24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3091  |  回复: 69

dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
cenwanglai(金币+2):谢谢建议. 2010-06-26 19:22:57
chuchu6816(金币+1): 2010-06-29 10:59:24
我就是做NEB方法的,说实话,个人感觉,NEB方法本身就不怎么适合过于复杂的体系,多插image的结果很可能是根本难以收敛。只是想找过渡态而不是完整的反应路径的话,推荐dimer或者一些抽样的分子动力学(sampling)算法。
11楼2010-06-26 18:12:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lvjian8596(金币+2):感谢交流! 2010-06-30 22:11:48
看这样可不可以:
自己根据实验现象先假设几个中间态.比如一个.从这个开始,它与反应物和产物的构型差异可能就不大了.
呵呵,软件找不出来的话,加上人脑.
12楼2010-06-26 19:25:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

惟真惟实

铁杆木虫 (著名写手)

不是很懂,帮顶~~
工作了~~
13楼2010-06-26 19:35:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuchu6816

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-06-26 19:25:20:
看这样可不可以:
自己根据实验现象先假设几个中间态.比如一个.从这个开始,它与反应物和产物的构型差异可能就不大了.
呵呵,软件找不出来的话,加上人脑.

呵呵 这种方法 我也尝试过。但是不行。
14楼2010-06-28 11:25:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuchu6816

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by dxcharlary at 2010-06-26 18:12:48:
我就是做NEB方法的,说实话,个人感觉,NEB方法本身就不怎么适合过于复杂的体系,多插image的结果很可能是根本难以收敛。只是想找过渡态而不是完整的反应路径的话,推荐dimer或者一些抽样的分子动力学(sampling) ...

谢谢建议!我用dimer 试下怎么样!
15楼2010-06-28 11:26:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuchu6816

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by dxcharlary at 2010-06-26 18:12:48:
我就是做NEB方法的,说实话,个人感觉,NEB方法本身就不怎么适合过于复杂的体系,多插image的结果很可能是根本难以收敛。只是想找过渡态而不是完整的反应路径的话,推荐dimer或者一些抽样的分子动力学(sampling) ...

请问,当遇到优化后的反应物与产物结构相差太大的话,你是怎么处理的啊,怎么建立反应路径的? 是不是直接用nebmake.pl 直接在优化好的反应物,产物的结构上截取几个点啊? 谢谢
16楼2010-06-28 15:41:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

★ ★
chuchu6816(金币+1):谢谢参与
lvjian8596(金币+1):感谢交流! 2010-06-30 22:14:52
引用回帖:
Originally posted by chuchu6816 at 2010-06-28 15:41:03:


请问,当遇到优化后的反应物与产物结构相差太大的话,你是怎么处理的啊,怎么建立反应路径的? 是不是直接用nebmake.pl 直接在优化好的反应物,产物的结构上截取几个点啊? 谢谢

我做的东西和你的不太一样。我的NEB方法是用的根据一个师兄留下来的原版,自己写的matlab程序。初始路径其实可以采用比较粗的方法,就是直接线性插值就行了,不过这种方式算出来的路径不保证对,尤其是优化后的反应物与产物结构相差太大的时候。不过按理说,算出一些过渡态还可以吧。我的做法是,先计算出一些较粗的过渡态,然后使用这些过渡态为端点,拆成几段算,就可以算出一条说的过去的路径,这样只能说算出了一条局域最稳定的路径。是不是要找的全局最小路径就不知道了。
17楼2010-06-30 21:29:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天下归心6658

新虫 (初入文坛)


chuchu6816(金币+1): 谢谢参与
好像dimmer算法有点复杂,普通的有机反应,超碘化合物催化烯烃的二乙酸基化的反应用得着么?怎么感觉过渡态有点难找。
18楼2012-03-16 09:01:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刘小伟110

木虫 (小有名气)


chuchu6816(金币+1): 谢谢参与
内容已删除
慢慢的思考。。。
19楼2014-02-24 15:16:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

萌哒哒嘟嘟

新虫 (初入文坛)


chuchu6816(金币+1): 谢谢参与
先插点用neb初步跑一下 然后拿出一个结构去做dimer效率高一点

发自小木虫Android客户端
20楼2020-12-02 01:50:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 chuchu6816 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料调剂 +14 壹贰贰亿 2026-04-04 14/700 2026-04-05 23:31 by 来看流星雨10
[考研] 求助071001调剂!!! +3 黄守松 2026-04-05 4/200 2026-04-05 21:01 by barlinike
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +10 大火山小火山 2026-04-05 10/500 2026-04-05 19:58 by 小蜗牛小蜗牛
[考研] 考研调剂生寻找导师 +3 顾瞻考研啊 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:18 by 啵啵啵0119
[考研] 358求调剂 +7 秋gk 2026-04-04 7/350 2026-04-05 13:29 by huangmoli
[考研] 材料与化工363求推荐 +7 zh096 2026-04-04 7/350 2026-04-05 09:11 by 陌秋26
[考研] 环境285分,过六级,求调剂 +10 xhr12 2026-04-02 10/500 2026-04-04 21:53 by bn53987
[考研] 0703求调剂 +6 zizimo 2026-03-31 6/300 2026-04-04 14:16 by 无际的草原
[考研] 357求调剂 +13 1050389037 2026-04-03 13/650 2026-04-03 22:27 by 无际的草原
[考研] 求调剂 +4 15064154688 2026-04-03 5/250 2026-04-03 15:07 by zrongyan
[考研] 求调剂 +3 usbdndj 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:10 by dxiaoxin
[考研] 0705理学294求调剂 +3 成果成果cg5 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:04 by simons1972
[考研] 求材料调剂 一志愿南昌大学 328分 +5 yyy..... 2026-04-03 5/250 2026-04-03 13:46 by 百灵童888
[考研] 求调剂 +3 心想事成可 2026-04-03 3/150 2026-04-03 11:22 by wangjy2002
[考研] 一志愿安徽大学0817化学工程与技术,求调剂 +14 我不是只因 2026-04-02 15/750 2026-04-03 09:49 by 蓝云思雨
[考研] 282求调剂 +13 呼吸都是减肥 2026-04-01 13/650 2026-04-02 14:10 by baoball
[考研] 材料专业求调剂 +10 月月鸟木 2026-04-01 10/500 2026-04-02 12:57 by wxiongid
[考研] 085900土木水利336分求调剂 +4 Zhangjiangj 2026-03-31 6/300 2026-04-02 11:40 by 1753564080
[考研] 一志愿北交大材料工程,总分358 +4 cs0106 2026-04-01 4/200 2026-04-02 07:42 by 尚水阁主
[考研] 358求调剂 +3 王向阳花 2026-03-31 3/150 2026-04-01 09:56 by zzchen2000
信息提示
请填处理意见