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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】用vasp搜寻过渡态的请进
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piaoxue001

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】用vasp搜寻过渡态的请进

VASPer：
          最近学习了一下，vasp搜寻过渡态。
          也是边看边思考我的体系方法的选择及文件的设置。
          很遗憾，依然有一些问题亟待解决？
          请有经验的各位朋友帮忙：

          （1）vasp搜寻过渡态：有人说要装vasp TST tools？ 是不是编译好的vasp不能跑过渡态？
           （2）关于方法的选择： 看到有的文献用NEB方法，请问团簇的表面小分子的吸附用什么方法？能不能推荐几篇文献？ 我今天查了一篇，是用dmol搜寻的过渡态
            （3）关于vasp搜过渡态所需的文件。
         有人说需要 INCAR POSCAR POTCAR ｛nodelist （应该是KPOINTS吧。昨天看有的认识这样说的）｝
        另外 初始和末态的poscar和优化用的POSCAR形式是不是一样，因为没有例子，所以问的详细一点。
            （4）最重要的是INCAR文件的设置，大家参考的是哪方面的资料呢？
           请问IOPT是否在这里设置。看到有人给的INCAR文件是参考vasp TST tools网站的，有人提出按官方网设置，但是官方网没有关于TST的说明。
            （5）

[ Last edited by piaoxue001 on 2010-11-15 at 08:47 ]
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1楼 2010-11-14 15:31:03
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
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2楼2010-11-14 16:09:16
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piaoxue001

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4楼2010-11-15 15:25:14
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
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Originally posted by cenwanglai at 2010-11-17 13:08:39:
VASP自己是有过渡态算法的，就是NEB.这个效果怎么样呢？不清楚。
vtstool的是climbing NEB ，这个需要下载他们网站上的代码和vasp原来的代码一起重新编译。这个vtstool的官方网站上有详细说明，安装和参数设置都 ...

你好 谢谢您的回帖，我现在不知道产物，我打算选用DIMER算法，昨天看了一篇类似的搜索过渡态的文献，作者使用的CI-NEB和DIMER，我想来想去，不知道作者是如何结合这两种方法的？也许我对原理理解的不透彻。另外作者的文章是对结果的分析，并没提到方法的使用。你有这方面的经验吗？指导一下。谢谢
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10楼2010-11-18 09:06:15
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
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Originally posted by zyuea at 2010-11-17 09:58:18:
我现在也正在学习过渡态的计算，也遇到不少问题，对于你说的问题，我个人想法是neb和dimer的方法不在于算什么体系，而在于反应的路径，如果你知道的始末产物和大体的反应路径的话就用neb，如果不清楚反应的机理可 ...

不好意思 我现在还没跑过渡态，另外在优化的时候，我也出现了你说的空跑的现象，原子位置总是不动。也不知道如何解决？改变算法好像也不行。IBRION
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11楼2010-11-18 09:10:39
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zyuea at 2010-11-17 09:58:18:
我现在也正在学习过渡态的计算，也遇到不少问题，对于你说的问题，我个人想法是neb和dimer的方法不在于算什么体系，而在于反应的路径，如果你知道的始末产物和大体的反应路径的话就用neb，如果不清楚反应的机理可 ...

你好 请问DIEMR方法中的MODECAR如何生成？ 1  MODECAR的生成需要两个POSCAR，第一个POSCAR可以取初始物，第二个如何取？dimer是对不知道机理的搜索，只给初始构型就可以，为什么还强烈建议给出MODECAR。第二个POSCAR如果给不好，搜索岂不是不准？
  2 dimer寻找的是a nearby saddle point，请问对于有多个TS的路径如何搜索呢？

[ Last edited by piaoxue001 on 2010-11-18 at 10:27 ]
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12楼2010-11-18 10:25:19
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