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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP过渡态数据处理
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liuqun

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by likai0106 at 2012-05-28 08:11:08
例如你的计算文件夹是12345，在12345中有你计算要用的INCAR，KPOINTS，POTCAR和00，01，02，03，04，05（假设只有四个images）。计算后直接在12345/这个文件夹下输入nebresult.pl就行了。...

网站上是这么写的“
After a run has finished and wrapped up with vfin.pl, the nebresults.pl can be used to run nebef.pl, nebspline.pl, nebmovie.pl and nebconverge.pl automatically.”是不是只有先运行了 vfin.pl这个脚本才能运行 nebresults.pl 呢？
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11楼2012-05-28 18:24:15
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liuqun

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by likai0106 at 2012-05-23 10:38:08
处理后有一mep.eps的文件，这个文件可以用photoshop去看。
如果想手动作图有一个spline.dat的文件可以用Origin等作图软件作图。spline.dat有四列，我一般作图取的是第一列（横坐标）和第三列（纵坐标）就和mep.eps ...

还有个问题想请交就是mep.eps这个图能说明什么呢?
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12楼2012-05-28 19:05:09
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likai0106

金虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by liuqun at 2012-05-28 19:05:09
还有个问题想请交就是mep.eps这个图能说明什么呢?...

就是反应的势能曲线，其实大多数人都是想要过渡态，但是通过势能曲线可以初步判断你的路径合理不合理。像图像不规则，或者双峰可能都是潜在的路径问题或者更深的物理化学问题。
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13楼2012-05-29 07:33:45
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likai0106

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by liuqun at 2012-05-28 18:24:15
网站上是这么写的“
After a run has finished and wrapped up with vfin.pl, the nebresults.pl can be used to run nebef.pl, nebspline.pl, nebmovie.pl and nebconverge.pl automatically.”是不是只有先运行 ...

不用也行，也能进行的。我没运行也能正常进行nebresults.pl
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14楼2012-05-29 07:35:22
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likai0106

金虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by liuqun at 2012-05-28 18:22:15
我是这么做的，然后总是提醒我No OUTCAR in 00...

你的00和05要有初态和末态相关计算的OUTCAR，要不他找不到初态能量和末态能量不能进行能量基点的选取。
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liuqun
15楼2012-05-29 07:36:40
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liuqun

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
15楼: Originally posted by likai0106 at 2012-05-29 07:36:40
你的00和05要有初态和末态相关计算的OUTCAR，要不他找不到初态能量和末态能量不能进行能量基点的选取。...

恩，是这样的，在00 和05里放入OUTCAR后就能正常运行了，谢谢
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16楼2012-05-29 08:05:25
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tangtiecheng

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
16楼: Originally posted by liuqun at 2012-05-29 08:05:25
恩，是这样的，在00 和05里放入OUTCAR后就能正常运行了，谢谢...

你好，我想请教一个问题，之前用nebbarrier.pl产生了neb.dat文件，结果我用nebspline.pl这个脚本时会提示错误，
Illegal division by zero at nebspline.pl line 64.
我的neb.bat是这样的

  0     0.000000     0.000000     0.000000   0
  1     0.000000    -0.009942    -0.003256   1
  2     0.000000    -0.009604    -0.005472   2
  3     0.000000    -0.008170    -0.009533   3
  4     0.000000    -0.005533    -0.006096   4
  5     0.000000    -0.007845     0.003240   5
  6     0.000000    -0.008629     0.003238   6
  7     0.000000    -0.008943     0.000690   7
  8     0.000000    -0.008635     0.005036   8
  9     0.000000    -0.010654     0.013634   9
10     0.000000    -0.013394     0.012849  10
11     0.000000    -0.015259     0.002361  11
12     0.000000    -0.009934     0.007339  12
13     0.000000    -0.010585     0.000000  13
不知道你有没有遇到过相同的问题。这个不知道该怎么解决
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17楼2012-06-04 21:22:40
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liuqun

木虫 (小有名气)
引用回帖:
17楼: Originally posted by tangtiecheng at 2012-06-04 21:22:40
你好，我想请教一个问题，之前用nebbarrier.pl产生了neb.dat文件，结果我用nebspline.pl这个脚本时会提示错误，
Illegal division by zero at nebspline.pl line 64.
我的neb.bat是这样的

  0     0.000000   ...

没有遇到，我直接用nebresults.pl处理一下结果就都出来了
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18楼2012-06-05 08:18:50
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tangtiecheng

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
18楼: Originally posted by liuqun at 2012-06-05 08:18:50
没有遇到，我直接用nebresults.pl处理一下结果就都出来了...

好的，谢谢了
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19楼2012-06-05 10:10:56
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aibude163
20楼2012-11-10 10:43:57
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