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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】重金求助vasp 算过渡态 80 金币
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
cenwanglai(金币+2):谢谢建议. 2010-06-26 19:22:57
chuchu6816(金币+1): 2010-06-29 10:59:24
我就是做NEB方法的，说实话，个人感觉，NEB方法本身就不怎么适合过于复杂的体系，多插image的结果很可能是根本难以收敛。只是想找过渡态而不是完整的反应路径的话，推荐dimer或者一些抽样的分子动力学（sampling）算法。
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11楼2010-06-26 18:12:48
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lvjian8596(金币+2):感谢交流！ 2010-06-30 22:11:48
看这样可不可以:
自己根据实验现象先假设几个中间态.比如一个.从这个开始,它与反应物和产物的构型差异可能就不大了.
呵呵,软件找不出来的话,加上人脑.
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12楼2010-06-26 19:25:20
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惟真惟实

铁杆木虫 (著名写手)
不是很懂，帮顶~~
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工作了~~
13楼2010-06-26 19:35:04
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chuchu6816

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-06-26 19:25:20:
看这样可不可以:
自己根据实验现象先假设几个中间态.比如一个.从这个开始,它与反应物和产物的构型差异可能就不大了.
呵呵,软件找不出来的话,加上人脑.

呵呵 这种方法 我也尝试过。但是不行。
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14楼2010-06-28 11:25:45
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chuchu6816

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by dxcharlary at 2010-06-26 18:12:48:
我就是做NEB方法的，说实话，个人感觉，NEB方法本身就不怎么适合过于复杂的体系，多插image的结果很可能是根本难以收敛。只是想找过渡态而不是完整的反应路径的话，推荐dimer或者一些抽样的分子动力学（sampling） ...

谢谢建议！我用dimer 试下怎么样！
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15楼2010-06-28 11:26:30
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chuchu6816

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by dxcharlary at 2010-06-26 18:12:48:
我就是做NEB方法的，说实话，个人感觉，NEB方法本身就不怎么适合过于复杂的体系，多插image的结果很可能是根本难以收敛。只是想找过渡态而不是完整的反应路径的话，推荐dimer或者一些抽样的分子动力学（sampling） ...

请问，当遇到优化后的反应物与产物结构相差太大的话，你是怎么处理的啊，怎么建立反应路径的？ 是不是直接用nebmake.pl 直接在优化好的反应物，产物的结构上截取几个点啊？ 谢谢
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16楼2010-06-28 15:41:03
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)
★ ★
chuchu6816(金币+1):谢谢参与
lvjian8596(金币+1):感谢交流！ 2010-06-30 22:14:52
引用回帖:
Originally posted by chuchu6816 at 2010-06-28 15:41:03:


请问，当遇到优化后的反应物与产物结构相差太大的话，你是怎么处理的啊，怎么建立反应路径的？ 是不是直接用nebmake.pl 直接在优化好的反应物，产物的结构上截取几个点啊？ 谢谢

我做的东西和你的不太一样。我的NEB方法是用的根据一个师兄留下来的原版，自己写的matlab程序。初始路径其实可以采用比较粗的方法，就是直接线性插值就行了，不过这种方式算出来的路径不保证对，尤其是优化后的反应物与产物结构相差太大的时候。不过按理说，算出一些过渡态还可以吧。我的做法是，先计算出一些较粗的过渡态，然后使用这些过渡态为端点，拆成几段算，就可以算出一条说的过去的路径，这样只能说算出了一条局域最稳定的路径。是不是要找的全局最小路径就不知道了。
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17楼2010-06-30 21:29:51
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天下归心6658

新虫 (初入文坛)
★
chuchu6816(金币+1): 谢谢参与
好像dimmer算法有点复杂，普通的有机反应，超碘化合物催化烯烃的二乙酸基化的反应用得着么？怎么感觉过渡态有点难找。
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18楼2012-03-16 09:01:22
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
★
chuchu6816(金币+1): 谢谢参与
内容已删除
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慢慢的思考。。。
19楼2014-02-24 15:16:27
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萌哒哒嘟嘟

新虫 (初入文坛)
★
chuchu6816(金币+1): 谢谢参与
先插点用neb初步跑一下 然后拿出一个结构去做dimer效率高一点

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20楼2020-12-02 01:50:10
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