-11-19 17:59:32
引用回帖:
Originally posted by piaoxue001 at 2010-11-18 10:25:19:

你好 请问DIEMR方法中的MODECAR如何生成？ 1  MODECAR的生成需要两个POSCAR，第一个POSCAR可以取初始物，第二个如何取？dimer是对不知道机理的搜索，只给初始构型就可以，为什么还强烈建议给出MODECAR。第二个P ...

我也是从那个网站上看的，具体的也不清楚
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13楼2010-11-18 14:59:01
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢指教 2010-11-19 21:34:18
piaoxue001(金币+1): 2010-11-22 09:14:15
piaoxue001(金币+3): 2011-04-26 08:13:35
引用回帖:
Originally posted by lgxyz at 2010-11-17 22:12:17:


wanglai兄 看到不少文献中还做频率分析以确定CI-NEB的过渡态，这样的必要性大吗？

我没有做过完整的过渡态计算。所以了解的也比较有限。

通过频率来验证过渡态，我觉得是合理的。但是这个就像实验方法一样，任何一中分析表征手段是非完全必要的。但是有的话，可以加强说服力。

所谓频率分析，实际上是指虚频分析。
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14楼2010-11-19 19:14:51
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zh11111

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by cenwanglai at 2010-11-17 13:08:39
VASP自己是有过渡态算法的，就是NEB.这个效果怎么样呢？不清楚。
vtstool的是climbing NEB ，这个需要下载他们网站上的代码和vasp原来的代码一起重新编译。这个vtstool的官方网站上有详细说明，安装和参数设置都有 ...

您好我想请教一下：我研究的是一个A+B生成AB的反应，A分子掺进B结构中同时改变B原有的结构。要研究过渡态就要确定初始与最终的结构。现A,B,AB的初始结构都已优化，接下来要做的就是将A分子放到B结构中优化，使得与最终结构AB对应。那么问题是，比如初始状态的B结构是四方相7 4 15，最终结构是四方相8  8 13，那我该怎么优化初始结构使得初始与终止的晶胞参数相一致呢（换句话说，初始结构与最终结构晶胞参数不同能否研究过渡态）？
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15楼2015-10-16 08:44:43
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kseeyou

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by piaoxue001 at 2010-11-18 09:06:15
你好 谢谢您的回帖，我现在不知道产物，我打算选用DIMER算法，昨天看了一篇类似的搜索过渡态的文献，作者使用的CI-NEB和DIMER，我想来想去，不知道作者是如何结合这两种方法的？也许我对原理理解的不透彻。另外作 ...

能说一下那篇文章是什么吗，谢谢
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16楼2017-06-19 14:11:43
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kseeyou

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by piaoxue001 at 2010-11-18 09:06:15
你好 谢谢您的回帖，我现在不知道产物，我打算选用DIMER算法，昨天看了一篇类似的搜索过渡态的文献，作者使用的CI-NEB和DIMER，我想来想去，不知道作者是如何结合这两种方法的？也许我对原理理解的不透彻。另外作 ...

能说一下那篇文章是什么吗，谢谢
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17楼2017-06-19 14:24:09
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