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chuchu6816

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】重金求助vasp 算过渡态 80 金币 已有14人参与

请问各位怎么用vasp CNEB算过渡态?反应物,产物结构只是线性变化时,通过vasp里面的小程序线性截取几个结构,可以优化出过渡态。但是一旦反应物跟产物的结构相差的比较大,便很难找到相应的过渡态。请问各位高手是怎么处理这种情况的?另外,找到过渡态后,怎么算频率,算完频率后,怎么分析相应的虚频?证明所优化的过渡态是正确的? 若有研究分子筛的同行,能否帮我算一个例子,例如:CH3OH 在CHA 上形成相应的烷氧。 若哪位高手能帮忙解决问题,本人将重金感谢!谢谢!!
再次恳求各位的帮忙!!!
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dxcharlary

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★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
cenwanglai(金币+2):谢谢建议. 2010-06-26 19:22:57
chuchu6816(金币+1): 2010-06-29 10:59:24
我就是做NEB方法的,说实话,个人感觉,NEB方法本身就不怎么适合过于复杂的体系,多插image的结果很可能是根本难以收敛。只是想找过渡态而不是完整的反应路径的话,推荐dimer或者一些抽样的分子动力学(sampling)算法。
11楼2010-06-26 18:12:48
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

★ ★
chuchu6816(金币+1):谢谢参与
lvjian8596(金币+1):感谢交流! 2010-06-30 22:14:52
引用回帖:
Originally posted by chuchu6816 at 2010-06-28 15:41:03:


请问,当遇到优化后的反应物与产物结构相差太大的话,你是怎么处理的啊,怎么建立反应路径的? 是不是直接用nebmake.pl 直接在优化好的反应物,产物的结构上截取几个点啊? 谢谢

我做的东西和你的不太一样。我的NEB方法是用的根据一个师兄留下来的原版,自己写的matlab程序。初始路径其实可以采用比较粗的方法,就是直接线性插值就行了,不过这种方式算出来的路径不保证对,尤其是优化后的反应物与产物结构相差太大的时候。不过按理说,算出一些过渡态还可以吧。我的做法是,先计算出一些较粗的过渡态,然后使用这些过渡态为端点,拆成几段算,就可以算出一条说的过去的路径,这样只能说算出了一条局域最稳定的路径。是不是要找的全局最小路径就不知道了。
17楼2010-06-30 21:29:51
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